1rxr

HIGH RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF THE RETINOID X RECEPTOR DNA BINDING DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURE

Method: SOLUTION NMR Dmax: 46.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINOIC ACID RECEPTOR-ALPHA

Homo sapiens

UniProt P19793

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 130–212 片段:DNA-BINDING DOMAIN, 130-212 突变:C195A ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.6;300 K;离子强度(mmCIF原始值)120;压力 AMBIENT NMR样品组成:WATER 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 107 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RXRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–83; UniProt 130–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rxr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rxr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rxr
沉积日期 deposition_date1998-06-12
结构标题 titleHIGH RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF THE RETINOID X RECEPTOR DNA BINDING DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURE
关键词 keywordsTRANSCRIPTION FACTOR, NUCLEAR HORMONE RECEPTOR, ZINC-FINGER; TRANSCRIPTION FACTOR
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.79
零角强度 I(0) i0680472000.00
分子量 molecular_weight198400.0 kDa
排除体积 excluded_volume239600 ų
包络体积 envelope_volume24137 ų
水化壳体积 shell_volume13458 ų
包络直径 envelope_diameter54.5
壳层 Rg shell_rg21.14
包络 Rg envelope_rg15.88
形状 Rg shape_rg12.82
总 Rg total_rg12.86
总原子数 total_atoms27000
残基数 n_residues1660
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax46.6
Rg (实空间) rg_real12.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real6.8050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal680500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7703
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary14.8
偏度 Skewness skewness0.323
峰度 Kurtosis kurtosis-0.223
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha173000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.860; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1rxra_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamilyg.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family familyg.39.1.2 — Nuclear receptor

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1rxrA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)