5lkf

Bovine beta-lactoglobulin complex with myristic acid at high pressure (0.55 GPa)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 48.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactoglobulin

物种未注明

UniProt P02754

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 17–178 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.34 M CITRIC SODIUM, 0.1 M TRIS-HCL, 分辨率 2.50 Å R-free 0.398

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 101 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LACB_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–162; UniProt 17–178

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5lkf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5lkf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5lkf
沉积日期 deposition_date2016-07-22
结构标题 titleBovine beta-lactoglobulin complex with myristic acid at high pressure (0.55 GPa)
关键词 keywordsBETA-LACTOGLOBULIN, LIPOCALIN, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.74
零角强度 I(0) i06002670.00
分子量 molecular_weight18502.0 kDa
排除体积 excluded_volume23528 ų
包络体积 envelope_volume26084 ų
水化壳体积 shell_volume14608 ų
包络直径 envelope_diameter47.0
壳层 Rg shell_rg20.98
包络 Rg envelope_rg15.05
形状 Rg shape_rg14.74
总 Rg total_rg15.92
总原子数 total_atoms1296
残基数 n_residues162
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.2
Rg (实空间) rg_real16.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23
I(0) (实空间) i0_real6.0030e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6800e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6003000.0000
解质量估计 total_estimate0.9007
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9
偏度 Skewness skewness-0.009
峰度 Kurtosis kurtosis-0.495
角度范围 angular_range— – 0.4900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1537000.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5lkfa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.1 — Retinol binding protein-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5lkfA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)