4y28

The structure of plant photosystem I super-complex at 2.8 angstrom resolution.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P05311） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （P17227） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （D5MAL3） Photosystem I reaction center subunit III × 1 photosystem I reaction center × 1 Putative uncharacterized protein × 1 Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P10793） Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit VI × 1 Photosystem I reaction center subunit X psaK × 1 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I × 1 （Q41038） Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic × 1 （Q9SQL2） Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein × 1 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic × 1 （Q32904） CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 146 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PHYLLOQUINONE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 5 BETA-CAROTENE × 21 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 CALCIUM ION × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL × 10 CHLOROPHYLL B × 9 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAA_PEA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–758； UniProt 1–758

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

物种未注明

UniProt P05311

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P05310） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （P17227） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （D5MAL3） Photosystem I reaction center subunit III × 1 photosystem I reaction center × 1 Putative uncharacterized protein × 1 Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P10793） Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit VI × 1 Photosystem I reaction center subunit X psaK × 1 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I × 1 （Q41038） Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic × 1 （Q9SQL2） Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein × 1 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic × 1 （Q32904） CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 146 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PHYLLOQUINONE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 5 BETA-CAROTENE × 21 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 CALCIUM ION × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL × 10 CHLOROPHYLL B × 9 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAB_PEA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–733； UniProt 1–733

Photosystem I reaction center subunit VIII

物种未注明

UniProt P17227

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P05310） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P05311） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （D5MAL3） Photosystem I reaction center subunit III × 1 photosystem I reaction center × 1 Putative uncharacterized protein × 1 Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P10793） Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit VI × 1 Photosystem I reaction center subunit X psaK × 1 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I × 1 （Q41038） Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic × 1 （Q9SQL2） Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein × 1 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic × 1 （Q32904） CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 146 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PHYLLOQUINONE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 5 BETA-CAROTENE × 21 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 CALCIUM ION × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL × 10 CHLOROPHYLL B × 9 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAI_PEA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–30； UniProt 3–32

Photosystem I reaction center subunit IX

物种未注明

UniProt D5MAL3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P05310） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P05311） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （P17227） Photosystem I reaction center subunit III × 1 photosystem I reaction center × 1 Putative uncharacterized protein × 1 Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P10793） Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit VI × 1 Photosystem I reaction center subunit X psaK × 1 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I × 1 （Q41038） Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic × 1 （Q9SQL2） Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein × 1 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic × 1 （Q32904） CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 146 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PHYLLOQUINONE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 5 BETA-CAROTENE × 21 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 CALCIUM ION × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL × 10 CHLOROPHYLL B × 9 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D5MAL3_PEA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–42； UniProt 1–42

Photosystem I iron-sulfur center

物种未注明

UniProt P10793

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P05310） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P05311） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （P17227） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （D5MAL3） Photosystem I reaction center subunit III × 1 photosystem I reaction center × 1 Putative uncharacterized protein × 1 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit VI × 1 Photosystem I reaction center subunit X psaK × 1 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I × 1 （Q41038） Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic × 1 （Q9SQL2） Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein × 1 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic × 1 （Q32904） CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 146 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PHYLLOQUINONE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 5 BETA-CAROTENE × 21 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 CALCIUM ION × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL × 10 CHLOROPHYLL B × 9 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAC_PEA
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81

Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I

物种未注明

UniProt Q41038

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P05310） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P05311） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （P17227） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （D5MAL3） Photosystem I reaction center subunit III × 1 photosystem I reaction center × 1 Putative uncharacterized protein × 1 Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P10793） Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit VI × 1 Photosystem I reaction center subunit X psaK × 1 Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic × 1 （Q9SQL2） Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein × 1 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic × 1 （Q32904） CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 146 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PHYLLOQUINONE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 5 BETA-CAROTENE × 21 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 CALCIUM ION × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL × 10 CHLOROPHYLL B × 9 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q41038_PEA
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic

物种未注明

UniProt Q9SQL2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P05310） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P05311） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （P17227） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （D5MAL3） Photosystem I reaction center subunit III × 1 photosystem I reaction center × 1 Putative uncharacterized protein × 1 Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P10793） Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit VI × 1 Photosystem I reaction center subunit X psaK × 1 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I × 1 （Q41038） Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein × 1 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic × 1 （Q32904） CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 146 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PHYLLOQUINONE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 5 BETA-CAROTENE × 21 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 CALCIUM ION × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL × 10 CHLOROPHYLL B × 9 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CB24_PEA
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 4； PDB构建体 1–252； UniProt 1–252

Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic

物种未注明

UniProt Q32904

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P05310） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P05311） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （P17227） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （D5MAL3） Photosystem I reaction center subunit III × 1 photosystem I reaction center × 1 Putative uncharacterized protein × 1 Photosystem I iron-sulfur center × 1 （P10793） Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic × 1 Photosystem I reaction center subunit VI × 1 Photosystem I reaction center subunit X psaK × 1 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I × 1 （Q41038） Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic × 1 （Q9SQL2） Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein × 1 CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 146 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PHYLLOQUINONE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 5 BETA-CAROTENE × 21 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 7 CALCIUM ION × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL × 10 CHLOROPHYLL B × 9 ;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CB23_PEA
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 3； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4y28
沉积日期 deposition_date	2015-02-09
结构标题 title	The structure of plant photosystem I super-complex at 2.8 angstrom resolution.
关键词 keywords	photosynthesis, light harvesting, antenna, reaction center; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4y28__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4y28__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4y28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.69 Å
Rg（电子密度）	50.82 Å
总 Rg	50.91 Å
原子数	35653
残基数	3187
排除体积	665610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4y28__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (29)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	84328.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	35653

MIIRSPEPKVQILADPEVKIILDRDPIKTSFEQWAKPGHFSRTIAKGPDTTTWIWNLHADAHDFDSHTSDLEEISRKVFSAHFGQLSIIFLWLSGMYFHGARFSNYEAWLNDPTHIRPSAQVVWPIVGQEILNGDVGGGFRGIQITSGFFQIWRASGITSELQLYCTAIGALVFAGLMLFAGWFHYHKAAPKLAWFQDVESMLNHHLAGLLGLGSLSWAGHQVHVSLPINQFLNAGVDPKEIPLPHEFILNRDLLAQLYPSFAEGATPFFTLNWSKYADFLTFRGGLDPLTGGLWLTDIAHHHLAIAILFLIAGHMYRTNWGIGHGIKDILEAHKGPFTGQGHKGLYEILTTSWHAQLSINLAMLGSLTIVVAQHMYSMPPYPYLATDYATQLSLFTHHMWIGGFLIVGAAAHAAIFMVRDYDPTTRYNDLLDRVLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMSALGRPQDMFSDTAIQLQPVFAQWIQNTHALAPGTTAPGATASTSLTWGGGDLVAVGNKVALLPIPLGTADFLVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLFARSSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSAWDHVFLGLFWMYNSISVVIFHFSWKMQSDVWGTINDQGVVTHITTGNFAQSSITINGWLRDFLWAQASQVIQSYGSSLSAYGLFFLGAHFVWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPATQPRALSIVQGRAVGVTHYLLGGIATTWAFFLARIIAVG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	82503.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MALRLPRFSQGIAQDPTTRRIWFGIATAHDFESHDDITEGRLYQNIFASHFGQLAIIFLWTSGNLFHVAWQGNFEAWVQDPFHVRPIAHAIWDPHFGQPAVEAFTRGGALGPVNIAYSGVYQWWYTIGLRTNEDLYTGAIFLLFLSFISLLAGWLHLQPKWKPSVSWFKNAESRLNHHLSGLFGVSSLAWAGHLVHVAIPGSRGEYVRWNNFLDVLPYPQGLGPLLTGQWNLYAQNPSSSNHLFGTTQGAGTAILTILGGFHPQTQSLWLTDMAHHHLAIAFLFLIGGLMYRTNFGIGHSIKYILEAHIPPGGRLGRGHKGLYDTINNSIHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPAYAFIAQDFTTQAALYTHHQYIAGFIMTGAFAHGPIFFIRDYNPEQNADNVLARMLEHKEAIISHLSWASLFLGFHTLGLYVHNDVMLAFGTPEKQILIEPIFAQWIQSAHGKTSYGFDVLLSSTNGPALNAGRNIWLPGWLNAINENSNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDDFYLAVFWMLNTIGWVTFYWHWKHITLWRGNVSQFNESSTYLMGWLRDYLWLNSSQLINGYTPLVCNSLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETLAWAHERTPLANLIRWRDKPVALSIVQARLVGLVHFSVGYIFTYAAFLIASTSGKF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	3296.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

NLPSLFVPLVGLLFPAVAMASLFLHVEKRL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4733.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MRDLKTYLSVAPVASTLWFAALAGLLIEINRLFPDALTFPFF

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	17256.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

DISGLTPCKESKQFAKREKQSIKKLESSLKIYAADSAPALAINATIEKTKRRFDNYAKQGLLCGADGLPHLIVSGDQRHWGEFITPGILFLYIAGWIGWVGRSYLIAIRDEKKPTQKEIIIDVPLASRLVFRGFSWPIAAYRELLNGELVAKDV

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	photosystem I reaction center
分子量 formula_weight	10439.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

AELNPSLVISLSTGLSLFLGRFVFFNFQRENVAKQGLPEQNGVTHFEAGDSRAKEYAGVSKSAAALVDVLAWGSIGHIVAYYILATSSNGYDPKFFG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Putative uncharacterized protein
分子量 formula_weight	17781.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

AVQSEKPTYQVVQPINGDPFIGSLETPVTSSPLVAWYLSNLPGYRTAVNPLLRGIEVGLAHGFFLVGPFVKAGPLRNTEIAGQAGSLAAAGLVVILSICLTIYGISSFNEGDPSTAPSLTLTGRKKQPDQLQTADGWAKFTGGFFFGGISGVIWAFFLLYVLDLPYY

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8991.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSHSVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMIPWGGCKAKQIASAPRTEDCVGCKRCESACPTDFLSVRVYLWHETTRSMGLAY

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
分子量 formula_weight	16419.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

KEAPVGTPPELDPNTPSPIFGGSTGGLLRKAQVEEFYVITWESPKEQIFEMPTGGAAIMREGPNLLKLARKEQCLALGTRLRSKYKIKYQFYRVFPSGEVQYLHPKDGVYPEKVNPGRQGVGVNFRSIGKNVSPIEVKFTGKQPYDL

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic
分子量 formula_weight	7509.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

PPIGPKRGAKVKILRQESYWYKGTGSVVTVDQDPNTRYPVVVRFNKVNYANVSTNNYALDEVEEVK

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VI
分子量 formula_weight	9692.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

SVYFDLEDIGNTTGQWDLYGSDAPSPYSPLQSKFFETFAAPFTKRGLLLKFLILGGGSTLAYFSTTASGDILPIVKGPQLPPKLGPRGKL

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit X psaK
分子量 formula_weight	13320.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MATSMMTTLPQFTGLRPQLKPSPIQGLVAAQPMTRRKGKGALGVRCDFIGSSTNVIMVASTTLMLFAGRFGLAPSANRKATAGLKLEVRDSGLQTGDPAGFTLADTLACGTVGHIIGVGVVLGLKTLCM

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
分子量 formula_weight	28911.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MASACASSAIAAVAISTPSSQKNGSPSGTSKAFLGRKLKVNSSTASPSRVRSTSTVCTVAEPDRPLWFPGSTPPPWLDGSLPGDFGFDPLGLGSDPESLRWNVQAELVHSRWAMLGAAGIFIPEFLTKLGILLTPSWYTAGEQEYFTDTTTLFIVELVFIGWAEGRRWADILNPGCVNTDPIFPNNKLTGTDVGYPGGLWFDPLGWGSASPQKLKELRTKEIKNGRLAMLAVMGAWFQHIYTGTGPIDNLFAHLADPGHATIFAAFTPK

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
分子量 formula_weight	27297.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MATVTTQASAAIFGPCGLKSRFLGGSSGKLNRGVAFRPVGCSPSASFKVEAKKGEWLPGLASPGYLTGSLPGDNGFDPLGLAEDPENLRWFVQAELVNGRWAMLGVAGMLLPEVFTSIGIINVPKWYDAGKEEYFASSSTLFVIEFILSHYVEIRRWQDIKNPGSVNQDPIFKQYSLPAGEVGYPGGIFNPLNFAPTLEAKEKEIANGRLAMLAFLGFIIQHNVTGKGPFDNLLQHISDPWHNTIVQTLGGN

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein
分子量 formula_weight	22383.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

FTMTSEDWMPGQPRPSYLDGSAPGDFGFDPLRLGEVPENLERFKESELIHCRWAMLAVPGILVPEALGLGNWVKAQEWAALPGGQATYLGNPVPWGTLPTILVIEFLSIAFVEHQRSMEKDPEKKKYPGGAFDPLGYSKDPKKFHEYKIKEVKNGRLALLAFVGICVQQSAYPGTGPLENLATHLADPWHNNIGINVLIPPQ

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
分子量 formula_weight	29634.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MATQALVSSSSLTFAAEAVRQSFRARSLPSSVGCSRKGLVRAAATPPVKQGGVDRPLWFASKQSLSYLDGSLPGDYGFDPLGLSDPEGTGGFIEPRWLAYGEVINGRFAMLGAVGAIAPEYLGKVGLIPQETALAWFQTGVIPPAGTYNYWADNYTLFVLEMALMGFAEHRRFQDWAKPGSMGKQYFLGLEKGFGGSGNPAYPGGPFFNPLGFGKDEKSLKELKLKEVKNGRLAMLAILGYFIQGLVTGVGPYQNLLDHVADPVNNNVLTSLKFH

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	146

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 26 Entity 26 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 27 Entity 27 non-polymer

描述 description	(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 28 Entity 28 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 29 Entity 29 non-polymer

描述 description	;(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

结构域编号 domain_id	d4y281_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.43 — Chlorophyll a-b binding protein
超家族 Superfamily superfamily	f.43.1 — Chlorophyll a-b binding protein
家族 Family family	f.43.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4y282_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.43 — Chlorophyll a-b binding protein
超家族 Superfamily superfamily	f.43.1 — Chlorophyll a-b binding protein
家族 Family family	f.43.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4y283_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.43 — Chlorophyll a-b binding protein
超家族 Superfamily superfamily	f.43.1 — Chlorophyll a-b binding protein
家族 Family family	f.43.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4y284_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.43 — Chlorophyll a-b binding protein
超家族 Superfamily superfamily	f.43.1 — Chlorophyll a-b binding protein
家族 Family family	f.43.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4y28a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.29 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
超家族 Superfamily superfamily	f.29.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
家族 Family family	f.29.1.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	d4y28b_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.29 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
超家族 Superfamily superfamily	f.29.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
家族 Family family	f.29.1.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	d4y28c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.2 — 7-Fe ferredoxin

结构域编号 domain_id	d4y28d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.187 — Photosystem I subunit PsaD
超家族 Superfamily superfamily	d.187.1 — Photosystem I subunit PsaD
家族 Family family	d.187.1.1 — Photosystem I subunit PsaD

结构域编号 domain_id	d4y28e1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.4 — Electron transport accessory proteins
家族 Family family	b.34.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4y28e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4y28f_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.16 — Subunit III of photosystem I reaction centre, PsaF
家族 Family family	f.23.16.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4y28j_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.18 — Subunit IX of photosystem I reaction centre, PsaJ
家族 Family family	f.23.18.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4y28l_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.31 — Photosystem I reaction center subunit XI, PsaL
超家族 Superfamily superfamily	f.31.1 — Photosystem I reaction center subunit XI, PsaL
家族 Family family	f.31.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4y28A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	4y28B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	4y28C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4y28D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1470 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaD, reaction center subunit II

结构域编号 domain_id	4y28E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4y28F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF

结构域编号 domain_id	4y28J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	4y28L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1240 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI

▶

晶胞边长 a length_a	189.000 Å
晶胞边长 b length_b	201.900 Å
晶胞边长 c length_c	213.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.646 Å
R 因子 r_factor	0.2590
R_work r_work	0.2588
R_free r_free	0.2678

The structure of plant photosystem I super-complex at 2.8 angstrom resolution.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit VIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I iron-sulfur center

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4y28__assembly_1__model_1

4y28__assembly_1__model_1 | I(q)

4y28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (29)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer