4znc

Fc fragment of human IgG in complex with the C domain of staphylococcal protein A mutant - Q9W

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein A

Staphylococcus aureus

UniProt P38507

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 270–327 片段:UNP residues 270-327 突变:Q9W Ig gamma-3 chain C region × 1 (P01860) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;298 K;PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.28 Å R-free 0.242
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 270–327 片段:UNP residues 270-327 突变:Q9W Ig gamma-3 chain C region × 1 (P01860) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;298 K;PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.28 Å R-free 0.242
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 270–327 片段:UNP residues 270-327 突变:Q9W Ig gamma-3 chain C region × 1 (P01860) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;298 K;PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.28 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、125 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPA_STAAU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–58; UniProt 270–327 作者链 B; PDB构建体 1–58; UniProt 270–327 作者链 C; PDB构建体 1–58; UniProt 270–327

Ig gamma-3 chain C region

Homo sapiens

UniProt P01860

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 168–377 片段:UNP residues 168-377 Immunoglobulin G-binding protein A × 1 (P38507) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;298 K;PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.28 Å R-free 0.242
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 168–377 片段:UNP residues 168-377 Immunoglobulin G-binding protein A × 1 (P38507) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;298 K;PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.28 Å R-free 0.242
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 168–377 片段:UNP residues 168-377 Immunoglobulin G-binding protein A × 1 (P38507) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;298 K;PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium acetate 分辨率 2.28 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHG3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–210; UniProt 168–377 作者链 E; PDB构建体 1–210; UniProt 168–377 作者链 F; PDB构建体 1–210; UniProt 168–377

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4znc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4znc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4znc
沉积日期 deposition_date2015-05-04
结构标题 titleFc fragment of human IgG in complex with the C domain of staphylococcal protein A mutant - Q9W
关键词 keywordsStaphylococcal protein A, SpA, three-helix-bundle, antibody, IgG, protein-binding domain, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.69
零角强度 I(0) i0120342000.00
分子量 molecular_weight87586.0 kDa
排除体积 excluded_volume109830 ų
包络体积 envelope_volume159690 ų
水化壳体积 shell_volume40326 ų
包络直径 envelope_diameter125.6
壳层 Rg shell_rg39.02
包络 Rg envelope_rg34.32
形状 Rg shape_rg34.67
总 Rg total_rg35.12
总原子数 total_atoms12227
残基数 n_residues768
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.8
Rg (实空间) rg_real35.29
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real1.2030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal120300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8454
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.3
偏度 Skewness skewness0.486
峰度 Kurtosis kurtosis-0.108
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6364000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.719

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_idd4znca_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.8.1 — Bacterial immunoglobulin/albumin-binding domains
家族 Family familya.8.1.1 — Immunoglobulin-binding protein A modules
结构域编号 domain_idd4zncb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.8.1 — Bacterial immunoglobulin/albumin-binding domains
家族 Family familya.8.1.1 — Immunoglobulin-binding protein A modules
结构域编号 domain_idd4zncc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.8.1 — Bacterial immunoglobulin/albumin-binding domains
家族 Family familya.8.1.1 — Immunoglobulin-binding protein A modules
结构域编号 domain_idd4zncd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4zncd2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4znce1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4znce2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4zncf1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4zncf2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id4zncA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Immunoglobulin FC, subunit C
结构域编号 domain_id4zncB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Immunoglobulin FC, subunit C
结构域编号 domain_id4zncC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Immunoglobulin FC, subunit C
结构域编号 domain_id4zncD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4zncD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4zncE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4zncE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4zncF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4zncF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)