1nf3

Structure of Cdc42 in a complex with the GTPase-binding domain of the cell polarity protein, Par6

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 145.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G25K GTP-binding protein, placental isoform

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–181	突变：Q61L	PAR-6B × 1 （Q9JK83） MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；24% PEG 4000, 100mM sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.273
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–181	突变：Q61L	PAR-6B × 1 （Q9JK83） MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；24% PEG 4000, 100mM sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.273
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–181 链 B； UniProt 2–181	突变：Q61L	PAR-6B × 2 （Q9JK83） MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；24% PEG 4000, 100mM sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1NF3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A4R G12V MUTANT OF HUMAN PLACENTAL CDC42 GTPASE IN THE GDP FORM 提交 1998-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）链 B 1–191（191 aa）	突变：YES 突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GNH AMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60	分辨率 2.50 Å R-free 0.280
1AJE CDC42 FROM HUMAN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K	分辨率未提供
1AM4 COMPLEX BETWEEN CDC42HS.GMPPNP AND P50 RHOGAP (H. SAPIENS) 提交 1997-06-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–177（176 aa）	突变：M501P	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.9；pH 5.9	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
1AM4 COMPLEX BETWEEN CDC42HS.GMPPNP AND P50 RHOGAP (H. SAPIENS) 提交 1997-06-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–177（176 aa）	突变：M501P	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.9；pH 5.9	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
1AM4 COMPLEX BETWEEN CDC42HS.GMPPNP AND P50 RHOGAP (H. SAPIENS) 提交 1997-06-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–177（176 aa）	突变：M501P	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.9；pH 5.9	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
1AN0 CDC42HS-GDP COMPLEX 提交 1997-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–190（189 aa）链 B 2–190（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；pH 4.8	分辨率 2.80 Å R-free 0.344
1CEE SOLUTION STRUCTURE OF CDC42 IN COMPLEX WITH THE GTPASE BINDING DOMAIN OF WASP 提交 1999-03-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–179（179 aa）片段：CDC42	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM；压力 1	分辨率未提供
1CF4 CDC42/ACK GTPASE-BINDING DOMAIN COMPLEX 提交 1999-03-23	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）	突变：Q61L	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K NMR样品组成 [50%2H; 100%15N,13C]-labelled Cdc42, unlabelled f-ACK, 90% H2O/10% \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 [U-15N] f-ACK, Cdc42, 90% H2O/10% \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 [U-13C; U-15N] f-ACK, Cdc42, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 [U-13C; U-15N] Cdc42, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 [U-100% 15N] Cdc42, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1DOA Structure of the rho family gtp-binding protein cdc42 in complex with the multifunctional regulator rhogdi 提交 1999-12-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–188（188 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；15% PEG 4000, 100 mM Glutamic Acid, 25 mM MgSO4, 50 mM Tris, 2 mM NaN3, 2 mM LDAO , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.320
1DOA Structure of the rho family gtp-binding protein cdc42 in complex with the multifunctional regulator rhogdi 提交 1999-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–188（188 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 GER GERAN-8-YL GERAN × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；15% PEG 4000, 100 mM Glutamic Acid, 25 mM MgSO4, 50 mM Tris, 2 mM NaN3, 2 mM LDAO , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.320
1E0A Cdc42 complexed with the GTPase binding domain of p21 activated kinase 提交 2000-03-16	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）片段：1-184	突变：YES	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）5 MM NA2HPO4, 25MM NACL；压力 1 NMR样品组成 90% WATER, 10% D2O	分辨率未提供
1EES SOLUTION STRUCTURE OF CDC42HS COMPLEXED WITH A PEPTIDE DERIVED FROM P-21 ACTIVATED KINASE, NMR, 20 STRUCTURES 提交 2000-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–178（178 aa）片段：AMINO ACIDS 1-178	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）64 mM；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM U-15N,13C Cdc42Hs, 0.8 mM PBD46; 25 mM NaCl, 5 mM Na2PO4, 5 mM MgCl2, 1 mM NaN3, pH 5.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM U-15N Cdc42Hs, 0.8 mM PBD46; 25 mM NaCl, 5 mM Na2PO4, 5 mM MgCl2, 1 mM NaN3, pH 5.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM Cdc42Hs, 0.8 mM U-15N,13C PBD46; 25 mM NaCl, 5 mM Na2PO4, 5 mM MgCl2, 1 mM NaN3, pH 5.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM Cdc42Hs, 0.8 mM U-15N PBD46; 25 mM NaCl, 5 mM Na2PO4, 5 mM MgCl2, 1 mM NaN3, pH 5.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM 70%-2H,U-15N,13C Cdc42Hs, 0.8 mM PBD46; 25 mM NaCl, 5 mM Na2PO4, 5 mM MgCl2, 1 mM NaN3, pH 5.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM U-2H,15N Cdc42Hs, 0.8 mM PBD46; 25 mM NaCl, 5 mM Na2PO4, 5 mM MgCl2, 1 mM NaN3, pH 5.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM U-15N,13C Cdc42Hs, 0.8 mM PBD46; 25 mM NaCl, 5 mM Na2PO4, 5 mM MgCl2, 1 mM NaN3, pH 5.5 \| 100% D2O NMR样品组成 0.8 mM Cdc42Hs, 0.8 mM U-15N,13C PBD46; 25 mM NaCl, 5 mM Na2PO4, 5 mM MgCl2, 1 mM NaN3, pH 5.5 \| 100% D2O	分辨率未提供
1GRN CRYSTAL STRUCTURE OF THE CDC42/CDC42GAP/ALF3 COMPLEX. 提交 1998-07-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）片段：CDC42	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
1KI1 Guanine Nucleotide Exchange Region of Intersectin in Complex with Cdc42 提交 2001-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–188（188 aa）片段：residues 1-188	突变：C188S	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
1KI1 Guanine Nucleotide Exchange Region of Intersectin in Complex with Cdc42 提交 2001-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–188（188 aa）片段：residues 1-188	突变：C188S	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
1KZ7 Crystal Structure of the DH/PH Fragment of Murine Dbs in Complex with the Placental Isoform of Human Cdc42 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–188（188 aa）片段：residues 1-188	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG 8000, sodium formate, Tris HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.239
1KZ7 Crystal Structure of the DH/PH Fragment of Murine Dbs in Complex with the Placental Isoform of Human Cdc42 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–188（188 aa）片段：residues 1-188	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG 8000, sodium formate, Tris HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.239
1KZG DbsCdc42(Y889F) 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–188（188 aa）片段：residues 1-188	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG 8000,Tris HCL, NaFormate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.259
1KZG DbsCdc42(Y889F) 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–188（188 aa）片段：residues 1-188	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG 8000,Tris HCL, NaFormate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.259
2ASE NMR structure of the F28L mutant of Cdc42Hs 提交 2005-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–178（178 aa）	突变：F28L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）30 mM；压力 ambient NMR样品组成 U-15N Cdc42Hs, 25 mM phosphate buffer, 5 mM MgCl2, pH 5.5, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 U-15N Cdc42Hs, 25 mM phosphate buffer, 5 mM MgCl2, pH 5.5, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 Cdc42Hs, 25 mM phosphate buffer, 5 mM MgCl2, pH 5.5, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2DFK Crystal structure of the CDC42-Collybistin II complex 提交 2006-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–191（191 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；PEG 8000, Potassium dihydrogen phosphate, NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 8.00	分辨率 2.15 Å R-free 0.229
2DFK Crystal structure of the CDC42-Collybistin II complex 提交 2006-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–191（191 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；PEG 8000, Potassium dihydrogen phosphate, NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 8.00	分辨率 2.15 Å R-free 0.229
2DFK Crystal structure of the CDC42-Collybistin II complex 提交 2006-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–191（191 aa）链 D 1–191（191 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；PEG 8000, Potassium dihydrogen phosphate, NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 8.00	分辨率 2.15 Å R-free 0.229
2KB0 Cdc42(T35A) 提交 2008-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–178（178 aa）	突变：T35A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Cdc42(T35A), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NGR TRANSITION STATE COMPLEX FOR GTP HYDROLYSIS BY CDC42: COMPARISONS OF THE HIGH RESOLUTION STRUCTURES FOR CDC42 BOUND TO THE ACTIVE AND CATALYTICALLY COMPROMISED FORMS OF THE CDC42-GAP. 提交 1998-07-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）片段：FULL-LENGTH CDC42 IN COMPLEX WITH A C-TERMINAL ACTIVE DOMAIN OF CDC42GAP(R305A) MUTANT.	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.293
2ODB The crystal structure of human cdc42 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 6 (PAK6) 提交 2006-12-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–181（181 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M acetate, 2M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.232
2ODB The crystal structure of human cdc42 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 6 (PAK6) 提交 2006-12-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–181（181 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M acetate, 2M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.232
2ODB The crystal structure of human cdc42 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 6 (PAK6) 提交 2006-12-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–181（181 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M acetate, 2M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.232
2ODB The crystal structure of human cdc42 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 6 (PAK6) 提交 2006-12-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–181（181 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M acetate, 2M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.232
2QRZ Cdc42 bound to GMP-PCP: Induced Fit by Effector is Required 提交 2007-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；12% PEG 6K, 100 mM Na Acetate, 50 mM MES, pH 6.0, 100 mM Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
2WM9 Structure of the complex between DOCK9 and Cdc42. 提交 2009-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–188（188 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 6 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN USING HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. 1 UL OF COMPLEX WITH 200 MM NDSB-201 ADDED TO PROTEIN PRIOR TO CRYSTALLIZATION WAS MIXED WITH EQUAL VOLUME OF CRYSTALLIZATION BUFFER: 14% (W/V) PEG3350,100 MM MES (PH 6.0), 200 MM AMMONIUM ACETATE, 12% GLYCEROL. CRYSTALS WERE GROWN AT 20C.	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
2WMN Structure of the complex between DOCK9 and Cdc42-GDP. 提交 2009-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–188（188 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.39 Å R-free 0.276
2WMO Structure of the complex between DOCK9 and Cdc42. 提交 2009-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–188（188 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
3GCG crystal structure of MAP and CDC42 complex 提交 2009-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–178（177 aa）片段：UNP residues 2-178	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Hepes pH 7.5, 10% PEG 6000, 5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
3QBV Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin 提交 2011-01-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–178（178 aa）片段：UNP Residues 1-178	突变：F56R	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.65 Å R-free 0.284
3QBV Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin 提交 2011-01-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–178（178 aa）片段：UNP Residues 1-178	突变：F56R	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.65 Å R-free 0.284
3VHL Crystal structure of the DHR-2 domain of DOCK8 in complex with Cdc42 (T17N mutant) 提交 2011-08-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–188（188 aa）	突变：T17N, C188S	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2M Potassium phosphate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.08 Å R-free 0.232
4DID Crystal structure of Salmonella effector N-terminal domain SopB in complex with Cdc42 提交 2012-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；277 K；0.2M sodium chloride, 0.1M phosphate-citrate pH 4.2, 20% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.237
4ITR Crystal Structure of IbpAFic2-H3717A in complex with adenylylated Cdc42 提交 2013-01-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–191（191 aa）链 D 1–191（191 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；PEG 3350, Bis-Tris, (NH4)2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
4JS0 Complex of Cdc42 with the CRIB-PR domain of IRSp53 提交 2013-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–178（178 aa）	突变：G12V	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18-20% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.004M betain hydrochloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
4YC7 Crystal structure of human FMNL2 GBD-FH3 Domains bound to Cdc42-GppNHp 提交 2015-02-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–179（179 aa）片段：UNP residues 1-179	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；20 mM Tris/HCl (pH 8.0), 14% (v/v) PEG 3350, 0.25 M magnesium acetate	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
4YDH The structure of human FMNL1 N-terminal domains bound to Cdc42 提交 2015-02-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–179（179 aa）链 D 1–179（179 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；17% (v/v) PEG 3350, 0.16 M tri-ammonium citrate	分辨率 3.80 Å R-free 0.281
5FI1 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Cdc42 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–191（191 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；Ammonium citrate, PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.198
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–188（188 aa）	突变：C188S	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–188（188 aa）	突变：C188S	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
5UPK CDC42 binds PAK4 via an extended GTPase-effector interface - 3 peptide: PAK4cat, PAK4-N45, CDC42 提交 2017-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–177（177 aa）	突变：Q61L	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M HEPES pH 7.5, 22% PEG1,000	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
5UPL CDC42 binds PAK4 via an extended GTPase-effector inteface - 2 peptide: PAK4FL, CDC42 - UNREFINED 提交 2017-02-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–177（177 aa）片段：UNP residues 1-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5, 50mM Na2SO4, 6% PEG6000	分辨率 3.00 Å R-free 0.310
6AJ4 Crystal structure of the DHR-2 domain of DOCK7 in complex with Cdc42 提交 2018-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–188（188 aa）	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG3350 and tri-potassium citrate monohydrate	分辨率 3.26 Å R-free 0.259
6AJ4 Crystal structure of the DHR-2 domain of DOCK7 in complex with Cdc42 提交 2018-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–188（188 aa）	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG3350 and tri-potassium citrate monohydrate	分辨率 3.26 Å R-free 0.259
6AJ4 Crystal structure of the DHR-2 domain of DOCK7 in complex with Cdc42 提交 2018-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–188（188 aa）	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG3350 and tri-potassium citrate monohydrate	分辨率 3.26 Å R-free 0.259
6AJ4 Crystal structure of the DHR-2 domain of DOCK7 in complex with Cdc42 提交 2018-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–188（188 aa）	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG3350 and tri-potassium citrate monohydrate	分辨率 3.26 Å R-free 0.259
6AJL DOCK7 mutant I1836Y complexed with Cdc42 提交 2018-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–188（188 aa）	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, tri-potassium citrate monohydrate	分辨率 3.23 Å R-free 0.259
6AJL DOCK7 mutant I1836Y complexed with Cdc42 提交 2018-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–188（188 aa）	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, tri-potassium citrate monohydrate	分辨率 3.23 Å R-free 0.259
6AJL DOCK7 mutant I1836Y complexed with Cdc42 提交 2018-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–188（188 aa）	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, tri-potassium citrate monohydrate	分辨率 3.23 Å R-free 0.259
6AJL DOCK7 mutant I1836Y complexed with Cdc42 提交 2018-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–188（188 aa）	突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；PEG3350, tri-potassium citrate monohydrate	分辨率 3.23 Å R-free 0.259
6SIU Crystal structure of IbpAFic2 covalently tethered to Cdc42 提交 2019-08-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–191（191 aa）链 D 1–191（191 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 10 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2 LJN [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-(acetamidomethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M citric acid	分辨率 2.49 Å R-free 0.239
6SUP Crystal Structure of TcdB2-TccC3-Cdc42 提交 2019-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 167–179（13 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；0.1 M sodium chloride, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 12 % PEG 4000 Seeding: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium acetate pH 4.6, 12 % PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.320
6TKY Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with CDC42 提交 2019-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–188（188 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 200 mM potassium acetate, 8% (v/v) 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol.	分辨率 2.55 Å R-free 0.246
6TKY Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with CDC42 提交 2019-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–188（188 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 200 mM potassium acetate, 8% (v/v) 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol.	分辨率 2.55 Å R-free 0.246
6TKZ Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with CDC42 提交 2019-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric	链 C 1–188（188 aa）链 D 1–188（188 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 200 mM potassium acetate, 8% (v/v) 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol.	分辨率 2.64 Å R-free 0.274
6TKZ Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with CDC42 提交 2019-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric	链 C 1–188（188 aa）链 D 1–188（188 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 200 mM potassium acetate, 8% (v/v) 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol.	分辨率 2.64 Å R-free 0.274
7S0Y Structures of TcdB in complex with Cdc42 提交 2021-08-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 4–179（176 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 11 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium cacodylate (pH 6.6), 2.4 M ammonium sulfate, and 2.5% (v/v) Jeffamine M-600 (pH 7.0)	分辨率 2.79 Å R-free 0.259
8I5F Crystal structure of the DHR-2 domain of DOCK10 in complex with Cdc42 (T17N mutant) 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–188（188 aa）链 D 1–188（188 aa）	突变：T17N, C188S 突变：T17N, C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 8000, sodium chloride	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
9GRM Cdc42 in complex with inhibitory peptide 提交 2024-09-11	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）片段：1-184	突变：Q61L	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1 NMR样品组成 0.48 mM [U-100% 15N] Cdc42, 0.58 mM None Peptide, 50 mM None sodium phosphate, 150 mM None sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-13C; U-15N] Cdc42, 0.45 mM None Peptide, 50 mM None sodium phosphate, 150 mM None sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.415 mM [U-100% 15N] Peptide, 0.45 mM None Cdc42, 50 mM None sodium phosphate, 150 mM None sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9VM2 Structure of DOCK6-Cdc42 complex protomer 提交 2025-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–187（187 aa）	突变：G15A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.94 Å
9VM3 Structure of DOCK6-Cdc42 complex 提交 2025-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–187（187 aa）链 D 1–187（187 aa）	突变：G15A 突变：G15A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.52 Å

共 45 个其他 PDB 条目、66 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	CDC42_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–195； UniProt 2–181 作者链 B； PDB构建体 6–195； UniProt 2–181

PAR-6B

Mus musculus

UniProt Q9JK83

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 126–253	片段：GTPase-binding domain	G25K GTP-binding protein, placental isoform × 1 （P60953） MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；24% PEG 4000, 100mM sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.273
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 126–253	片段：GTPase-binding domain	G25K GTP-binding protein, placental isoform × 1 （P60953） MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；24% PEG 4000, 100mM sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.273
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 126–253 链 D； UniProt 126–253	片段：GTPase-binding domain	G25K GTP-binding protein, placental isoform × 2 （P60953） MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；24% PEG 4000, 100mM sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAR6B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–128； UniProt 126–253 作者链 D； PDB构建体 1–128； UniProt 126–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nf3
沉积日期 deposition_date	2002-12-12
结构标题 title	Structure of Cdc42 in a complex with the GTPase-binding domain of the cell polarity protein, Par6
关键词 keywords	semi-CRIB motif, Switch I and II, PDZ domain, GTPase binding domain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.85 Å
零角强度 I(0) i0	74899200.00
分子量 molecular_weight	70934.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89271 Å³
包络体积 envelope_volume	126750 Å³
水化壳体积 shell_volume	26938 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.4 Å
壳层 Rg shell_rg	43.46 Å
包络 Rg envelope_rg	40.82 Å
形状 Rg shape_rg	40.86 Å
总 Rg total_rg	41.00 Å
总原子数 total_atoms	4972
残基数 n_residues	634
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	74860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6562
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.694
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8408000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.195; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.073; Smooth: 0.868

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	G25K GTP-binding protein, placental isoform
分子量 formula_weight	21566.9 kDa
突变 mutation	Q61L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5395

GAMGIQTIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNKFPSEYVPTVFDNYAVTVMIGGEPYTLGLFDTAGLEDYDRLRPLSYPQTDVFLVCFSVVSPSSFENVKEKWVPEITHHCPKTPFLLVGTQIDLRDDPSTIEKLAKNKQKPITPETAEKLARDLKAVKYVECSALTQKGLKNVFDEAILAALEPPEPKKSRRCVLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PAR-6B
分子量 formula_weight	14175.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

RKKPHIVISMPQDFRPVSSIIDVDILPETHRRVRLCKYGTEKPLGFYIRDGSSVRVTPHGLEKVPGIFISRLVPGGLAQSTGLLAVNDEVLEVNGIEVSGKSLDQVTDMMIANSRNLIITVRPANQRN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	423

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1nf3a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1nf3a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1nf3b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1nf3b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1nf3c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d1nf3d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1nf3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1nf3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1nf3C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	1nf3D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (6)

▶

晶胞边长 a length_a	41.744 Å
晶胞边长 b length_b	53.787 Å
晶胞边长 c length_c	79.521 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	81.55 °
晶胞夹角 β angle_beta	76.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.04 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	29.170 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2730

fit	/app/data/saxs_computation/nf/1nf3/1nf3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nf/1nf3/1nf3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nf/1nf3/1nf3.dat

Structure of Cdc42 in a complex with the GTPase-binding domain of the cell polarity protein, Par6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G25K GTP-binding protein, placental isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PAR-6B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (6)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)