1qd7

PARTIAL MODEL FOR 30S RIBOSOMAL SUBUNIT

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S4 RIBOSOMAL PROTEIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 2	CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 END FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 S5 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P02357） S6 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23370） S7 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P17291） S8 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P24319） S15 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P05766） S17 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23828） S20 RIBOSOMAL PROTEIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS4_BACST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–159； UniProt 41–198

S5 RIBOSOMAL PROTEIN

物种未注明

UniProt P02357

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 2	CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 END FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 S4 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P81288） S6 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23370） S7 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P17291） S8 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P24319） S15 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P05766） S17 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23828） S20 RIBOSOMAL PROTEIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS5_BACST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–145； UniProt 4–148

S6 RIBOSOMAL PROTEIN

物种未注明

UniProt P23370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 2	CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 END FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 S4 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P81288） S5 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P02357） S7 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P17291） S8 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P24319） S15 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P05766） S17 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23828） S20 RIBOSOMAL PROTEIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS6_THETH
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97

S7 RIBOSOMAL PROTEIN

物种未注明

UniProt P17291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 2	CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 END FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 S4 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P81288） S5 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P02357） S6 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23370） S8 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P24319） S15 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P05766） S17 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23828） S20 RIBOSOMAL PROTEIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS7_THETH
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–135； UniProt 11–145

S8 RIBOSOMAL PROTEIN

物种未注明

UniProt P24319

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 2	CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 END FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 S4 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P81288） S5 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P02357） S6 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23370） S7 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P17291） S15 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P05766） S17 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23828） S20 RIBOSOMAL PROTEIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS8_THETH
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 2–136； UniProt 3–137

S15 RIBOSOMAL PROTEIN

物种未注明

UniProt P05766

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 2	CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 END FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 S4 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P81288） S5 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P02357） S6 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23370） S7 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P17291） S8 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P24319） S17 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23828） S20 RIBOSOMAL PROTEIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS15_BACST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–85； UniProt 2–86

S17 RIBOSOMAL PROTEIN

物种未注明

UniProt P23828

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 2	CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 END FRAGMENT OF 16 S RNA × 1 S4 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P81288） S5 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P02357） S6 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P23370） S7 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P17291） S8 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P24319） S15 RIBOSOMAL PROTEIN × 1 （P05766） S20 RIBOSOMAL PROTEIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS17_BACST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–82； UniProt 5–86

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qd7
沉积日期 deposition_date	1999-07-09
结构标题 title	PARTIAL MODEL FOR 30S RIBOSOMAL SUBUNIT
关键词 keywords	30S RIBOSOMAL SUBUNIT, LOW RESOLUTION MODEL, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1qd7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1qd7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1qd7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.94 Å
Rg（电子密度）	60.77 Å
总 Rg	60.42 Å
原子数	359
残基数	359
排除体积	143190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1qd7__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CENTRAL FRAGMENT OF 16 S RNA
分子量 formula_weight	53096.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1305

NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	END FRAGMENT OF 16 S RNA
分子量 formula_weight	17211.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	S4 RIBOSOMAL PROTEIN
分子量 formula_weight	18624.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKLSEYGLQLQEKQKLRHMYGVNERQFRKTFEEAGKMPGKHGENFMILLESRLDNLVYRLGLARTRRQARQLVTHGHILVDGSRVNIPSYRVKPGQTIAVREKSRNLQVIKEALEANNYIPDYLSFDPEKMEGTYTRLPERSELPAEINEALIVEFYSR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	S5 RIBOSOMAL PROTEIN
分子量 formula_weight	15240.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

INPNKLELEERVVAVNRVAKVVKGGRRLRFSALVVVGDKNGHVGFGTGKAQEVPEAIRKAIEDAKKNLIEVPIVGTTIPHEVIGHFGAGEIILKPASEGTGVIAGGPARAVLELAGISDILSKSIGSNTPINMVRATFDGLKQLK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	S6 RIBOSOMAL PROTEIN
分子量 formula_weight	11619.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELRIRDNVRRVMVVKSQEPF

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	S7 RIBOSOMAL PROTEIN
分子量 formula_weight	15342.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

LQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRVGGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	S8 RIBOSOMAL PROTEIN
分子量 formula_weight	15624.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

TDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVIHHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	S15 RIBOSOMAL PROTEIN
分子量 formula_weight	10200.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

LTQERKREIIEQFKVHENDTGSPEVQIAILTEQINNLNEHLRVHKKDHHSRRGLLKMVGKRRRLLAYLRNKDVARYREIVEKLGL

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	S17 RIBOSOMAL PROTEIN
分子量 formula_weight	10081.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

QRKVYVGRVVSDKMDKTITVLVETYKKHPLYGKRVKYSKKYKAHDEHNEAKVGDIVKIMETRPLSATKRFRLVEIVEKAVRAGAGAGAA

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	S20 RIBOSOMAL PROTEIN
分子量 formula_weight	8528.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1qd7c1
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.3 — Small subunit

结构域编号 domain_id	d1qd7c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1qd7d_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.3 — Small subunit

结构域编号 domain_id	d1qd7e_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.3 — Small subunit

结构域编号 domain_id	d1qd7f_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.3 — Small subunit

结构域编号 domain_id	d1qd7g_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.3 — Small subunit

结构域编号 domain_id	d1qd7h_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.3 — Small subunit

结构域编号 domain_id	d1qd7i_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.3 — Small subunit

结构域编号 domain_id	d1qd7j_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.3 — Small subunit

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7. 引用文献 (8)

Structure of a bacterial 30S ribosomal subunit at 5.5 A resolution.

Nature (1999)

PMID: 10476960 · DOI: 10.1038/23631 PRIMARY

;The crystal structure of ribosomal protein S4 reveals a two-domain molecule with an extensive RNA-binding surface: one domain shows structural homology to the ETS DNA-binding motif ;

Embo J. (1998)

DOI: 10.1093/emboj/17.16.4545

;Crystal structure of ribosomal protein S8 from Thermus thermophilus reveals a high degree of structural conservation of a specific RNA binding site ;

J.Mol.Biol. (1998)

DOI: 10.1006/jmbi.1998.1758

Conformational variability of the N-terminal helix in the structure of ribosomal protein S15

Structure (1998)

The structure of ribosomal protein S7 at 1.9 A resolution reveals a beta- hairpin motif that binds double-stranded nucleic acids

Structure (1997)

DOI: 10.1016/S0969-2126(97)00269-4

Solution structure of prokaryotic ribosomal protein S17 by high-resolution NMR spectroscopy

Biochemistry (1996)

DOI: 10.1021/bi951062i

Crystal structure of the ribosomal protein S6 from Thermus thermophilus

Embo J. (1994)

The structure of ribosomal protein S5 reveals sites of interaction with 16S rRNA

Nature (1992)

DOI: 10.1038/358768a0

晶胞边长 a length_a	401.600 Å
晶胞边长 b length_b	401.600 Å
晶胞边长 c length_c	174.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

PARTIAL MODEL FOR 30S RIBOSOMAL SUBUNIT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S4 RIBOSOMAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S5 RIBOSOMAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S6 RIBOSOMAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S7 RIBOSOMAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S8 RIBOSOMAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S15 RIBOSOMAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S17 RIBOSOMAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1qd7__assembly_1__model_1

1qd7__assembly_1__model_1 | I(q)

1qd7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer