5cnu

Crystal structure of the dATP inhibited E. coli class Ia ribonucleotide reductase complex bound to ADP and dGTP at 3.40 Angstroms resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 198.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P00452

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–761 链 B; UniProt 1–761 链 C; UniProt 1–761 链 D; UniProt 1–761 未记录 Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta × 4 (P69924) DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 DAT 2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 FEO MU-OXO-DIIRON × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;2% (w/v) PEG 3350, 100 mM MOPS pH 7.5, 300 mM Mg(CH3COO)2, 30 mM MgCl2, and 5% (v/v) glycerol 分辨率 3.40 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、104 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RIR1_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–761; UniProt 1–761 作者链 B; PDB构建体 1–761; UniProt 1–761 作者链 C; PDB构建体 1–761; UniProt 1–761 作者链 D; PDB构建体 1–761; UniProt 1–761

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P69924

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 2–376 链 F; UniProt 2–376 链 G; UniProt 2–376 链 H; UniProt 2–376 未记录 Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha × 4 (P00452) DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 DAT 2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 FEO MU-OXO-DIIRON × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;2% (w/v) PEG 3350, 100 mM MOPS pH 7.5, 300 mM Mg(CH3COO)2, 30 mM MgCl2, and 5% (v/v) glycerol 分辨率 3.40 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 62 个其他 PDB 条目、126 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RIR2_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–375; UniProt 2–376 作者链 F; PDB构建体 1–375; UniProt 2–376 作者链 G; PDB构建体 1–375; UniProt 2–376 作者链 H; PDB构建体 1–375; UniProt 2–376

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5cnu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5cnu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5cnu
沉积日期 deposition_date2015-07-18
结构标题 titleCrystal structure of the dATP inhibited E. coli class Ia ribonucleotide reductase complex bound to ADP and dGTP at 3.40 Angstroms resolution
关键词 keywordsallostery, substrate specificity, ribonucleotide reductase, nucleotide metabolism, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier70.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron70.03
零角强度 I(0) i03517750000.00
分子量 molecular_weight501120.0 kDa
排除体积 excluded_volume625230 ų
包络体积 envelope_volume999640 ų
水化壳体积 shell_volume116230 ų
包络直径 envelope_diameter205.1
壳层 Rg shell_rg80.87
包络 Rg envelope_rg63.68
形状 Rg shape_rg70.04
总 Rg total_rg70.16
总原子数 total_atoms35261
残基数 n_residues4352
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax198.8
Rg (实空间) rg_real70.23
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.41
I(0) (实空间) i0_real3.5180e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal71.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3524000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7890
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary117.5
偏度 Skewness skewness-0.195
峰度 Kurtosis kurtosis-0.962
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha66530000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.844; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5cnuA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id5cnuB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id5cnuC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id5cnuD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id5cnuE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id5cnuF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id5cnuG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id5cnuH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)