2a79

Mammalian Shaker Kv1.2 potassium channel- beta subunit complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 154.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit

Rattus norvegicus

UniProt P62483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–367 未记录 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2 × 4 (P63142) poly-unknown chain × 4 poly-unknown chain × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;peg 400, potassium chloride, tris buffer, EDTA, DTT, TCEP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.90 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCAB2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–333; UniProt 36–367

Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2

Rattus norvegicus

UniProt P63142

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–499 未记录 Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit × 4 (P62483) poly-unknown chain × 4 poly-unknown chain × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;peg 400, potassium chloride, tris buffer, EDTA, DTT, TCEP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.90 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCNA2_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–499; UniProt 1–499

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2a79

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2a79
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2a79
沉积日期 deposition_date2005-07-05
结构标题 titleMammalian Shaker Kv1.2 potassium channel- beta subunit complex
关键词 keywordspotassium channel, voltage sensor, voltage dependent, ion channel, Shaker, membrane protein, eukaryotic, Kv1.2; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.24
零角强度 I(0) i073405100.00
分子量 molecular_weight69798.0 kDa
排除体积 excluded_volume87455 ų
包络体积 envelope_volume135430 ų
水化壳体积 shell_volume29157 ų
包络直径 envelope_diameter148.2
壳层 Rg shell_rg41.53
包络 Rg envelope_rg44.37
形状 Rg shape_rg44.24
总 Rg total_rg44.06
总原子数 total_atoms4914
残基数 n_residues658
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax154.7
Rg (实空间) rg_real43.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.52
I(0) (实空间) i0_real7.3410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal73340000.0000
解质量估计 total_estimate0.5987
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.3
偏度 Skewness skewness0.571
峰度 Kurtosis kurtosis-0.707
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4086000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.226; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.103; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2a79a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2a79A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
结构域编号 domain_id2a79B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
结构域编号 domain_id2a79B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily930 — Mammalian shaker kv1.2 potassium channel- beta subunit complex
结构域编号 domain_id2a79B03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)