3ru4

Crystal structure of the Bowman-Birk serine protease inhibitor BTCI in complex with trypsin and chymotrypsin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cationic trypsin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor × 1 （P17734） Chymotrypsinogen A × 1 （P00766） Chymotrypsinogen A × 1 （P00766） Chymotrypsinogen A × 1 （P00766） CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 6 SULFATE ION × 9 1,2-ETHANEDIOL × 6 (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRY1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–223； UniProt 24–246

Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor

物种未注明

UniProt P17734

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cationic trypsin × 1 （P00760） Chymotrypsinogen A × 1 （P00766） Chymotrypsinogen A × 1 （P00766） Chymotrypsinogen A × 1 （P00766） CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 6 SULFATE ION × 9 1,2-ETHANEDIOL × 6 (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IBB_VIGUN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–61； UniProt 14–74

Chymotrypsinogen A

物种未注明

UniProt P00766

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cationic trypsin × 1 （P00760） Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor × 1 （P17734） CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 6 SULFATE ION × 9 1,2-ETHANEDIOL × 6 (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTRA_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3, 4, 5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–11； UniProt 1–11 作者链 D； PDB构建体 1–131； UniProt 16–146 作者链 E； PDB构建体 1–96； UniProt 150–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ru4
沉积日期 deposition_date	2011-05-04
结构标题 title	Crystal structure of the Bowman-Birk serine protease inhibitor BTCI in complex with trypsin and chymotrypsin
关键词 keywords	serine protease and bowman-birk fold, digestion and inhibition, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ru4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ru4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ru4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.94 Å
Rg（电子密度）	25.42 Å
总 Rg	26.11 Å
原子数	3956
残基数	522
排除体积	70113 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ru4__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cationic trypsin
分子量 formula_weight	23324.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T
原子数 atom_count	4732

IVGGYTCGANTVPYQVSLNSGYHFCGGSLINSQWVVSAAHCYKSGIQVRLGEDNINVVEGNEQFISASKSIVHPSYNSNTLNNDIMLIKLKSAASLNSRVASISLPTSCASAGTQCLISGWGNTKSSGTSYPDVLKCLKAPILSDSSCKSAYPGQITSNMFCAGYLEGGKDSCQGDSGGPVVCSGKLQGIVSWGSGCAQKNKPGVYTKVCNYVSWIKQTIASN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor
分子量 formula_weight	6689.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SSKPCCDRCECTKSIPPQCRCSDVRLNSCHSACKSCACTFSIPAQCFCGDINDFCYKPCKS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Chymotrypsinogen A
分子量 formula_weight	1083.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

CGVPAIQPVLS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Chymotrypsinogen A
分子量 formula_weight	13934.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

IVNGEEAVPGSWPWQVSLQDKTGFHFCGGSLINENWVVTAAHCGVTTSDVVVAGEFDQGSSSEKIQKLKIAKVFKNSKYNSLTINNDITLLKLSTAASFSQTVSAVCLPSASDDFAAGTTCVTTGWGLTRY

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Chymotrypsinogen A
分子量 formula_weight	10003.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

NTPDRLQQASLPLLSNTNCKKYWGTKIKDAMICAGASGVSSCMGDSGGPLVCKKNGAWTLVGIVSWGSSTCSTSTPGVYARVTALVNWVQQTLAAN

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	694

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3ru4b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.13 — Bowman-Birk inhibitor, BBI
家族 Family family	g.3.13.1 — Bowman-Birk inhibitor, BBI

结构域编号 domain_id	d3ru4t_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3ru4B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	69 — Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H

结构域编号 domain_id	3ru4D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3ru4E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3ru4T01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3ru4T02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	49.477 Å
晶胞边长 b length_b	54.571 Å
晶胞边长 c length_c	69.286 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	67.28 °
晶胞夹角 β angle_beta	71.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	73.55 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.680 Å
最低分辨率 resolution_low	62.020 Å
R 因子 r_factor	0.1590
R_work r_work	0.1572
R_free r_free	0.1925

Crystal structure of the Bowman-Birk serine protease inhibitor BTCI in complex with trypsin and chymotrypsin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cationic trypsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chymotrypsinogen A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ru4__assembly_1__model_1

3ru4__assembly_1__model_1 | I(q)

3ru4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)