4jml

Crystal structure of the TolB(P201C)-ColicinE9 TBE peptide(A33C) complex.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein TolB

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–430	突变：P201C	Colicin-E9 × 1 （P09883） CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；80mM calcium chloride, 24% PEG 5000MME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称	C9R0N0_ECOD1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–409； UniProt 23–430

Colicin-E9

物种未注明

UniProt P09883

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 32–47	片段：T-domain, Residues 32-47 突变：A33C	Protein TolB × 1 （C9R0N0） CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；80mM calcium chloride, 24% PEG 5000MME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4JML	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXI CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 提交 1998-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 449–582（134 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-581	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.3；24%(W/V)PEG 4K, 0.1MM SODIUM-ACETATE, PH5.3	分辨率 2.05 Å R-free 0.315
1EMV CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 (1.7 ANGSTROMS) 提交 2000-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1FR2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN WITH A MUTANT IMMUNITY PROTEIN IM9(E41A) 提交 2000-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, , pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1V13 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT HIS103ALA OF THE COLICIN E9 DNASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ZN+2 (2.0 ANGSTROMS) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 450–582（133 aa）链 B 450–582（133 aa）	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.80	分辨率 2.00 Å R-free 0.307
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
2GYK Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A) 提交 2006-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GYK Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A) 提交 2006-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZE Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y55A) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：Colicin E9,C-terminal Domain,DNase Domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
2GZF Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y54F) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：Colicin E9,C-terminal Domain,DNase Domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.222
2GZG Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (Y55F) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
2GZI Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (V34A) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2K5X Chemical shift structure of COLICIN E9 DNASE domain with its cognate immunity protein IM9 提交 2008-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：UNP residues 450-582	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K	分辨率未提供
2VLN N75A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
2VLO K97A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
2VLP R54A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
2VLQ F86A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.199
2WPT The crystal structure of Im2 in complex with colicin E9 DNase 提交 2009-08-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 2 NO3 NITRATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 1.78 Å R-free 0.223
3O0E Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1 提交 2010-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 N 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 P 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.01 Å R-free 0.302
3O0E Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1 提交 2010-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 O 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 Q 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.01 Å R-free 0.302
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
7NST ColicinE9 partial translocation complex 提交 2021-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–314（314 aa）	突变：A33C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane	分辨率 3.70 Å
7NSU ColicinE9 intact translocation complex 提交 2021-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–582（582 aa）	突变：A33C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane	分辨率 4.70 Å

共 24 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA9_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–16； UniProt 32–47

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jml
沉积日期 deposition_date	2013-03-14
结构标题 title	Crystal structure of the TolB(P201C)-ColicinE9 TBE peptide(A33C) complex.
关键词 keywords	protein-protein interaction, engineered disulfide, bacteriocin transport, protein transport, PROTEIN TRANSPORT-TOXIN complex; PROTEIN TRANSPORT/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.58 Å
零角强度 I(0) i0	34337300.00
分子量 molecular_weight	43786.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54202 Å³
包络体积 envelope_volume	63671 Å³
水化壳体积 shell_volume	24020 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.8 Å
壳层 Rg shell_rg	29.06 Å
包络 Rg envelope_rg	22.76 Å
形状 Rg shape_rg	22.58 Å
总 Rg total_rg	23.37 Å
总原子数 total_atoms	3090
残基数 n_residues	410
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.6 Å
Rg (实空间) rg_real	23.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8859
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.391
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.337
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.997

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein TolB
分子量 formula_weight	44716.6 kDa
突变 mutation	P201C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3435

MVRIVIDSGVDSGRPIGVVPFQWAGPGAAPEDIGGIVAADLRNSGKFNPLDRARLPQQPGSAQEVQPAAWSALGIDAVVVGQVTPNPDGSYNVAYQLVDTGGAPGTVLAQNSYKVNKQWLRYAGHTASDEVFEKLTGIKGAFRTRIAYVVQTNGGQFPYELRVSDYDGYNQFVVHRSPQCLMSPAWSPDGSKLAYVTFESGRSALVIQTLANGAVRQVASFPRHNGAPAFSPDGSKLAFALSKTGSLNLYVMDLASGQIRQVTDGRSNNTEPTWFPDSQNLAFTSDQAGRPQVYKVNINGGAPQRITWEGSQNQDADVSSDGKFMVMVSSNGGQQHIAKQDLATGGVQVLSSTFLDETPSLAPNGTMVIYSSSQGMGSVLNLVSTDGRFKARLPATDGQVKFPAWSPYLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	536056
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Colicin-E9
分子量 formula_weight	1639.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	A33C
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GCSDGSGWSSENNPWG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	282

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4jmlA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10070 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4jmlA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	40.089 Å
晶胞边长 b length_b	81.420 Å
晶胞边长 c length_c	126.437 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	38.780 Å
R 因子 r_factor	0.1717
R_work r_work	0.1688
R_free r_free	0.2257

fit	/app/data/saxs_computation/jm/4jml/4jml.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jm/4jml/4jml.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jm/4jml/4jml.dat

Crystal structure of the TolB(P201C)-ColicinE9 TBE peptide(A33C) complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein TolB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Colicin-E9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)