5m5r

Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to beta2 adaptin clathrin box motif

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clathrin heavy chain 1

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–363	未记录	AP-2 complex subunit beta × 2 （P63010）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；293 K；1 uL protein plus peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 2 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 0.94 M sodium malonate pH 6.7	分辨率 1.76 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5M5R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B89 CLATHRIN HEAVY CHAIN PROXIMAL LEG SEGMENT (BOVINE) 提交 1999-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1074–1522（449 aa）片段：PROXIMAL LEG	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；250 MM SODIUM FORMATE, 100 MM TRIS-HCL, PH 8, pH 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1UTC Clathrin terminal domain complexed with TLPWDLWTT 提交 2003-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–363（363 aa）片段：TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-363	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；VAPOUR DIFFUSION OVER A RESERVOIR CONTAINING 20% PEG8000, 200 MM MGCL2, 4 MM DTT,100 MM CAPS PH 9, DRIED UP DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
1UTC Clathrin terminal domain complexed with TLPWDLWTT 提交 2003-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–363（363 aa）片段：TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-363	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；VAPOUR DIFFUSION OVER A RESERVOIR CONTAINING 20% PEG8000, 200 MM MGCL2, 4 MM DTT,100 MM CAPS PH 9, DRIED UP DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
1XI4 Clathrin D6 Coat 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 216 PDB 声明：216-MERIC	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25mM MES；pH 6.5；25mM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
1XI4 Clathrin D6 Coat 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25mM MES；pH 6.5；25mM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
1XI4 Clathrin D6 Coat 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25mM MES；pH 6.5；25mM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
1XI5 Clathrin D6 coat with auxilin J-domain 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 216 PDB 声明：216-MERIC	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES；pH 7；20MM HEPES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 12.00 Å
1XI5 Clathrin D6 coat with auxilin J-domain 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES；pH 7；20MM HEPES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 12.00 Å
1XI5 Clathrin D6 coat with auxilin J-domain 提交 2004-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES；pH 7；20MM HEPES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 12.00 Å
3GC3 Crystal Structure of Arrestin2S and Clathrin 提交 2009-02-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–363（363 aa）片段：WD domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100 mM bis_tris propane 4 -4.5 M ammonium acetate 4.5% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
3GD1 Structure of an Arrestin/Clathrin complex reveals a novel clathrin binding domain that modulates receptor trafficking 提交 2009-02-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 1–363（363 aa）片段：WD domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；293 K；100mM Bicine, 7% O-(2-aminopropyl)-O'-(2-methoxyethyl)polypropylene glycol 500, 6% polyethylene glycol 8000, 4% acetone, 1% ethylene glycol and 10 mM strontium chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.254
3IYV Clathrin D6 coat as full-length Triskelions 提交 2010-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 216 PDB 声明：216-meric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25MM MES；pH 6.5；25MM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
3IYV Clathrin D6 coat as full-length Triskelions 提交 2010-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25MM MES；pH 6.5；25MM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
3IYV Clathrin D6 coat as full-length Triskelions 提交 2010-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 B 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 C 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 D 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 E 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 F 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 G 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 H 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630 链 I 1–1630（1630 aa）片段：UNP residues 1-1630	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25MM MES；pH 6.5；25MM MES cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFIED	分辨率 7.90 Å
3LVG Crystal structure of a clathrin heavy chain and clathrin light chain complex 提交 2010-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1074–1675（602 aa）链 B 1074–1675（602 aa）链 C 1074–1675（602 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200mM citrate, 16-22% glycerol, 2% trifluoroethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 7.94 Å R-free 0.425
3LVH Crystal structure of a clathrin heavy chain and clathrin light chain complex 提交 2010-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1074–1675（602 aa）片段：Hub 链 B 1074–1675（602 aa）片段：Hub 链 C 1074–1675（602 aa）片段：Hub	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200mM citrate, 16-22% glycerol, 2% trifluoroethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 9.00 Å R-free 0.487
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 B 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 C 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 E 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 F 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 H 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 I 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 K 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 L 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 N 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 O 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 Q 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 R 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 T 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 U 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
3QIL Crystal structure analysis of the clathrin trimerization domain 提交 2011-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 W 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN 链 X 1521–1624（104 aa）片段：CLATHRIN TRIMERIZATION DOMAIN	突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L 突变：C1528A, T1585L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaCl, Imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.92 Å R-free 0.386
5M5S Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to amphiphysin clathrin-box motif 提交 2016-10-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 2 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 0.85 M sodium malonate pH 7.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.234
5M5S Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to amphiphysin clathrin-box motif 提交 2016-10-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 2 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 0.85 M sodium malonate pH 7.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.234
5M5T Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a non-natural clathrin-box motif peptide (Amph4T1) 提交 2016-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 1 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.1 M sodium malonate pH 8.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.185
5M5T Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a non-natural clathrin-box motif peptide (Amph4T1) 提交 2016-10-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 1 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.1 M sodium malonate pH 8.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.185
5M5U Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a clathrin-box motif from hepatitis D virus large antigen (clade 1) 提交 2016-10-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；400 nL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM) plus 200 nL reservoir equilibrated against a 80 uL reservoir of 1.21 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.207
5M5U Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a clathrin-box motif from hepatitis D virus large antigen (clade 1) 提交 2016-10-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；400 nL protein:peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM) plus 200 nL reservoir equilibrated against a 80 uL reservoir of 1.21 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.207
5M5V Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a clathrin-box motif from hepatitis D virus large antigen (clade 2) 提交 2016-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；200 nL protein:peptide (20 mg/mL NTD and 3.6 mM peptide) plus 400 nL reservoir equilibrated against a 80 uL reservoir of 1.75 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 1.96 Å R-free 0.193
5M5V Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to a clathrin-box motif from hepatitis D virus large antigen (clade 2) 提交 2016-10-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；200 nL protein:peptide (20 mg/mL NTD and 3.6 mM peptide) plus 400 nL reservoir equilibrated against a 80 uL reservoir of 1.75 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 1.96 Å R-free 0.193
5M61 Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to an extended amphiphysin clathrin-box motif 提交 2016-10-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL protein, 3.4 mM peptide) plus 2 uL of 1.04 M sodium malonate pH 7.1, 0.2 M sodium perchlorate equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.15 M sodium malonate pH 7.1	分辨率 1.84 Å R-free 0.182
5M61 Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to an extended amphiphysin clathrin-box motif 提交 2016-10-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；293 K；1 uL protein:peptide mix (14 mg/mL protein, 3.4 mM peptide) plus 2 uL of 1.04 M sodium malonate pH 7.1, 0.2 M sodium perchlorate equilibrated against a 200 uL reservoir of 1.15 M sodium malonate pH 7.1	分辨率 1.84 Å R-free 0.182
6WCJ Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage 提交 2020-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–1675（1675 aa）链 C 1–1675（1675 aa）链 D 1–1675（1675 aa）链 G 1–1675（1675 aa）链 H 1–1675（1675 aa）链 I 1–1675（1675 aa）链 K 1–1675（1675 aa）链 L 1–1675（1675 aa）链 M 1–1675（1675 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9F8T Clathrin terminal domain complexed with C-terminus of AAK1L 提交 2024-05-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；20% PEG 3,350; 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.0; 200 mM sodium citrate; 10 mM DTT	分辨率 1.71 Å R-free 0.209

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UniProt名称	CLH1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363

AP-2 complex subunit beta

物种未注明

UniProt P63010

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 629–637 链 D； UniProt 629–637	片段：UNP Residues 629-637	Clathrin heavy chain 1 × 1 （P49951）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；293 K；1 uL protein plus peptide mix (14 mg/mL NTD and 3.4 mM peptide) plus 2 uL reservoir equilibrated against a 200 uL reservoir of 0.94 M sodium malonate pH 6.7	分辨率 1.76 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5M5R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E42 Beta2-adaptin appendage domain, from clathrin adaptor AP2 提交 2000-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 701–937（237 aa）片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 701-937	未记录	DTD DITHIANE DIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.8；WELL SOLUTION: 1.6 - 2.0M MGCL2, 0.1M BICINE PH 8.7 - 9.0, 15% GLYCEROL, 1MM DTT. PROTEIN: 40MG/ML, 5MM HEPES, 50MM NACL, 4MM DTT, 1:1 MIXTURE	分辨率 1.70 Å R-free 0.246
1E42 Beta2-adaptin appendage domain, from clathrin adaptor AP2 提交 2000-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 701–937（237 aa）片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 701-937	未记录	DTD DITHIANE DIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.8；WELL SOLUTION: 1.6 - 2.0M MGCL2, 0.1M BICINE PH 8.7 - 9.0, 15% GLYCEROL, 1MM DTT. PROTEIN: 40MG/ML, 5MM HEPES, 50MM NACL, 4MM DTT, 1:1 MIXTURE	分辨率 1.70 Å R-free 0.246
2G30 beta appendage of AP2 complexed with ARH peptide 提交 2006-02-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 701–937（237 aa）片段：residues 701-937	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 8000, 100mM HEPES pH 7.5, 4mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.60 Å R-free 0.243
2IV8 beta appendage in complex with b-arrestin peptide 提交 2006-06-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 700–937（238 aa）片段：RESIDUES 700-937	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；0.2M MG FORMATE 30% PEG 3350 OTHER REMARKS: THIS WAS THE ONLY CRYSTAL OBTAINED DESPITE HEROIC ATTEMPTS. THE CRYSTAL WAS HIGHLY MOSAIC, AND EPITAXIALLY SPLIT, LIMITING THE AMOUNT OF DATA WHICH COULD BE COLLECTED., pH 7.40	分辨率 2.80 Å R-free 0.369
2IV9 B2-appendage from AP2 in complex with Eps15 peptide 提交 2006-06-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 700–937（238 aa）片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 700-937 链 B 700–937（238 aa）片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 700-937	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M AMMONIUM ACETATE PH 4.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.267
2JKR AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE 提交 2008-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–591（591 aa）片段：BETA2 CHAIN, RESIDUES 1-591	未记录	SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 2.98 Å R-free 0.260
2JKR AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE 提交 2008-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–591（591 aa）片段：BETA2 CHAIN, RESIDUES 1-591	未记录	SO4 SULFATE ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 2.98 Å R-free 0.260
2JKT AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant 提交 2008-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–591（591 aa）片段：BETA2 CHAIN, RESIDUES 1-591	未记录	SO4 SULFATE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 3.40 Å R-free 0.256
2JKT AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant 提交 2008-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–591（591 aa）片段：BETA2 CHAIN, RESIDUES 1-591	未记录	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 3.40 Å R-free 0.256
2VGL AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE 提交 2007-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–591（591 aa）片段：1-591	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；18% PEG, 10MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 200MM NACL, 4MM DTT, IP6	分辨率 2.60 Å R-free 0.339
2XA7 AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides 提交 2010-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–592（592 aa）片段：BETA CHAIN, RESIDUES 1-592	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL	分辨率 3.10 Å R-free 0.285
2XA7 AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides 提交 2010-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–592（592 aa）片段：BETA CHAIN, RESIDUES 1-592	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL	分辨率 3.10 Å R-free 0.285
4UQI AP2 controls clathrin polymerization with a membrane-activated switch 提交 2014-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–651（651 aa）片段：BETA 2 SUBUNIT EXTENDED TRUNK DOMAIN, RESIDUES 1-651	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；18% PEG1000, 10MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 200MM NACL, 4MM DTT, IP6	分辨率 2.79 Å R-free 0.259
6QH5 AP2 clathrin adaptor mu2T156-phosphorylated core in closed conformation 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–592（592 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；289 K；20% PEG 1000; 100 mM Na+/K+ phosphate buffer (pH 7.2), 200 mM NaCl, and 10 mM DTT	分辨率 2.56 Å R-free 0.257
6QH6 AP2 clathrin adaptor core with two cargo peptides in open+ conformation 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 1–592（592 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；289 K；7.5% PVA, 9% 1-propanol, 90 mM Hepes pH 7.4, 100 mM guanidine hydrochloride	分辨率 5.00 Å R-free 0.285
6QH7 AP2 clathrin adaptor mu2T156-phosphorylated core with two cargo peptides in open+ conformation 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 1–592（592 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；289 K；7.5% PVA, 9% 1-propanol, 90 mM Hepes pH 7.4, 100 mM guanidine hydrochloride	分辨率 3.40 Å R-free 0.248
6URI HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 clathrin adaptor complex 提交 2019-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.9；298 K；15% Peg 4000, 0.2M potassium chloride, ~10% 1,6-hexanediol, 0.1M HEPES	分辨率 3.00 Å R-free 0.277
6YAE AP2 core in physiological buffer 提交 2020-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6YAF AP2 on a membrane containing tyrosine-based cargo peptide 提交 2020-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–937（937 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.	分辨率 9.10 Å
6YAH AP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides 提交 2020-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–937（937 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.	分辨率 10.20 Å
6YAI Clathrin with bound beta2 appendage of AP2 提交 2020-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 F 719–951（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.	分辨率 9.20 Å
7OG1 AP2 clathrin adaptor core in complex with cargo peptide and FCHO2 提交 2021-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 BBB 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；Crystals of AP-2 in complex with FCHO2 linker and TGN38 peptide, supplemented with 10mM K Na Tartrate, grew in sitting drops with reservoir 0.1M Mg formate dehydrate, 10% to 15% PEG 3350. The crystals were cryo-protected with 0.1M Mg formate dehydrate, 13% PEG 3350, 18-24% Glycerol and 1mg/ml of peptide.	分辨率 3.25 Å R-free 0.306
7OHO Crystal structure of AP2 FCHO2 chimera 提交 2021-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 BBB 1–542（542 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；18% PEG 12000 0.1M Na/K phosphate pH 6.2 0.2M NaCl 4mM DTT in the presence of 3-fold molar excess of IP6.	分辨率 2.88 Å R-free 0.273
7OM8 Beta2 appendage domain of AP2 bound to terminal domains beneath the hub of the 28 triskelia mini clathrin coat complex, class 15 提交 2021-05-21	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 719–951（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3 uL of sample applied to a grid and blotted for 4.5 s before plunging	分辨率 10.50 Å
7Z5C Chimera of AP2 with FCHO2 linker domain as a fusion on Cmu2 subunit 提交 2022-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–591（591 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；50% HKT buffer (10mM Hepes, 10mM Tris 120mM potassium acetate pH 7.2) and 50% Core buffer (10mM Tris, 250mM NaCl, pH 8) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.16 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2B1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–10； UniProt 629–637 作者链 D； PDB构建体 2–10； UniProt 629–637

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5m5r
沉积日期 deposition_date	2016-10-22
结构标题 title	Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to beta2 adaptin clathrin box motif
关键词 keywords	endocytosis, adaptor polypeptide 2, AP2; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.31 Å
零角强度 I(0) i0	28788200.00
分子量 molecular_weight	41499.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52184 Å³
包络体积 envelope_volume	63256 Å³
水化壳体积 shell_volume	24456 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.2 Å
壳层 Rg shell_rg	28.40 Å
包络 Rg envelope_rg	21.51 Å
形状 Rg shape_rg	21.30 Å
总 Rg total_rg	22.26 Å
总原子数 total_atoms	2915
残基数 n_residues	374
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8938
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.183
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Clathrin heavy chain 1
分子量 formula_weight	40540.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3343

GSMAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVIALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDAKQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGNQPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNRKGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAGAEEL

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit beta
分子量 formula_weight	1032.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

CGDLLNLDLG

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	403

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5m5rA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Clathrin heavy-chain terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.144 Å
晶胞边长 b length_b	133.177 Å
晶胞边长 c length_c	77.917 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.760 Å
最低分辨率 resolution_low	57.100 Å
R 因子 r_factor	0.1772
R_work r_work	0.1758
R_free r_free	0.2052

fit	/app/data/saxs_computation/m5/5m5r/5m5r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m5/5m5r/5m5r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m5/5m5r/5m5r.dat

Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to beta2 adaptin clathrin box motif

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clathrin heavy chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

AP-2 complex subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)