2vsl

Crystal Structure of XIAP BIR3 with a Bivalent Smac Mimetic

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 47.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BACULOVIRAL IAP REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4

HOMO SAPIENS

UniProt P98170

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 250–345 片段:BIR3 DOMAIN, RESIDUES 250-345 PEPTIDE (MAA-LYS-PRO-PHE) × 1 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;1.4 M NACL, 5% PEG 6000, pH 7.5 分辨率 2.10 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 73 个其他 PDB 条目、144 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIRC4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–96; UniProt 250–345

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2vsl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2vsl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vsl
沉积日期 deposition_date2008-04-24
结构标题 titleCrystal Structure of XIAP BIR3 with a Bivalent Smac Mimetic
关键词 keywords;ZINC-FINGER, POLYMORPHISM, SMAC MIMETIC, METAL-BINDING, UBL CONJUGATION PATHWAY, THIOL PROTEASE INHIBITOR, PHOSPHOPROTEIN, UBL CONJUGATION, PROTEASE INHIBITOR, BIR3, ZINC, XIAP, LIGASE, APOPTOSIS, CYTOPLASM, HYDROLASE INHIBITOR ;; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.81
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.64
零角强度 I(0) i02811310.00
分子量 molecular_weight11676.0 kDa
排除体积 excluded_volume14573 ų
包络体积 envelope_volume15612 ų
水化壳体积 shell_volume10544 ų
包络直径 envelope_diameter47.0
壳层 Rg shell_rg18.40
包络 Rg envelope_rg13.14
形状 Rg shape_rg12.63
总 Rg total_rg14.00
总原子数 total_atoms823
残基数 n_residues99
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.6
Rg (实空间) rg_real13.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34
I(0) (实空间) i0_real2.8110e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0260e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2811000.0000
解质量估计 total_estimate0.8577
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.9
偏度 Skewness skewness0.233
峰度 Kurtosis kurtosis-0.225
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha786300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.965

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2vsla_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2vslA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)