4wvs

Crystal structure of XIAP-BIR2 domain complexed with (S)-3-(4-methoxyphenyl)-2-((S)-2-((S)-1-((S)-2-((S)-2-(methylamino)propanamido)pent-4-ynoyl)pyrrolidine-2-carboxamido)-3-phenylpropanamido)propanoic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 40.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase XIAP

Homo sapiens

UniProt P98170

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 156–231 片段:UNP residues 156-231 突变:C202A, C213G 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;Crystals were grown in 0.98 M Ammonium Sulfate and 0.1 M Ammonium Formate. Single crystals grew after streak seeding 分辨率 2.09 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 73 个其他 PDB 条目、144 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XIAP_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 23–98; UniProt 156–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wvs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wvs
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wvs
沉积日期 deposition_date2014-11-07
结构标题 titleCrystal structure of XIAP-BIR2 domain complexed with (S)-3-(4-methoxyphenyl)-2-((S)-2-((S)-1-((S)-2-((S)-2-(methylamino)propanamido)pent-4-ynoyl)pyrrolidine-2-carboxamido)-3-phenylpropanamido)propanoic acid
关键词 keywordsIAP, XIAP-BIR2, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.73
零角强度 I(0) i02480500.00
分子量 molecular_weight10220.0 kDa
排除体积 excluded_volume12410 ų
包络体积 envelope_volume13369 ų
水化壳体积 shell_volume9702 ų
包络直径 envelope_diameter39.8
壳层 Rg shell_rg17.52
包络 Rg envelope_rg12.09
形状 Rg shape_rg11.71
总 Rg total_rg13.05
总原子数 total_atoms763
残基数 n_residues81
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.3
Rg (实空间) rg_real12.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24
I(0) (实空间) i0_real2.4800e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7560e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2481000.0000
解质量估计 total_estimate0.8202
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.9
偏度 Skewness skewness0.114
峰度 Kurtosis kurtosis-0.380
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha495000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4wvsA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)