5ejk

Crystal structure of the Rous sarcoma virus intasome

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gag-Pro-Pol polyprotein

Rous sarcoma virus (strain Prague C)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 8 DNA 8	RSV Integrase × 2 ;DNA (5'-D(APAPTPGPTPTPGPTPCPTPTPAPTPGPCPAPAPTPAPCPTPC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(CPTPTPCPTPCPTPC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(APGPTPGPTPCPTPT)-3') ; × 2 ZINC ION × 8 TUNGSTEN ION × 36	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_RSVP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–270； UniProt 1281–1550 作者链 B； PDB构建体 1–270； UniProt 1281–1550 作者链 C； PDB构建体 1–270； UniProt 1281–1550 作者链 D； PDB构建体 1–270； UniProt 1281–1550 作者链 E； PDB构建体 1–270； UniProt 1281–1550 作者链 F； PDB构建体 1–270； UniProt 1281–1550 作者链 G； PDB构建体 1–270； UniProt 1281–1550 作者链 H； PDB构建体 1–270； UniProt 1281–1550

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ejk
沉积日期 deposition_date	2015-11-02
结构标题 title	Crystal structure of the Rous sarcoma virus intasome
关键词 keywords	RSV, integrase, intasome, Transferase-DNA complex; Transferase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ejk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ejk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ejk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.42 Å
Rg（电子密度）	47.22 Å
总 Rg	47.90 Å
原子数	19335
残基数	2128
排除体积	336020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ejk__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gag-Pro-Pol polyprotein
分子量 formula_weight	30574.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.-,2.7.7.49,2.7.7.7,3.1.26.4,2.7.7.-,3.1.-.-
突变 mutation	C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	19335

PLREAKDLHTALHIGPRALSKASNISMQQAREVVQTCPHCNSAPALEAGVNPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVMGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWMARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRMMKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGEMMAKAMYALNHFERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDIT

来源 Source

来源生物 organism	Rous sarcoma virus (strain Prague C)
通用名 common_name	RSV-PrC
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11888
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RSV Integrase
分子量 formula_weight	13047.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,L

GAGTATTGCATAAGACAACAGTGCACGAAAGAAGAAGACACT

来源 Source

来源生物 organism	Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin E)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	270623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPGPTPTPGPTPCPTPTPAPTPGPCPAPAPTPAPCPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	6716.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,M

AATGTTGTCTTATGCAATACTC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPTPCPTPCPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	2343.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K,N

CTTCTTTC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPTPGPTPCPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	2432.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	k,n

AGTGTCTT

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TUNGSTEN ION
分子量 formula_weight	183.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	5ejkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5ejkA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	5ejkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5ejkB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	5ejkC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	5ejkD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5ejkD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	5ejkE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5ejkE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	5ejkF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5ejkF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	5ejkG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5ejkG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	5ejkH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5ejkH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

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晶胞边长 a length_a	124.936 Å
晶胞边长 b length_b	157.854 Å
晶胞边长 c length_c	126.583 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.215 Å
R 因子 r_factor	0.2557
R_work r_work	0.2537
R_free r_free	0.2945

Crystal structure of the Rous sarcoma virus intasome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gag-Pro-Pol polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ejk__assembly_1__model_1

5ejk__assembly_1__model_1 | I(q)

5ejk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Rous sarcoma virus intasome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gag-Pro-Pol polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ejk__assembly_1__model_1

5ejk__assembly_1__model_1 | I(q)

5ejk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)