SAXSdb — 1kp5

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Green Fluorescent Protein

Aequorea victoria

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 4 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 4 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SULFATE ION × 16 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SULFATE ION × 16 water × 4	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 8 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 8 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 8 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GFP_AEQVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–246； UniProt 1–238 作者链 B； PDB构建体 11–246； UniProt 1–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kp5
沉积日期 deposition_date	2001-12-28
结构标题 title	Cyclic Green Fluorescent Protein
关键词 keywords	cyclised termini, cyclic protein, green fluorescent protein, LUMINESCENT PROTEIN; LUMINESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1kp5__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1kp5__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1kp5__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.41 Å
Rg（电子密度）	24.37 Å
总 Rg	25.11 Å
原子数	3842
残基数	484
排除体积	67466 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1kp5__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1kp5__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1kp5__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1kp5__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1kp5__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1kp5__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1kp5__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Green Fluorescent Protein
分子量 formula_weight	27967.4 kDa
突变 mutation	M1S,S2R,Q25H,Q80R,F99S,Y100F,M141L,M153T,P157Q,V163A,K172E,I219V,I229L,T230V,H231P,G232R,M233G,D234T,E235G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3936

TGSRHHHHHHSRKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTFXVQCFSRYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTISFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGLVPRGTGLYK

来源 Source

来源生物 organism	Aequorea victoria
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6100
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1kp5a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.1 — Fluorescent proteins

结构域编号 domain_id	d1kp5a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1kp5b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.1 — Fluorescent proteins

结构域编号 domain_id	d1kp5b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1kp5A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

结构域编号 domain_id	1kp5B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Green fluorescent protein

▶

晶胞边长 a length_a	142.447 Å
晶胞边长 b length_b	142.447 Å
晶胞边长 c length_c	183.809 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	19.990 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2560

Cyclic Green Fluorescent Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Green Fluorescent Protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kp5__assembly_5__model_1

1kp5__assembly_5__model_1 | I(q)

1kp5__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Cyclic Green Fluorescent Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Green Fluorescent Protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kp5__assembly_5__model_1

1kp5__assembly_5__model_1 | I(q)

1kp5__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)