5lgr

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P1C3u

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 129.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

Mus musculus

UniProt Q9WVG6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 130–487 链 B; UniProt 130–487 链 C; UniProt 130–487 链 D; UniProt 130–487 未记录 Polyadenylate-binding protein 1 × 4 (P11940) SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DXE 1,2-DIMETHOXYETHANE × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4 LPD L-PROLINAMIDE × 4 ACE ACETYL GROUP × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;Tris-HCl pH 8.5 100 mM PEG 3350 14 % Ammonium Sulfate 200 mM 分辨率 2.00 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 42 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CARM1_MOUSE
Isoform Q9WVG6-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–361; UniProt 130–487 作者链 B; PDB构建体 4–361; UniProt 130–487 作者链 C; PDB构建体 4–361; UniProt 130–487 作者链 D; PDB构建体 4–361; UniProt 130–487

Polyadenylate-binding protein 1

物种未注明

UniProt P11940

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 447–458 链 F; UniProt 447–458 链 G; UniProt 447–458 链 H; UniProt 447–458 未记录 Histone-arginine methyltransferase CARM1 × 4 (Q9WVG6) SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DXE 1,2-DIMETHOXYETHANE × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4 LPD L-PROLINAMIDE × 4 ACE ACETYL GROUP × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;Tris-HCl pH 8.5 100 mM PEG 3350 14 % Ammonium Sulfate 200 mM 分辨率 2.00 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PABP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–12; UniProt 447–458 作者链 F; PDB构建体 1–12; UniProt 447–458 作者链 G; PDB构建体 1–12; UniProt 447–458 作者链 H; PDB构建体 1–12; UniProt 447–458

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5lgr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5lgr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5lgr
沉积日期 deposition_date2016-07-08
结构标题 titleCrystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P1C3u
关键词 keywords;PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE, CATALYTIC DOMAIN, CHROMATIN REGULATOR, MRNA PROCESSING, MRNA SPLICING, NUCLEUS, S-ADENOSYL-L-METHIONINE, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION REGULATION, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.45
零角强度 I(0) i0375438000.00
分子量 molecular_weight163260.0 kDa
排除体积 excluded_volume205880 ų
包络体积 envelope_volume252930 ų
水化壳体积 shell_volume53222 ų
包络直径 envelope_diameter132.8
壳层 Rg shell_rg45.41
包络 Rg envelope_rg39.00
形状 Rg shape_rg39.42
总 Rg total_rg39.90
总原子数 total_atoms22832
残基数 n_residues1417
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.2
Rg (实空间) rg_real39.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03
I(0) (实空间) i0_real3.7540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal375400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8976
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.2
偏度 Skewness skewness0.257
峰度 Kurtosis kurtosis-0.647
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha73270000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.902

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5lgrA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id5lgrA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
结构域编号 domain_id5lgrB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id5lgrB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
结构域编号 domain_id5lgrC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id5lgrC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
结构域编号 domain_id5lgrD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id5lgrD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)