5cnu

Crystal structure of the dATP inhibited E. coli class Ia ribonucleotide reductase complex bound to ADP and dGTP at 3.40 Angstroms resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta × 4 （P69924） 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 8 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MU-OXO-DIIRON × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIR1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–761； UniProt 1–761 作者链 B； PDB构建体 1–761； UniProt 1–761 作者链 C； PDB构建体 1–761； UniProt 1–761 作者链 D； PDB构建体 1–761； UniProt 1–761

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P69924

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha × 4 （P00452） 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 8 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MU-OXO-DIIRON × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIR2_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–375； UniProt 2–376 作者链 F； PDB构建体 1–375； UniProt 2–376 作者链 G； PDB构建体 1–375； UniProt 2–376 作者链 H； PDB构建体 1–375； UniProt 2–376

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5cnu
沉积日期 deposition_date	2015-07-18
结构标题 title	Crystal structure of the dATP inhibited E. coli class Ia ribonucleotide reductase complex bound to ADP and dGTP at 3.40 Angstroms resolution
关键词 keywords	allostery, substrate specificity, ribonucleotide reductase, nucleotide metabolism, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5cnu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5cnu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5cnu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	70.50 Å
Rg（电子密度）	70.03 Å
总 Rg	70.16 Å
原子数	35261
残基数	4352
排除体积	625230 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5cnu__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
分子量 formula_weight	85877.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	35355

MNQNLLVTKRDGSTERINLDKIHRVLDWAAEGLHNVSISQVELRSHIQFYDGIKTSDIHETIIKAAADLISRDAPDYQYLAARLAIFHLRKKAYGQFEPPALYDHVVKMVEMGKYDNHLLEDYTEEEFKQMDTFIDHDRDMTFSYAAVKQLEGKYLVQNRVTGEIYESAQFLYILVAACLFSNYPRETRLQYVKRFYDAVSTFKISLPTPIMSGVRTPTRQFSSCVLIECGDSLDSINATSSAIVKYVSQRAGIGINAGRIRALGSPIRGGEAFHTGCIPFYKHFQTAVKSCSQGGVRGGAATLFYPMWHLEVESLLVLKNNRGVEGNRVRHMDYGVQINKLMYTRLLKGEDITLFSPSDVPGLYDAFFADQEEFERLYTKYEKDDSIRKQRVKAVELFSLMMQERASTGRIYIQNVDHCNTHSPFDPAIAPVRQSNLCLEIALPTKPLNDVNDENGEIALCTLSAFNLGAINNLDELEELAILAVRALDALLDYQDYPIPAAKRGAMGRRTLGIGVINFAYYLAKHGKRYSDGSANNLTHKTFEAIQYYLLKASNELAKEQGACPWFNETTYAKGILPIDTYKKDLDTIANEPLHYDWEALRESIKTHGLRNSTLSALMPSETSSQISNATNGIEPPRGYVSIKASKDGILRQVVPDYEHLHDAYELLWEMPGNDGYLQLVGIMQKFIDQSISANTNYDPSRFPSGKVPMQQLLKDLLTAYKFGVKTLYYQNTRDGAEDAQDDLVPSIQDDGCESGACKI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
分子量 formula_weight	43426.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

AYTTFSQTKNDQLKEPMFFGQPVNVARYDQQKYDIFEKLIEKQLSFFWRPEEVDVSRDRIDYQALPEHEKHIFISNLKYQTLLDSIQGRSPNVALLPLISIPELETWVETWAFSETIHSRSYTHIIRNIVNDPSVVFDDIVTNEQIQKRAEGISSYYDELIEMTSYWHLLGEGTHTVNGKTVTVSLRELKKKLYLCLMSVNALEAIRFYVSFACSFAFAERELMEGNAKIIRLIARDEALHLTGTQHMLNLLRSGADDPEMAEIAEECKQECYDLFVQAAQQEKDWADYLFRDGSMIGLNKDILCQYVEYITNIRMQAVGLDLPFQTRSNPIPWINTWLVSDNVQVAPQEVEVSSYLVGQIDSEVDTDDLSNFQL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	411.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MU-OXO-DIIRON
分子量 formula_weight	127.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5cnuA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5cnuB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5cnuC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5cnuD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5cnuE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	5cnuF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	5cnuG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	5cnuH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A

▶

晶胞边长 a length_a	274.340 Å
晶胞边长 b length_b	157.009 Å
晶胞边长 c length_c	166.039 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	49.653 Å
R 因子 r_factor	0.1864
R_work r_work	0.1846
R_free r_free	0.2205

Crystal structure of the dATP inhibited E. coli class Ia ribonucleotide reductase complex bound to ADP and dGTP at 3.40 Angstroms resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5cnu__assembly_1__model_1

5cnu__assembly_1__model_1 | I(q)

5cnu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the dATP inhibited E. coli class Ia ribonucleotide reductase complex bound to ADP and dGTP at 3.40 Angstroms resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5cnu__assembly_1__model_1

5cnu__assembly_1__model_1 | I(q)

5cnu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)