1nun

Crystal Structure Analysis of the FGF10-FGFR2b Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibroblast growth factor-10

Homo sapiens

UniProt O15520

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 64–208 未记录 fibroblast growth factor receptor 2 isoform 2 × 1 (P21802) SO4 SULFATE ION × 2 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;PEG 400, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.90 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGF10_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–145; UniProt 64–208

fibroblast growth factor receptor 2 isoform 2

Homo sapiens

UniProt P21802

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 140–369 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Fibroblast growth factor-10 × 1 (O15520) SO4 SULFATE ION × 2 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;PEG 400, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.90 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–230; UniProt 140–369

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1nun

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1nun
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nun
沉积日期 deposition_date2003-01-31
结构标题 titleCrystal Structure Analysis of the FGF10-FGFR2b Complex
关键词 keywordsBETA-TREFOIL FOLD, IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN, HORMONE-GROWTH FACTOR-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR/MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.01
零角强度 I(0) i026538200.00
分子量 molecular_weight38528.0 kDa
排除体积 excluded_volume47681 ų
包络体积 envelope_volume58153 ų
水化壳体积 shell_volume21509 ų
包络直径 envelope_diameter98.5
壳层 Rg shell_rg29.40
包络 Rg envelope_rg25.45
形状 Rg shape_rg25.00
总 Rg total_rg25.56
总原子数 total_atoms2702
残基数 n_residues344
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.7
Rg (实空间) rg_real25.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real2.6540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal26540000.0000
解质量估计 total_estimate0.7747
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.8
偏度 Skewness skewness0.625
峰度 Kurtosis kurtosis0.129
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3403000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.560; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.398; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1nuna_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)
结构域编号 domain_idd1nunb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd1nunb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1nunA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id1nunB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1nunB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)