4jiv

VCA0105 PAAR-repeat protein from Vibrio cholerae in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail-associated lysozyme

Enterobacteria phage T4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Putative uncharacterized protein × 1 （Q9KN60） MAGNESIUM ION × 1 PALMITIC ACID × 1 STEARIC ACID × 1 Elaidic acid × 1 ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG05_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–96； UniProt 484–575 作者链 B； PDB构建体 5–96； UniProt 484–575 作者链 C； PDB构建体 5–96； UniProt 484–575

Putative uncharacterized protein

Vibrio cholerae O1 biovar eltor

UniProt Q9KN60

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Tail-associated lysozyme × 3 （P16009） MAGNESIUM ION × 1 PALMITIC ACID × 1 STEARIC ACID × 1 Elaidic acid × 1 ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KN60_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–93； UniProt 2–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jiv
沉积日期 deposition_date	2013-03-07
结构标题 title	VCA0105 PAAR-repeat protein from Vibrio cholerae in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5
关键词 keywords	;PAAR-repeat motif, membrane piercing, type VI secretion system, Vibrio cholerae VgrG2, cell puncturing device, beta-helix, T4 gp5, VgrG tip, T6SS spike, HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex ;; HYDROLASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4jiv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4jiv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4jiv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.30 Å
Rg（电子密度）	26.49 Å
总 Rg	26.94 Å
原子数	2727
残基数	372
排除体积	48176 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4jiv__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tail-associated lysozyme
分子量 formula_weight	9847.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	T566H, D568V, R571A, D573N, I574L, G575N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3393

GSGSGDETKTVEGNGTILVKGNVTIIVEGNADITVKGDATTLVEGNQTNTVNGNLSWKVAGTVDWDVGGDWTEKMASMSSISSGQYHIVGSAINLN

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative uncharacterized protein
分子量 formula_weight	9095.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GNGIVVGHLGTDHDGFPPTPVTAGSATVRYDGIPAARLGDPLAPHDKPKHPSHGRAIAAGSGTVMIDGKPAARVGDAVDCGGVLQGASSVNIG

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae O1 biovar eltor
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	STEARIC ACID
分子量 formula_weight	284.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	Elaidic acid
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	453

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4jivD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	113.703 Å
晶胞边长 b length_b	113.703 Å
晶胞边长 c length_c	76.897 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 42 2 2
空间群编号 int_tables_number	93
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.903 Å
最低分辨率 resolution_low	80.400 Å
R 因子 r_factor	0.1657
R_work r_work	0.1636
R_free r_free	0.2077

VCA0105 PAAR-repeat protein from Vibrio cholerae in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail-associated lysozyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4jiv__assembly_1__model_1

4jiv__assembly_1__model_1 | I(q)

4jiv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

VCA0105 PAAR-repeat protein from Vibrio cholerae in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail-associated lysozyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4jiv__assembly_1__model_1

4jiv__assembly_1__model_1 | I(q)

4jiv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)