2l8m

Reduced and CO-bound cytochrome P450cam (CYP101A1)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 71.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Camphor 5-monooxygenase

Pseudomonas putida

UniProt P00183

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–415 片段:sequence database residues 11-415 CAM CAMPHOR × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 1 K POTASSIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)100;压力 ambient NMR样品组成:0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] reduced-CO-bound CYP101A1, 3 mM camphor, pH 7.4 TrisHCl buffer, 100 mM KCl cytochrome, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.4 mM [U-15N] reduced-CO-bound CYP101A1, 3 mM camphor, pH 7.4 TrisHCl buffer, 100 mM KCl, 5% nematic phase C12E5/hexanol added for alignment, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.4 mM [U-15N] reduced-CO-bound CYP101A1, 3 mM camphor, pH 7.4 TrisHCl buffer, 100 mM KCl, except 8 mg/mL pf1 phage added, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 128 个其他 PDB 条目、172 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXA_PSEPU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–415; UniProt 1–415

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2l8m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2l8m
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2l8m
沉积日期 deposition_date2011-01-19
结构标题 titleReduced and CO-bound cytochrome P450cam (CYP101A1)
关键词 keywordsmetalloenzyme, monooxygenase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.44
零角强度 I(0) i036142600.00
分子量 molecular_weight46636.0 kDa
排除体积 excluded_volume58443 ų
包络体积 envelope_volume68364 ų
水化壳体积 shell_volume25947 ų
包络直径 envelope_diameter75.0
壳层 Rg shell_rg28.97
包络 Rg envelope_rg21.85
形状 Rg shape_rg21.41
总 Rg total_rg22.46
总原子数 total_atoms6474
残基数 n_residues405
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.8
Rg (实空间) rg_real22.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34
I(0) (实空间) i0_real3.6140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36140000.0000
解质量估计 total_estimate0.6990
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.3
偏度 Skewness skewness0.204
峰度 Kurtosis kurtosis-0.439
角度范围 angular_range— – 0.3500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8500000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.130; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.984

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2l8ma_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2l8mA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)