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3wtu

Crystal structure of the complex comprised of ETS1 (V170A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 120.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Runt-related transcription factor 1

Mus musculus

UniProt Q03347

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 60–263 片段：UNP RESIDUES 60-263 突变：L94K, V170A Core-binding factor subunit beta × 1 （Q08024） Protein C-ets-1 × 1 （P14921） ;DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.282
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 F； UniProt 60–263 片段：UNP RESIDUES 60-263 突变：L94K, V170A Core-binding factor subunit beta × 1 （Q08024） Protein C-ets-1 × 1 （P14921） ;DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3WTU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EAN THE RUNX1 Runt domain at 1.70A resolution: A structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–185（140 aa） 片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 46-185
突变：YES CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；30% MPEG 350, 5-10% PEG 3350, 70 MM NA CACODYLATE, PH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.222
1EAO THE RUNX1 Runt domain at 1.4A resolution: a structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–185（140 aa） 片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 46-185
突变：YES BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；25 % PEG 3350, 16% GLYCEROL, 130 MM NA CACODYLATE, PH 6.4
分辨率 1.40 Å R-free 0.173
1EAO THE RUNX1 Runt domain at 1.4A resolution: a structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 46–185（140 aa） 片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 46-185
突变：YES BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；25 % PEG 3350, 16% GLYCEROL, 130 MM NA CACODYLATE, PH 6.4
分辨率 1.40 Å R-free 0.173
1EAQ The RUNX1 Runt domain at 1.25A resolution: A structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–185（140 aa） 片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 36-185
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；25 % PEG 3350, 16% GLYCEROL, 130 MM NA CACODYLATE, PH 6.4
分辨率 1.25 Å R-free 0.167
1EAQ The RUNX1 Runt domain at 1.25A resolution: A structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 46–185（140 aa） 片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 36-185
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；25 % PEG 3350, 16% GLYCEROL, 130 MM NA CACODYLATE, PH 6.4
分辨率 1.25 Å R-free 0.167
1HJB CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 60–182（123 aa） 片段：RESIDUES 60-182
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；5 MM MGSO4, 3% W/V PEG 4000, 1% V/V DIOXANE, 50 MM MES BUFFER, PH 5.6 AT 24 DEGREES C
分辨率 3.00 Å R-free 0.313
1HJB CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 60–182（123 aa） 片段：RESIDUES 60-182
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；5 MM MGSO4, 3% W/V PEG 4000, 1% V/V DIOXANE, 50 MM MES BUFFER, PH 5.6 AT 24 DEGREES C
分辨率 3.00 Å R-free 0.313
1HJC CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 60–182（123 aa） 片段：RESIDUES 60-182
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.15 M MAGNESIUM ACETATE, 5% W/V PEG 4000, 50 MM HEPES BUFFER, PH 7.0 AT 24 DEGREES C
分辨率 2.65 Å R-free 0.263
1HJC CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 60–182（123 aa） 片段：RESIDUES 60-182
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.15 M MAGNESIUM ACETATE, 5% W/V PEG 4000, 50 MM HEPES BUFFER, PH 7.0 AT 24 DEGREES C
分辨率 2.65 Å R-free 0.263
1IO4 CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN-CBFBETA CORE DOMAIN HETERODIMER AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 60–182（123 aa） 片段：RUNT DOMAIN
未记录 AU GOLD ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；0.2 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M DTT, 4.5% V/V PEG 8000, 1% V/V glycerol, 1% V/V MPD, 0.05 M MES buffer pH 5.6, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
2J6W R164N mutant of the RUNX1 Runt domain 提交 2006-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–185（140 aa） 片段：RUNT DOMAIN, RESIDUES 46-185
突变：YES CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；22% PEG 8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH=6.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2J6W R164N mutant of the RUNX1 Runt domain 提交 2006-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 46–185（140 aa） 片段：RUNT DOMAIN, RESIDUES 46-185
突变：YES CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；22% PEG 8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH=6.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K, V170G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K, V170G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K, K167A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K, K167A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 60–263（204 aa） 片段：UNP RESIDUES 60-263
突变：L94K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WU1 Crystal structure of the ETS1-RUNX1-DNA ternary complex 提交 2014-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 55–177（123 aa） 片段：UNP RESIDUES 55-177
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；11% PEG MME 550, 0.1M KCL, 0.015M MGCL2, 0.05M TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
4L0Y Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 1) 提交 2013-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–242（242 aa） 片段：UNP residues 1-242
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；Plate-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by macroseeding, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
4L0Z Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 2) 提交 2013-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–242（242 aa） 片段：UNP residues 1-242
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；Square bipyramid-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by macroseeding, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.272
4L18 Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 3) 提交 2013-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 48–214（167 aa） 片段：UNP residues 48-214
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；2.5% w/v PEG4000, 5 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 5% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.280
4L18 Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 3) 提交 2013-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 E 48–214（167 aa） 片段：UNP residues 48-214
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；2.5% w/v PEG4000, 5 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 5% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.280

共 17 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUNX1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–204； UniProt 60–263 作者链 F； PDB构建体 1–204； UniProt 60–263

Core-binding factor subunit beta

Mus musculus

UniProt Q08024

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–142 片段：UNP RESIDUES 1-142 Runt-related transcription factor 1 × 1 （Q03347） Protein C-ets-1 × 1 （P14921） ;DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.282
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 G； UniProt 1–142 片段：UNP RESIDUES 1-142 Runt-related transcription factor 1 × 1 （Q03347） Protein C-ets-1 × 1 （P14921） ;DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3WTU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ILF NMR STRUCTURE OF APO CBFB 提交 2001-05-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–141（141 aa） 片段：BETA-SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；297 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM sodium chloride；压力 1
NMR样品组成 1.6mM CBFb U-15N, 13C | 25mM phosphate buffer, 3mM DTT, 100 % D2O
NMR样品组成 1.6mM CBFb U-15N | 25mM phosphate buffer, 3mM DTT, 10 % D2O
NMR样品组成 0.8mM CBFb | 25mM phosphate buffer,3mM DTT, 100 % D2O
分辨率未提供
1IO4 CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN-CBFBETA CORE DOMAIN HETERODIMER AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 D 1–141（141 aa） 片段：CORE DOMAIN
未记录 AU GOLD ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；0.2 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M DTT, 4.5% V/V PEG 8000, 1% V/V glycerol, 1% V/V MPD, 0.05 M MES buffer pH 5.6, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
2JHB CORE BINDING FACTOR BETA 提交 1999-03-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–141（141 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；293 K；压力 1
分辨率未提供
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 G 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 G 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 G 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 G 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 G 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 G 1–142（142 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-142
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PEBB_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 G； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Protein C-ets-1

Homo sapiens

UniProt P14921

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 276–441 片段：UNP RESIDUES 276-441 Runt-related transcription factor 1 × 1 （Q03347） Core-binding factor subunit beta × 1 （Q08024） ;DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.282
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 H； UniProt 276–441 片段：UNP RESIDUES 276-441 Runt-related transcription factor 1 × 1 （Q03347） Core-binding factor subunit beta × 1 （Q08024） ;DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3WTU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GVJ ETS-1 DNA BINDING AND AUTOINHIBITORY DOMAINS 提交 2002-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 297–441（145 aa） 片段：RESIDUES 297-441
链 B 297–441（145 aa） 片段：RESIDUES 297-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；297 K；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 30% W/V PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, PROTEIN CONCENTRATION 15 MG/ML PLUS 10 MM DTT, TEMPERATURE 297 K, FOR CRYOPROTECTION 10% OF PEG 400 WAS ADDED.
分辨率 1.53 Å R-free 0.235
2NNY Crystal structure of the Ets1 dimer DNA complex. 提交 2006-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 280–441（162 aa） 片段：residues 280-441
链 B 280–441（162 aa） 片段：residues 280-441
突变：C350S , C416S 突变：C350S , C416S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.2 M ammonium acetate 28% PEG 2000 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 298K
分辨率 2.58 Å R-free 0.271
2STT SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN ETS1/DNA COMPLEX, 25 STRUCTURES 提交 1996-08-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 320–415（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；305 K
分辨率未提供
2STW SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN ETS1/DNA COMPLEX, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 1996-08-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 320–415（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；305 K
分辨率未提供
3MFK Ets1 complex with stromelysin-1 promoter DNA 提交 2010-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 280–441（162 aa） 片段：UNP residues 280-441
链 B 280–441（162 aa） 片段：UNP residues 280-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；15 mM ammonium chloride, 15 mM magnesium chloride, 0.7 M NDSB-195, 40 mM MES buffer (pH 6.5) and 11.5% v/v 2-Propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295 K
分辨率 3.00 Å R-free 0.289
3RI4 Ets1 cooperative binding to widely separated sites on promoter DNA 提交 2011-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 64–225（162 aa） 片段：UNP residues 280-441
链 D 64–225（162 aa） 片段：UNP residues 280-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 sitting drop vapor diffusion and macroseeding；pH 8.5；295 K；200 mM ammonium chloride, 10 mM calcium chloride, 50 mM Tris-HCl buffer (pH 8.5), 18.5% v/v PEG MME 2000, 3% v/v glycerol, sitting drop vapor diffusion and macroseeding, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 H 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 H 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 H 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 H 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
突变：Y329A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 H 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
突变：Y329A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
突变：G333P 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 H 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
突变：G333P 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WTZ Crystal structure of ETS-1 DNA binding and autoinhibitory domains (276-441) 提交 2014-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
链 B 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；9% MPD, 6% PEG 6000, 0.1M HEPES, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.61 Å R-free 0.252
3WU0 Crystal structure of phosphorylated ETS-1 DNA binding and autoinhibitory domains (276-441) 提交 2014-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
链 B 276–441（166 aa） 片段：UNP RESIDUES 276-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；5% PEG 3000, 25% MPD, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3WU1 Crystal structure of the ETS1-RUNX1-DNA ternary complex 提交 2014-04-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 333–441（109 aa） 片段：UNP RESIDUES 333-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；11% PEG MME 550, 0.1M KCL, 0.015M MGCL2, 0.05M TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
4L0Y Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 1) 提交 2013-06-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 296–441（146 aa） 片段：UNP residues 296-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；Plate-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by macroseeding, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
4L0Z Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 2) 提交 2013-06-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 296–441（146 aa） 片段：UNP residues 296-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；Square bipyramid-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by macroseeding, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.272
4L18 Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 3) 提交 2013-06-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 296–441（146 aa） 片段：UNP residues 296-441
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；2.5% w/v PEG4000, 5 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 5% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.280
4L18 Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 3) 提交 2013-06-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 F 296–441（146 aa） 片段：UNP residues 296-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；2.5% w/v PEG4000, 5 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 5% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.280
4LG0 Structure of a ternary FOXO1-ETS1 DNA complex 提交 2013-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 331–440（110 aa） 片段：DNA binding domain, UNP residues 331-440
未记录 CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 400, 0.05M 2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol, 0.1M potassium chloride, 0.01M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.19 Å R-free 0.243
5ZMC Structural Basis for Reactivation of -146C>T Mutant TERT Promoter by cooperative binding of p52 and ETS1/2 提交 2018-04-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 331–441（111 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 2.0 M Ammonium sulphate
分辨率 2.99 Å R-free 0.288

共 20 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ETS1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–166； UniProt 276–441 作者链 H； PDB构建体 1–166； UniProt 276–441

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3wtu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3wtu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3wtu
沉积日期 deposition_date2014-04-21
结构标题 titleCrystal structure of the complex comprised of ETS1 (V170A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA
关键词 keywords;PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION, DNA-BINDING, METHYLATION, NUCLEUS, PHOSPHOPROTEIN, TRANSCRIPTION REGULATION, ISOPEPTIDE BOND, PROTO-ONCOGENE, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.42 Å
零角强度 I(0) i0194438000.00
分子量 molecular_weight100310.0 kDa
排除体积 excluded_volume120200 ų
包络体积 envelope_volume169420 ų
水化壳体积 shell_volume38824 ų
包络直径 envelope_diameter121.6 Å
壳层 Rg shell_rg42.48 Å
包络 Rg envelope_rg36.38 Å
形状 Rg shape_rg37.44 Å
总 Rg total_rg37.66 Å
总原子数 total_atoms6995
残基数 n_residues774
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.8 Å
Rg (实空间) rg_real37.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal194400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8924
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.0 Å
偏度 Skewness skewness0.223
峰度 Kurtosis kurtosis-0.628
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10890000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.827
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd3wtua_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.6 — RUNT domain
结构域编号 domain_idd3wtub_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.54 — Core binding factor beta, CBF
超家族 Superfamily superfamilyb.54.1 — Core binding factor beta, CBF
家族 Family familyb.54.1.1 — Core binding factor beta, CBF
结构域编号 domain_idd3wtuc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.21 — ets domain
结构域编号 domain_idd3wtuf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.6 — RUNT domain
结构域编号 domain_idd3wtug_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.54 — Core binding factor beta, CBF
超家族 Superfamily superfamilyb.54.1 — Core binding factor beta, CBF
家族 Family familyb.54.1.1 — Core binding factor beta, CBF

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3wtuA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 —
结构域编号 domain_id3wtuB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology250 — Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Core binding factor, beta subunit
结构域编号 domain_id3wtuC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id3wtuF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 —
结构域编号 domain_id3wtuG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology250 — Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Core binding factor, beta subunit
结构域编号 domain_id3wtuH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)