SAXSdb — 8e14

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e14
沉积日期 deposition_date	2022-08-09
结构标题 title	Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus strand transfer complex
关键词 keywords	intasome, integrase-viral DNA complex, strand transfer complex, VIRAL PROTEIN-DNA complex; VIRAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.98 Å
零角强度 I(0) i0	668025000.00
分子量 molecular_weight	179380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211390 Å³
包络体积 envelope_volume	328280 Å³
水化壳体积 shell_volume	67666 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.4 Å
壳层 Rg shell_rg	45.98 Å
包络 Rg envelope_rg	39.96 Å
形状 Rg shape_rg	40.94 Å
总 Rg total_rg	41.34 Å
总原子数 total_atoms	12442
残基数 n_residues	1321
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	668100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8870
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.254
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.382
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.885

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	integrase
分子量 formula_weight	30926.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.-,2.7.7.49,2.7.7.7,3.1.26.4,2.7.7.-,3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	12442

PLREAKDLHTALHIGPRALSKACNISMQQAREVVQTCPHCNSAPALEAGVNPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDITQKDEVTKK

来源 Source

来源生物 organism	Rous sarcoma virus - Prague C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11888
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (42-MER)
分子量 formula_weight	13047.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,L

GAGTATTGCATAAGACAACAGTGCACGAAAGAAGAAGACACT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPGPTPTPGPTPCPTPTPAPTPGPCPAPAPTPAPCPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	6716.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,M

AATGTTGTCTTATGCAATACTC

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPTPGPTPCPTPTPCPTPTPCPTPTPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4821.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K,N

AGTGTCTTCTTCTTTC

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8e14A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	8e14A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	8e14E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.36 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	141000

fit	/app/data/saxs_computation/e1/8e14/8e14.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e1/8e14/8e14.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e1/8e14/8e14.dat

Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus strand transfer complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)