5dca

Crystal structure of yeast full length Brr2 in complex with Prp8 Jab1 domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 150.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P32639

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 113–2163 未记录 Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.1 M MES-NaOH, pH 6.5, 9 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2 分辨率 2.80 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRR2_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1948; UniProt 113–2163

Pre-mRNA-splicing factor 8

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P33334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 2148–2398 未记录 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 × 1 (P32639) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.1 M MES-NaOH, pH 6.5, 9 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2 分辨率 2.80 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 435 个其他 PDB 条目、443 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRP8_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–251; UniProt 2148–2398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5dca

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5dca
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5dca
沉积日期 deposition_date2015-08-23
结构标题 titleCrystal structure of yeast full length Brr2 in complex with Prp8 Jab1 domain
关键词 keywordsprotein complex, helicase, RNP remodeling, spliceosome activation, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.82
零角强度 I(0) i0866887000.00
分子量 molecular_weight250300.0 kDa
排除体积 excluded_volume316170 ų
包络体积 envelope_volume443800 ų
水化壳体积 shell_volume81128 ų
包络直径 envelope_diameter158.5
壳层 Rg shell_rg50.52
包络 Rg envelope_rg44.46
形状 Rg shape_rg44.81
总 Rg total_rg45.10
总原子数 total_atoms17651
残基数 n_residues2199
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax150.6
Rg (实空间) rg_real45.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71
I(0) (实空间) i0_real8.6690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal867000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8894
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.6
偏度 Skewness skewness0.258
峰度 Kurtosis kurtosis-0.430
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha104600000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.912

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5dcaj_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.97 — Cytidine deaminase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.97.3 — JAB1/MPN domain
家族 Family familyc.97.3.0 — automated matches

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id5dcaA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5dcaA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5dcaA05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id5dcaA06
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3380 — Sec63 N-terminal domain-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Sec63 N-terminal domain-like domain
结构域编号 domain_id5dcaA07
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain
结构域编号 domain_id5dcaA08
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — C2 domain
结构域编号 domain_id5dcaA09
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5dcaA10
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5dcaA11
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id5dcaA12
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3380 — Sec63 N-terminal domain-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Sec63 N-terminal domain-like domain
结构域编号 domain_id5dcaA13
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain
结构域编号 domain_id5dcaA14
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — C2 domain
结构域编号 domain_id5dcaJ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytidine Deaminase, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)