1y0v

Crystal structure of anthrax edema factor (EF) in complex with calmodulin and pyrophosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin-sensitive adenylate cyclase

Bacillus anthracis

UniProt P40136

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin × 1 (P62155) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin × 1 (P62155) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin × 1 (P62155) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin × 1 (P62155) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin × 1 (P62155) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin × 1 (P62155) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYAA_BACAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 10–777; UniProt 33–800 作者链 B; PDB构建体 10–777; UniProt 33–800 作者链 C; PDB构建体 10–777; UniProt 33–800 作者链 D; PDB构建体 10–777; UniProt 33–800 作者链 E; PDB构建体 10–777; UniProt 33–800 作者链 F; PDB构建体 10–777; UniProt 33–800

Calmodulin

Xenopus laevis

UniProt P62155

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin-sensitive adenylate cyclase × 1 (P40136) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin-sensitive adenylate cyclase × 1 (P40136) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin-sensitive adenylate cyclase × 1 (P40136) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin-sensitive adenylate cyclase × 1 (P40136) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin-sensitive adenylate cyclase × 1 (P40136) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Calmodulin-sensitive adenylate cyclase × 1 (P40136) MAGNESIUM ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM_XENLA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 3–146; UniProt 5–148 作者链 I; PDB构建体 3–146; UniProt 5–148 作者链 J; PDB构建体 3–146; UniProt 5–148 作者链 K; PDB构建体 3–146; UniProt 5–148 作者链 L; PDB构建体 3–146; UniProt 5–148 作者链 M; PDB构建体 3–146; UniProt 5–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1y0v
沉积日期 deposition_date2004-11-16
结构标题 titleCrystal structure of anthrax edema factor (EF) in complex with calmodulin and pyrophosphate
关键词 keywordsCalcium-Independent, Calmodulin, Anthrax edema factor, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1y0v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1y0v__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1y0v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)38.03 Å
Rg(电子密度)37.72 Å
总 Rg38.00 Å
原子数7151
残基数881
排除体积127460 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1y0v__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1y0v__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 1y0v__assembly_3__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 1y0v__assembly_4__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 1y0v__assembly_5__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 1y0v__assembly_6__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 42 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd1y0vh1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd1y0vh2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1y0vi1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd1y0vi2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1y0vj1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd1y0vj2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1y0vk1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd1y0vk2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1y0vl1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd1y0vl2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1y0vm1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd1y0vm2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (30 domains)

结构域编号 domain_id1y0vA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1y0vA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain
结构域编号 domain_id1y0vA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id1y0vB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1y0vB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain
结构域编号 domain_id1y0vB04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id1y0vC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1y0vC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain
结构域编号 domain_id1y0vC04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id1y0vD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1y0vD03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain
结构域编号 domain_id1y0vD04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id1y0vE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1y0vE03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain
结构域编号 domain_id1y0vE04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id1y0vF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1y0vF03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain
结构域编号 domain_id1y0vF04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id1y0vH01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vH02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vI01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vI02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vJ01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vJ02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vK01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vK02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vL01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vL02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vM01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y0vM02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
▶

7. 引用文献 (1)