4drh

Co-crystal structure of the PPIase domain of FKBP51, Rapamycin and the FRB fragment of mTOR at low pH

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

Homo sapiens

UniProt Q13451

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–140 片段:FKBP51 Fk1 domain, UNP RESIDUES 1-140 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 1 SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 3.5;293 K;0.1M citric acid 2M (NH4)2SO4, pH 3.5, vapor diffusion, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.226
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–140 片段:FKBP51 Fk1 domain, UNP RESIDUES 1-140 Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (P42345) RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 1 SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 3.5;293 K;0.1M citric acid 2M (NH4)2SO4, pH 3.5, vapor diffusion, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、202 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKBP5_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–144; UniProt 1–140 作者链 D; PDB构建体 5–144; UniProt 1–140

Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2025–2114 片段:FRB domain, UNP RESIDUES 2025-2114 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 × 1 (Q13451) RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 1 SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 3.5;293 K;0.1M citric acid 2M (NH4)2SO4, pH 3.5, vapor diffusion, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.226
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 2025–2114 片段:FRB domain, UNP RESIDUES 2025-2114 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 × 1 (Q13451) RAP RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG × 1 SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 3.5;293 K;0.1M citric acid 2M (NH4)2SO4, pH 3.5, vapor diffusion, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 9–98; UniProt 2025–2114 作者链 E; PDB构建体 9–98; UniProt 2025–2114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4drh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4drh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4drh
沉积日期 deposition_date2012-02-17
结构标题 titleCo-crystal structure of the PPIase domain of FKBP51, Rapamycin and the FRB fragment of mTOR at low pH
关键词 keywords;Fk-506 binding domain, Hsp90 cochaperone, immunophilin, peptidyl-prolyl isomerase, mammalian target of Rapamycin, kinase, signalling, immunosuppression, cancer, Isomerase-Transferase complex ;; Isomerase/Transferase
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.57
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.70
零角强度 I(0) i050626100.00
分子量 molecular_weight53568.0 kDa
排除体积 excluded_volume66068 ų
包络体积 envelope_volume83095 ų
水化壳体积 shell_volume26921 ų
包络直径 envelope_diameter109.3
壳层 Rg shell_rg32.91
包络 Rg envelope_rg26.89
形状 Rg shape_rg26.64
总 Rg total_rg27.52
总原子数 total_atoms3732
残基数 n_residues447
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.0
Rg (实空间) rg_real27.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.23
I(0) (实空间) i0_real5.0630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.69
I(0) (倒空间) i0_reciprocal50620000.0000
解质量估计 total_estimate0.8007
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.4
偏度 Skewness skewness0.503
峰度 Kurtosis kurtosis-0.184
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13570000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.572; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.691; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd4drha_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase
结构域编号 domain_idd4drhb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.7 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)
家族 Family familya.24.7.1 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)
结构域编号 domain_idd4drhb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4drhd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase
结构域编号 domain_idd4drhe1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.7 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)
家族 Family familya.24.7.1 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)
结构域编号 domain_idd4drhe2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4drhA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id4drhB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — FKBP12-rapamycin binding domain
结构域编号 domain_id4drhD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id4drhE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — FKBP12-rapamycin binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)