2k8r

Solution structure of human acidic fibroblast growth factor in complex with anti-angiogenic drug inositol hexaphosphate (IP6)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 42.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heparin-binding growth factor 1

Homo sapiens

UniProt P05230

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–155 片段:UNP residues 23-155 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.8;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.1;压力 ambient NMR样品组成:1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 1.5 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, 100 mM ammonium sulfate, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 96 个其他 PDB 条目、217 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–133; UniProt 23–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2k8r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2k8r
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2k8r
沉积日期 deposition_date2008-09-22
结构标题 titleSolution structure of human acidic fibroblast growth factor in complex with anti-angiogenic drug inositol hexaphosphate (IP6)
关键词 keywords;Acidic Fibroblast growth factor, Acetylation, Angiogenesis, Developmental protein, Differentiation, Growth factor, Heparin-binding, Mitogen, Polymorphism, HORMONE ;; HORMONE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.96
零角强度 I(0) i01568200000.00
分子量 molecular_weight315140.0 kDa
排除体积 excluded_volume385450 ų
包络体积 envelope_volume26449 ų
水化壳体积 shell_volume14832 ų
包络直径 envelope_diameter46.4
壳层 Rg shell_rg21.06
包络 Rg envelope_rg14.90
形状 Rg shape_rg13.92
总 Rg total_rg14.17
总原子数 total_atoms43140
残基数 n_residues2660
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.4
Rg (实空间) rg_real14.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.17
I(0) (实空间) i0_real1.5680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1568000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9000
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.9
偏度 Skewness skewness-0.122
峰度 Kurtosis kurtosis-0.558
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha430900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 1.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2k8ra_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2k8rA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)