3ja8

Cryo-EM structure of the MCM2-7 double hexamer

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 152.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minichromosome Maintenance 2

物种未注明

UniProt P29469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 1–868 未记录 Minichromosome Maintenance 3 × 1 (P24279) Minichromosome Maintenance 4 × 1 (P30665) Minichromosome Maintenance 5 × 1 (P29496) Minichromosome Maintenance 6 × 1 (P53091) Minichromosome Maintenance 7 × 1 (P38132) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM2_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–868; UniProt 1–868

Minichromosome Maintenance 3

物种未注明

UniProt P24279

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 1–971 未记录 Minichromosome Maintenance 2 × 1 (P29469) Minichromosome Maintenance 4 × 1 (P30665) Minichromosome Maintenance 5 × 1 (P29496) Minichromosome Maintenance 6 × 1 (P53091) Minichromosome Maintenance 7 × 1 (P38132) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM3_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–971; UniProt 1–971

Minichromosome Maintenance 4

物种未注明

UniProt P30665

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 1–933 未记录 Minichromosome Maintenance 2 × 1 (P29469) Minichromosome Maintenance 3 × 1 (P24279) Minichromosome Maintenance 5 × 1 (P29496) Minichromosome Maintenance 6 × 1 (P53091) Minichromosome Maintenance 7 × 1 (P38132) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM4_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–933; UniProt 1–933

Minichromosome Maintenance 5

物种未注明

UniProt P29496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 5; UniProt 1–775 未记录 Minichromosome Maintenance 2 × 1 (P29469) Minichromosome Maintenance 3 × 1 (P24279) Minichromosome Maintenance 4 × 1 (P30665) Minichromosome Maintenance 6 × 1 (P53091) Minichromosome Maintenance 7 × 1 (P38132) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM5_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 1–775; UniProt 1–775

Minichromosome Maintenance 6

物种未注明

UniProt P53091

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 6; UniProt 1–1017 未记录 Minichromosome Maintenance 2 × 1 (P29469) Minichromosome Maintenance 3 × 1 (P24279) Minichromosome Maintenance 4 × 1 (P30665) Minichromosome Maintenance 5 × 1 (P29496) Minichromosome Maintenance 7 × 1 (P38132) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM6_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 6; PDB构建体 1–1017; UniProt 1–1017

Minichromosome Maintenance 7

物种未注明

UniProt P38132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 7; UniProt 1–845 未记录 Minichromosome Maintenance 2 × 1 (P29469) Minichromosome Maintenance 3 × 1 (P24279) Minichromosome Maintenance 4 × 1 (P30665) Minichromosome Maintenance 5 × 1 (P29496) Minichromosome Maintenance 6 × 1 (P53091) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM7_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–845; UniProt 1–845

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ja8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ja8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ja8
沉积日期 deposition_date2015-05-09
结构标题 titleCryo-EM structure of the MCM2-7 double hexamer
关键词 keywordsCryo-EM, single particle, MCM2-7, DNA replication, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.81
零角强度 I(0) i02611710000.00
分子量 molecular_weight424870.0 kDa
排除体积 excluded_volume531300 ų
包络体积 envelope_volume773580 ų
水化壳体积 shell_volume122430 ų
包络直径 envelope_diameter156.2
壳层 Rg shell_rg59.92
包络 Rg envelope_rg47.85
形状 Rg shape_rg48.83
总 Rg total_rg49.05
总原子数 total_atoms29838
残基数 n_residues3786
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax152.7
Rg (实空间) rg_real49.21
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72
I(0) (实空间) i0_real2.6120e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2613000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8868
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary66.8
偏度 Skewness skewness0.011
峰度 Kurtosis kurtosis-0.530
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha474200000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.925

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 19 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd3ja821
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.11 — DNA replication initiator (cdc21/cdc54) N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ja822
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.27 — AAA domain of minichromosome maintenance protein (MCM)
结构域编号 domain_idd3ja831
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.11 — DNA replication initiator (cdc21/cdc54) N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ja832
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.27 — AAA domain of minichromosome maintenance protein (MCM)
结构域编号 domain_idd3ja841
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.11 — DNA replication initiator (cdc21/cdc54) N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ja842
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.27 — AAA domain of minichromosome maintenance protein (MCM)
结构域编号 domain_idd3ja851
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.11 — DNA replication initiator (cdc21/cdc54) N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ja852
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.27 — AAA domain of minichromosome maintenance protein (MCM)
结构域编号 domain_idd3ja861
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.11 — DNA replication initiator (cdc21/cdc54) N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ja862
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.27 — AAA domain of minichromosome maintenance protein (MCM)
结构域编号 domain_idd3ja871
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.11 — DNA replication initiator (cdc21/cdc54) N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ja872
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.27 — AAA domain of minichromosome maintenance protein (MCM)

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id3ja8201
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3ja8204
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3ja8501
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3ja8601
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3ja8602
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id3ja8604
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3ja8703
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)