3wzq

Crystal structure of the core streptavidin mutant V212 (Y22S/N23D/S27D/S45N/Y83S/R84K/E101D/R103K/E116N) complexed with iminobiotin long tail (IMNtail) at 1.7 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Streptavidin

Streptomyces avidinii

UniProt P22629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 37–163 链 B; UniProt 37–163 链 C; UniProt 37–163 链 D; UniProt 37–163 片段:UNP residues 37-163 突变:Y22S/N23D/S27D/S45N/Y83S/R84K/E101D/R103K/E116N ZOF 6-({5-[(2E,3aS,4S,6aR)-2-iminohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}amino)hexanoic acid × 4 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.8;293 K;60 mM sodium cacodylate trihydrate, 27%(w/v) PEG300, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 312 个其他 PDB 条目、368 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAV_STRAV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 15–141; UniProt 37–163 作者链 B; PDB构建体 15–141; UniProt 37–163 作者链 C; PDB构建体 15–141; UniProt 37–163 作者链 D; PDB构建体 15–141; UniProt 37–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3wzq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3wzq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3wzq
沉积日期 deposition_date2014-10-01
结构标题 titleCrystal structure of the core streptavidin mutant V212 (Y22S/N23D/S27D/S45N/Y83S/R84K/E101D/R103K/E116N) complexed with iminobiotin long tail (IMNtail) at 1.7 A resolution
关键词 keywordsbeta-barrel, BIOTIN BINDING PROTEIN; BIOTIN BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.98
零角强度 I(0) i051113900.00
分子量 molecular_weight53399.0 kDa
排除体积 excluded_volume65803 ų
包络体积 envelope_volume76275 ų
水化壳体积 shell_volume27887 ų
包络直径 envelope_diameter69.8
壳层 Rg shell_rg29.61
包络 Rg envelope_rg22.26
形状 Rg shape_rg21.93
总 Rg total_rg22.96
总原子数 total_atoms3773
残基数 n_residues499
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.0
Rg (实空间) rg_real22.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real5.1110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal51120000.0000
解质量估计 total_estimate0.9123
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.3
偏度 Skewness skewness0.106
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13840000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.980

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd3wzqa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin
结构域编号 domain_idd3wzqa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3wzqb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin
结构域编号 domain_idd3wzqb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3wzqc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin
结构域编号 domain_idd3wzqc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3wzqd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin
结构域编号 domain_idd3wzqd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3wzqA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Avidin-like
结构域编号 domain_id3wzqB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Avidin-like
结构域编号 domain_id3wzqC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Avidin-like
结构域编号 domain_id3wzqD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Avidin-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)