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1n25

Crystal structure of the SV40 Large T antigen helicase domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Large T Antigen

Simian virus 40

UniProt P03070

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 260–627 链 B； UniProt 260–627 片段：helicase domain ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；glycerol, DTT, Hepes, NaCl, EtOH, EDTA, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.80 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1N25 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EJL MOUSE IMPORTIN ALPHA-SV40 LARGE T ANTIGEN NLS PEPTIDE COMPLEX 提交 2000-03-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 126–132（7 aa） 片段：NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) MONOPARTITE PEPTIDE, RESIDUES 126-132
链 B 126–132（7 aa） 片段：NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) MONOPARTITE PEPTIDE, RESIDUES 126-132
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium citrate, Hepes, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
1GH6 RETINOBLASTOMA POCKET COMPLEXED WITH SV40 LARGE T ANTIGEN 提交 2000-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–117（111 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 3.20 Å R-free 0.314
1Q1S Mouse Importin alpha- phosphorylated SV40 CN peptide complex 提交 2003-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 110–133（24 aa） 片段：CN peptide - Ser112 chemically phosphorylated
链 B 110–133（24 aa） 片段：CN peptide - Ser112 chemically phosphorylated
链 C 70–529（460 aa） 片段：NLS binding domain (70-529)
突变：S120A, S123A, T124A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S120A, S123A, T124A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1Q1T Mouse Importin alpha: non-phosphorylated SV40 CN peptide complex 提交 2003-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 110–133（24 aa） 片段：CN peptide
链 B 110–133（24 aa） 片段：CN peptide
链 C 70–529（460 aa） 片段：NLS binding domain (70-529)
突变：S120A, S123A, T124A 突变：S120A, S123A, T124A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.233
1SVL Co-crystal structure of SV40 large T antigen helicase domain and ADP 提交 2004-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
链 B 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
链 C 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；277 K；Tris, magnesium chloride, PEG 8000, DTT, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.264
1SVM Co-crystal structure of SV40 large T antigen helicase domain and ATP 提交 2004-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
链 B 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
链 C 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
链 D 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
链 E 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
链 F 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；277 K；Tris, magnesium chloride, PEG 8000, DTT, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.94 Å R-free 0.241
1SVO Structure of SV40 large T antigen helicase domain 提交 2004-03-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
链 B 251–627（377 aa） 片段：HELICASE DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；HEPES, NACL, ETHANOL, EDTA, DTT, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1TBD SOLUTION STRUCTURE OF THE ORIGIN DNA BINDING DOMAIN OF SV40 T-ANTIGEN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 131–260（130 aa） 片段：DNA BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；303 K
分辨率未提供
1Z1D Structural Model for the interaction between RPA32 C-terminal domain and SV40 T antigen origin binding domain. 提交 2005-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 131–259（129 aa） 片段：SV40 T antigen Origin binding domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03 M；压力 ambient
NMR样品组成 0.2mM RPA32C U-15N, 0.6mM Tag-OBD, 20mM Tris buffer pH 7.0, 2 mM DTT, 5mM MgCl2, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2mM Tag-OBD U-15N, 0.6mM RPA32C, 20mM Tris buffer pH 7.0, 2mM DTT, 5mM MgCl2, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2FUF Crystal structure of the SV40 large T antigen origin-binding domain 提交 2006-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 131–260（130 aa） 片段：DNA binding domain (residues 131-259)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；1.6 M Sodium citrate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.45 Å R-free 0.189
2IF9 Crystal Structure of SV40 T-antigen origin binding domain disulfide-linked dimer 提交 2006-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 131–260（130 aa） 片段：origin binding domain
链 B 131–260（130 aa） 片段：origin binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；30 % peg 4000, 0.1M sodium citrate (pH 5.6), 0.2 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.59 Å R-free 0.296
2IPR Origin binding domain of the SV40 large T antigen (residues 131-259). P21 crystal form 提交 2006-10-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 131–259（129 aa） 片段：Origin binding domain (residues 131-259)
链 B 131–259（129 aa） 片段：Origin binding domain (residues 131-259)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；300 K；20 mM NaSCN, 10% P4K, 0.1 Tris, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.50 Å R-free 0.204
2ITJ Origin binding domain of the SV40 large T antigen (residues 131-259). P212121 crystal form 提交 2006-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 131–259（129 aa） 片段：Origin binding domain (residues 131-259)
链 B 131–259（129 aa） 片段：Origin binding domain (residues 131-259)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20 mM NaAc, 20% PEG4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 2.50 Å R-free 0.289
2ITL The origin binding domain of the SV40 large T antigen bound to the functional pen palindrome DNA (23 bp) 提交 2006-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 131–259（129 aa） 片段：Origin binding domain (residues 131-259)
链 B 131–259（129 aa） 片段：Origin binding domain (residues 131-259)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20% PEG 3000, and 10 mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 1.65 Å R-free 0.251
2NL8 The origin binding domain of the SV40 large T antigen bound non specifically to a 17 bp palindrome DNA (sites 1 and 3) 提交 2006-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 131–259（129 aa） 片段：Origin binding domain (residues 131-259)
突变：CYS216SER 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；20 mM NaAcetate, 20% PEG 3000 + 4% PEG 600, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.30 Å R-free 0.299
2NTC Crystal Structure of sv40 large T antigen origin binding domain with DNA 提交 2006-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 131–260（130 aa） 片段：Origin binding domain (residues 131-259)
链 B 131–260（130 aa） 片段：Origin binding domain (residues 131-259)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；273 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.1 M calcium acetate, 30 % v/v peg 8000, 20 % glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K
分辨率 2.40 Å R-free 0.287
2TBD SV40 T ANTIGEN DNA-BINDING DOMAIN, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 131–260（130 aa） 片段：DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 131 - 260
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；303 K
分辨率未提供
3QK2 Structure-Based Analysis of the Interaction between the Simian Virus 40 T-Antigen Origin Binding Domain and Single-Stranded DNA 提交 2011-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 131–260（130 aa） 片段：origin binding domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；278 K；0.2 M thiocyanate [SCN], 17.5% PEG 3350, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
分辨率 1.64 Å R-free 0.187
3QN2 Structure-based design of a disulfide-linked oligomeric form of the Simian Virus 40 (SV40) large T antigen DNA binding domain 提交 2011-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 131–260（130 aa） 片段：origin binding domain
突变：F151C, C216A, D256C FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.6 M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.66 Å R-free 0.191
4FGN Crystal structure of the SV40 large T-antigen origin bining domain bound to Site I DNA 提交 2012-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 131–260（130 aa） 片段：origin binding domain, UNP residues 131-260
链 B 131–260（130 aa） 片段：origin binding domain, UNP residues 131-260
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.1M sodium acetate pH 4.6, .2M ammonium sulfate, 30 % Peg 4000, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.267
4RXH Crystal Structure of Importin-alpha from Neurospora crassa complexed with SV40NLS 提交 2014-12-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 125–132（8 aa）
链 C 125–132（8 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；20 Mm Bicine pH 8.5, 20%(w/v) PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 1.76 Å R-free 0.211
5D9I SV40 Large T antigen origin binding domain bound to artificial DNA fork 提交 2015-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 131–260（130 aa） 片段：unp residues 131-260
链 B 131–260（130 aa） 片段：unp residues 131-260
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；100 mM Tris, 300 mM NH4Cl, 28% polyethylene glycol [PEG] 4000, 20 mM CaCl2
分辨率 1.70 Å R-free 0.223
9EVH SV40 large T antigen assembly with DNA in presence of ADP 提交 2024-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 1–708（708 aa）
链 B 1–708（708 aa）
链 C 1–708（708 aa）
链 D 1–708（708 aa）
链 E 1–708（708 aa）
链 F 1–708（708 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM ADP.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
9EVP SV40 LTAg assembly with DNA in presence of AMPPNP and Mg2+. 提交 2024-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM TrisHCl (pH 7.5), 1 mM DTT, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl, 3 mM AMP-PMP.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9EXD SV40 LTAg assembly in presence of ATP. 提交 2024-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–708（708 aa）
链 B 1–708（708 aa）
链 C 1–708（708 aa）
链 D 1–708（708 aa）
链 E 1–708（708 aa）
链 F 1–708（708 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM ATP.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9F3T Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_010). 提交 2024-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F3U Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_010). 提交 2024-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F5I Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_005). 提交 2024-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F73 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_015). 提交 2024-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F74 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_015). 提交 2024-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F75 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_019). 提交 2024-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F7N Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_000, frame_000). 提交 2024-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F9N Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_005). 提交 2024-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F9O Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_015). 提交 2024-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F9W Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_019). 提交 2024-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9F9X Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_001, frame_000). 提交 2024-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9FA1 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_010). 提交 2024-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9FA2 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_005). 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9FB0 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_019). 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9FB4 SV40 large T antigen assembly with DNA in presence of ATP. 提交 2024-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM ATP.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9FB5 Active SV40 LTAg complex with DNA (3D variability component_002, frame_000). 提交 2024-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM ATP, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT and 50 mM NaCl.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9FB6 SV40 large T antigen assembly with DNA in presence of ATP. 提交 2024-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 mM ATP.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9KAE CryoEM structure of LTag bound to SV40 EP half origin DNA 提交 2024-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9KAK CryoEM structure of LTag bound to SV40 AT half origin DNA 提交 2024-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 266–627（362 aa）
链 B 266–627（362 aa）
链 C 266–627（362 aa）
链 D 266–627（362 aa）
链 E 266–627（362 aa）
链 F 266–627（362 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 44 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TALA_SV40
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–368； UniProt 260–627 作者链 B； PDB构建体 1–368； UniProt 260–627

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1n25

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1n25
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1n25
沉积日期 deposition_date2002-10-21
结构标题 titleCrystal structure of the SV40 Large T antigen helicase domain
关键词 keywordsHelicase domain, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.09 Å
零角强度 I(0) i0106084000.00
分子量 molecular_weight83654.0 kDa
排除体积 excluded_volume105960 ų
包络体积 envelope_volume134920 ų
水化壳体积 shell_volume38510 ų
包络直径 envelope_diameter97.4 Å
壳层 Rg shell_rg36.49 Å
包络 Rg envelope_rg28.64 Å
形状 Rg shape_rg29.08 Å
总 Rg total_rg29.87 Å
总原子数 total_atoms5868
残基数 n_residues724
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.9 Å
Rg (实空间) rg_real29.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal106100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9136
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.7 Å
偏度 Skewness skewness0.135
峰度 Kurtosis kurtosis-0.565
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14650000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.971
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1n25a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain
结构域编号 domain_idd1n25b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1n25A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain
结构域编号 domain_id1n25A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Large T antigen, SV40, domain 3
结构域编号 domain_id1n25A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1n25B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain
结构域编号 domain_id1n25B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Large T antigen, SV40, domain 3
结构域编号 domain_id1n25B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)