1xiw

Crystal structure of human CD3-e/d dimer in complex with a UCHT1 single-chain antibody fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 118.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–126	片段：ectodomain	T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 （P04234） immunoglobulin light chain variable region × 1 immunoglobulin heavy chain variable region × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 3350, sodium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 23–126	片段：ectodomain	T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 （P04234） immunoglobulin light chain variable region × 1 immunoglobulin heavy chain variable region × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 3350, sodium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1XIW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 186–203（18 aa）链 J 186–203（18 aa）链 L 186–203（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 186–203（18 aa）链 D 186–203（18 aa）链 F 186–203（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 186–203（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 186–203（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 186–203（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 186–203（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 186–203（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1A81 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM SH2 DOMAIN OF THE SYK KINASE BOUND TO A DUALLY TYROSINE-PHOSPHORYLATED ITAM 提交 1998-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 186–203（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；10% (W/V) PEG800, 10% (V/V) PEG 200, 0.1M TRIS HCL PH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.317
1SY6 Crystal Structure of CD3gammaepsilon Heterodimer in Complex with OKT3 Fab Fragment 提交 2004-03-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–118（96 aa）片段：CD3 epsilon/gamma ecto domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；PEG3350, potassium formate, TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 323K, temperature 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
2JXB Structure of CD3epsilon-Nck2 first SH3 domain complex 提交 2007-11-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 177–188（12 aa）片段：;Fusion protein of T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain cytoplasmic domain residues 177-188 and Cytoplasmic protein NCK2 first SH3 domain ;	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 2 mM [U-13C; U-15N] entity, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2ROL Structural Basis of PxxDY motif recognition in SH3 binding 提交 2008-04-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 181–192（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.8mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Eps8L1SH3; 2.4mM CD3e peptide; 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6JXR Structure of human T cell receptor-CD3 complex 提交 2019-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
7FJD Cryo-EM structure of a membrane protein(WT) 提交 2021-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.20 Å
7FJE Cryo-EM structure of a membrane protein(LL) 提交 2021-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
7FJF Cryo-EM structure of a membrane protein(CS) 提交 2021-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	C3S CHOLEST-5-EN-3-YL HYDROGEN SULFATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
7PHR Structure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I 提交 2021-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 E 23–158（136 aa）链 e 23–158（136 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8ES7 CryoEM structure of PN45545 TCR-CD3 complex 提交 2022-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2–207（206 aa）链 F 2–207（206 aa）	未记录	Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8ES8 CryoEM structure of PN45545 TCR-CD3 in complex with HLA-A2 MAGEA4 (230-239) 提交 2022-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 E 2–207（206 aa）链 F 2–207（206 aa）	未记录	Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
8ES9 CryoEM structure of PN45428 TCR-CD3 in complex with HLA-A2 MAGEA4 提交 2022-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 E 2–207（206 aa）链 F 2–207（206 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
8F0L Crystal Structure of the Human T cell Receptor CD3(EPSILON) N-Terminal Peptide Complexed with ADI-26906 FAB 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 22–34（13 aa）链 Q 22–34（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Crystals of the ADI-26906 Fab complexed to CD3 epsilon N13 peptide were obtained by the sitting drop vapor diffusion method. The ADI-26906 Fab buffered in PBS, was first buffer-exchanged into 20 mM Bis-Tris pH 6.0 and 150 mM NaCl. The Fab (0.31 mM) was mixed with the N13 peptide (7.8 mM) at a Fab:peptide ratio of 1:25 and incubated on ice for 1.5 h. A BCS screen (Molecular Dimensions Ltd.) was set up using a mosquito crystallization robot (STP Labtech), with each drop consisting of 100 nL protein and 100 nL of reservoir solution, and left to equilibrate against a 40 uL reservoir solution at 293 K. After a few days, crystals were obtained in condition A6 (0.1 M MES pH 6.5, 25% w/v PEG Smear Broad).	分辨率 1.81 Å R-free 0.195
8JC0 V gamma9 V delta2 TCR and CD3 complex in LMNG 提交 2023-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8JCB Vgamma5 Vdelta1 T cell receptor complex 提交 2023-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.50 Å
8TW4 TCR in nanodisc ND-I 提交 2023-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8TW6 TCR in nanodisc ND-II 提交 2023-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8WXE Vgamma5Vdelta1 EH TCR-CD3 complex 提交 2023-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8WY0 T cell receptor delta 2 gamma 9 with F283A, F290A, and F291A 提交 2023-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8WYI T cell receptor delta 2 gamma 9 with TCRD TM domain chimera of TRAC 提交 2023-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8YC0 T cell receptor V delta2 V gamma9 in GDN 提交 2024-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.12 Å
8ZA6 Cryo-EM structure of the gdTCR-CD3 complex 提交 2024-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.43 Å
9BBC TCR GDN detergent micelle 提交 2024-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9C3E TCR - CD3 complex bound to HLA 提交 2024-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9CI8 T cell receptor complex 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 e 33–156（124 aa）链 f 33–156（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Hepes buffer saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9CIA T cell receptor complex 提交 2024-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 e 33–155（123 aa）链 f 33–155（123 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES buffer saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
9CQ4 G115 gamma delta TCR/CD3 complex bound by OKT3 Fab 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9IP8 Poly-alanine model for HL-type bispecific diabody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon (closed conformation) 提交 2024-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 23–118（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å
9IP9 Poly-alanine model for HL-type bispecific diabody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon (middle conformation) 提交 2024-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 23–118（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
9IPA Poly-alanine model for HL-type bispecific diabody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon (open conformation) 提交 2024-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 23–118（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.85 Å
9IPC Poly-alanine model for LH-type bispecific diabody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon (closed conformation) 提交 2024-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 23–118（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9IPD Poly-alanine model for LH-type bispecific diabody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon (middle conformation) 提交 2024-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 23–118（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9IPE Poly-alanine model for LH-type bispecific diabody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon (open conformation) 提交 2024-07-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 23–118（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
9IRS Cryo-EM structure of the TCR-OKT3 complex 提交 2024-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.18 Å
9IRU Cryo-em structure of TCR-4B1 complex 提交 2024-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.14 Å
9JXZ V gamma9 V delta2 TCR and CD3 complex 提交 2024-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
9JY0 Fab-CD3-gamma epsilon-TCR complex 提交 2024-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
9JY1 delta epsilon/delta epsilon Fab-TCR tetramer 提交 2024-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
9JY2 Fab-CD3-delta epsilon-TCR complex 提交 2024-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 e 33–154（122 aa）链 f 33–154（122 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
9JY3 delta epsilon/gamma epsilon Fab-TCR tetramer 提交 2024-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 E 33–154（122 aa）链 F 33–154（122 aa）链 e 33–154（122 aa）链 f 33–154（122 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
9JY4 gamma epsilon/gamma epsilon Fab-TCR tetramer 提交 2024-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）链 e 1–207（207 aa）链 f 1–207（207 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9T46 Crystal structure of the Fab 40G5c in complex with a CD3 epsilon peptide 提交 2025-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 22–30（9 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 9 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；294 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 2 M (NH4)2SO4	分辨率 1.65 Å R-free 0.225

共 42 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD3E_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–105； UniProt 23–126 作者链 E； PDB构建体 2–105； UniProt 23–126

T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

Homo sapiens

UniProt P04234

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 23–100	片段：ectodomain	T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 1 （P07766） immunoglobulin light chain variable region × 1 immunoglobulin heavy chain variable region × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 3350, sodium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 23–100	片段：ectodomain	T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 1 （P07766） immunoglobulin light chain variable region × 1 immunoglobulin heavy chain variable region × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 3350, sodium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1XIW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6JXR Structure of human T cell receptor-CD3 complex 提交 2019-04-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
7FJD Cryo-EM structure of a membrane protein(WT) 提交 2021-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.20 Å
7FJE Cryo-EM structure of a membrane protein(LL) 提交 2021-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
7FJF Cryo-EM structure of a membrane protein(CS) 提交 2021-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	C3S CHOLEST-5-EN-3-YL HYDROGEN SULFATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
7PHR Structure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I 提交 2021-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 D 22–132（111 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8ES7 CryoEM structure of PN45545 TCR-CD3 complex 提交 2022-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–171（171 aa）	未记录	Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8ES8 CryoEM structure of PN45545 TCR-CD3 in complex with HLA-A2 MAGEA4 (230-239) 提交 2022-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 D 1–171（171 aa）	未记录	Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
8ES9 CryoEM structure of PN45428 TCR-CD3 in complex with HLA-A2 MAGEA4 提交 2022-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 D 1–171（171 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
8JC0 V gamma9 V delta2 TCR and CD3 complex in LMNG 提交 2023-05-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8JCB Vgamma5 Vdelta1 T cell receptor complex 提交 2023-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 D 1–171（171 aa）链 d 1–171（171 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.50 Å
8TW4 TCR in nanodisc ND-I 提交 2023-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–171（171 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8TW6 TCR in nanodisc ND-II 提交 2023-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8WXE Vgamma5Vdelta1 EH TCR-CD3 complex 提交 2023-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8WY0 T cell receptor delta 2 gamma 9 with F283A, F290A, and F291A 提交 2023-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8WYI T cell receptor delta 2 gamma 9 with TCRD TM domain chimera of TRAC 提交 2023-10-31	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8YC0 T cell receptor V delta2 V gamma9 in GDN 提交 2024-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.12 Å
8ZA6 Cryo-EM structure of the gdTCR-CD3 complex 提交 2024-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.43 Å
9BBC TCR GDN detergent micelle 提交 2024-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–171（171 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9C3E TCR - CD3 complex bound to HLA 提交 2024-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 D 1–125（125 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9CI8 T cell receptor complex 提交 2024-07-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 d 22–126（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Hepes buffer saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9CIA T cell receptor complex 提交 2024-07-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 d 22–127（106 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES buffer saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
9CQ4 G115 gamma delta TCR/CD3 complex bound by OKT3 Fab 提交 2024-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9IRS Cryo-EM structure of the TCR-OKT3 complex 提交 2024-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.18 Å
9IRU Cryo-em structure of TCR-4B1 complex 提交 2024-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.14 Å
9JXZ V gamma9 V delta2 TCR and CD3 complex 提交 2024-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
9JY0 Fab-CD3-gamma epsilon-TCR complex 提交 2024-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 d 1–171（171 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
9JY1 delta epsilon/delta epsilon Fab-TCR tetramer 提交 2024-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 D 1–171（171 aa）链 d 1–171（171 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
9JY2 Fab-CD3-delta epsilon-TCR complex 提交 2024-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 d 22–126（105 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
9JY3 delta epsilon/gamma epsilon Fab-TCR tetramer 提交 2024-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 D 22–126（105 aa）链 d 22–126（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
9JY4 gamma epsilon/gamma epsilon Fab-TCR tetramer 提交 2024-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 D 1–171（171 aa）链 d 1–171（171 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD3D_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–79； UniProt 23–100 作者链 F； PDB构建体 2–79； UniProt 23–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xiw
沉积日期 deposition_date	2004-09-22
结构标题 title	Crystal structure of human CD3-e/d dimer in complex with a UCHT1 single-chain antibody fragment
关键词 keywords	CD3-epsilon, CD3-delta, UCHT1-scFv, immunoglobulin fold, antibody-antigen complex, membrane protein-Immune System COMPLEX; membrane protein/Immune System
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.29 Å
零角强度 I(0) i0	120165000.00
分子量 molecular_weight	86020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106850 Å³
包络体积 envelope_volume	135120 Å³
水化壳体积 shell_volume	36537 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.65 Å
包络 Rg envelope_rg	31.94 Å
形状 Rg shape_rg	32.23 Å
总 Rg total_rg	32.87 Å
总原子数 total_atoms	6044
残基数 n_residues	765
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	120200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8314
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	116.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.524
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.156
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.667; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.844; Smooth: 0.960

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
分子量 formula_weight	11893.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	6363

MDGNEEMGGITQTPYKVSISGTTVILTCPQYPGSEILWQHNDKNIGGDEDDKNIGSDEDHLSLKEFSELEQSGYYVCYPRGSKPEDANFYLYLRARVCENCMEMD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
分子量 formula_weight	9106.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MKIPIEELEDRVFVNCNTSITWVEGTVGTLLSDITRLDLGKRILDPRGIYRCNGTDIYKDKESTVQVHYRMCQSCVELD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	immunoglobulin light chain variable region
分子量 formula_weight	11994.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDIRNYLNWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLHSGVPSKFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPWTFAGGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	immunoglobulin heavy chain variable region
分子量 formula_weight	13650.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

EVQLQQSGPELVKPGASMKISCKASGYSFTGYTMNWVKQSHGKNLEWMGLINPYKGVSTYNQKFKDKATLTVDKSSSTAYMELLSLTSEDSAVYYCARSGYYGDSDWYFDVWGQGTTLTVFS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	319

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1xiwa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1xiwb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1xiwc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1xiwd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1xiwe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1xiwf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1xiwg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1xiwh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1xiwA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1xiwB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1xiwC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1xiwD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1xiwE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1xiwF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1xiwG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1xiwH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.874 Å
晶胞边长 b length_b	79.326 Å
晶胞边长 c length_c	150.747 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.170 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/xi/1xiw/1xiw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xi/1xiw/1xiw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xi/1xiw/1xiw.dat

Crystal structure of human CD3-e/d dimer in complex with a UCHT1 single-chain antibody fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)