1kmc

Crystal Structure of the Caspase-7 / XIAP-BIR2 Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-7

Homo sapiens

UniProt P55210

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–303 链 B; UniProt 1–303 突变:C285A X-LINKED INHIBITOR OF APOPTOSIS PROTEIN × 2 (P98170) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.3;295 K;PEG 3000, Phosphate/citrate, NaCl, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 2.90 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CASP7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–303; UniProt 1–303 作者链 B; PDB构建体 1–303; UniProt 1–303

X-LINKED INHIBITOR OF APOPTOSIS PROTEIN

Homo sapiens

UniProt P98170

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 124–242 链 D; UniProt 124–242 片段:XIAP-BIR2 Caspase-7 × 2 (P55210) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.3;295 K;PEG 3000, Phosphate/citrate, NaCl, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 2.90 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 73 个其他 PDB 条目、144 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIRC4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–119; UniProt 124–242 作者链 D; PDB构建体 1–119; UniProt 124–242

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1kmc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1kmc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kmc
沉积日期 deposition_date2001-12-14
结构标题 titleCrystal Structure of the Caspase-7 / XIAP-BIR2 Complex
关键词 keywordsCOMPLEX, IAP, CASPASE, APOPTOSIS, BIR, APOPTOSIS-HYDROLASE COMPLEX; APOPTOSIS/HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.45
零角强度 I(0) i054216500.00
分子量 molecular_weight57226.0 kDa
排除体积 excluded_volume71469 ų
包络体积 envelope_volume82458 ų
水化壳体积 shell_volume29408 ų
包络直径 envelope_diameter71.9
壳层 Rg shell_rg30.39
包络 Rg envelope_rg22.67
形状 Rg shape_rg22.46
总 Rg total_rg23.31
总原子数 total_atoms4022
残基数 n_residues474
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.1
Rg (实空间) rg_real23.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real5.4220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.4510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal54220000.0000
解质量估计 total_estimate0.9122
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.7
偏度 Skewness skewness0.057
峰度 Kurtosis kurtosis-0.605
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11250000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1kmca_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.17.1 — Caspase-like
家族 Family familyc.17.1.1 — Caspase catalytic domain
结构域编号 domain_idd1kmcb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.17.1 — Caspase-like
家族 Family familyc.17.1.1 — Caspase catalytic domain
结构域编号 domain_idd1kmcc_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.125 — IAP fragments
超家族 Superfamily superfamilyj.125.1 — IAP fragments
家族 Family familyj.125.1.1 — IAP fragments
结构域编号 domain_idd1kmcd_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.125 — IAP fragments
超家族 Superfamily superfamilyj.125.1 — IAP fragments
家族 Family familyj.125.1.1 — IAP fragments

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1kmcA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1460
结构域编号 domain_id1kmcB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1460

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)