3gj5

Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF4 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–216 突变:F35S Nuclear pore complex protein Nup153 × 1 (P49791) MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;0.1 Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.79 Å R-free 0.233
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–216 突变:F35S Nuclear pore complex protein Nup153 × 1 (P49791) MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;0.1 Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.79 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、202 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 7–221; UniProt 2–216 作者链 C; PDB构建体 7–221; UniProt 2–216

Nuclear pore complex protein Nup153

Rattus norvegicus

UniProt P49791

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 848–876 片段:Nup153 - Zinc finger module 4: UNP residues 848-876 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;0.1 Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.79 Å R-free 0.233
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 848–876 片段:Nup153 - Zinc finger module 4: UNP residues 848-876 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;295 K;0.1 Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.79 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU153_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 6–34; UniProt 848–876 作者链 D; PDB构建体 6–34; UniProt 848–876

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3gj5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3gj5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3gj5
沉积日期 deposition_date2009-03-07
结构标题 titleCrystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF4 complex
关键词 keywords;G protein, GDP, RAN, Nup153, nuclear pore, Zinc Finger, Acetylation, Cytoplasm, GTP-binding, Host-virus interaction, Isopeptide bond, Nucleotide-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Polymorphism, Protein transport, Transport, Ubl conjugation, DNA-binding, Metal-binding, mRNA transport, Nuclear pore complex, Translocation, Zinc, Zinc-finger, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.47
零角强度 I(0) i045457600.00
分子量 molecular_weight52117.0 kDa
排除体积 excluded_volume65259 ų
包络体积 envelope_volume78738 ų
水化壳体积 shell_volume26165 ų
包络直径 envelope_diameter81.6
壳层 Rg shell_rg32.44
包络 Rg envelope_rg25.55
形状 Rg shape_rg25.45
总 Rg total_rg26.35
总原子数 total_atoms3654
残基数 n_residues454
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.5
Rg (实空间) rg_real26.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real4.5460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal45460000.0000
解质量估计 total_estimate0.9095
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.2
偏度 Skewness skewness0.277
峰度 Kurtosis kurtosis-0.618
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4855000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.946

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3gj5a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd3gj5b_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.11 — Ran binding protein zinc finger-like
家族 Family familyg.41.11.1 — Ran binding protein zinc finger-like
结构域编号 domain_idd3gj5c_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd3gj5d_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.11 — Ran binding protein zinc finger-like
家族 Family familyg.41.11.1 — Ran binding protein zinc finger-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3gj5A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3gj5C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)