1mje

STRUCTURE OF A BRCA2-DSS1-SSDNA COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 121.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Deleted in split hand/split foot protein 1

Homo sapiens

UniProt P60896

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 1 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–70 未记录 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3' × 1 breast cancer 2 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.8;277 K;Sodium Acetate, Sodium Citrate, NaCl, DTT, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.50 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、126 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DSS1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–70; UniProt 1–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mje

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mje
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mje
沉积日期 deposition_date2002-08-27
结构标题 titleSTRUCTURE OF A BRCA2-DSS1-SSDNA COMPLEX
关键词 keywordsTUMOR SUPPRESSOR, BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY, DNA-BINDING, GENE REGULATION-ANTITUMOR PROTEIN-DNA COMPLEX; GENE REGULATION/ANTITUMOR PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.15
零角强度 I(0) i085301400.00
分子量 molecular_weight73815.0 kDa
排除体积 excluded_volume92460 ų
包络体积 envelope_volume125380 ų
水化壳体积 shell_volume31747 ų
包络直径 envelope_diameter128.9
壳层 Rg shell_rg37.84
包络 Rg envelope_rg36.77
形状 Rg shape_rg36.12
总 Rg total_rg36.36
总原子数 total_atoms5198
残基数 n_residues648
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.4
Rg (实空间) rg_real36.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.37
I(0) (实空间) i0_real8.5300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal85280000.0000
解质量估计 total_estimate0.7647
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.6
偏度 Skewness skewness0.587
峰度 Kurtosis kurtosis-0.398
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18040000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.611; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.503; Smooth: 0.602

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1mjea1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.170 — BRCA2 helical domain
超家族 Superfamily superfamilya.170.1 — BRCA2 helical domain
家族 Family familya.170.1.1 — BRCA2 helical domain
结构域编号 domain_idd1mjea2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.171 — BRCA2 tower domain
超家族 Superfamily superfamilya.171.1 — BRCA2 tower domain
家族 Family familya.171.1.1 — BRCA2 tower domain
结构域编号 domain_idd1mjea3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd1mjea4
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd1mjea5
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1mjeA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id1mjeA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id1mjeA04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)