5r18

PanDDA analysis group deposition -- Auto-refined data of Aar2/RNaseH for ground state model 23, DMSO-free

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing factor 8

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P33334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1836–2090 片段:yPrp8 RNaseH (UNP Residues 1836-2096) A1 cistron-splicing factor AAR2 × 1 (P32357) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000 分辨率 1.79 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 435 个其他 PDB 条目、443 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRP8_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–258; UniProt 1836–2090

A1 cistron-splicing factor AAR2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P32357

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–317 片段:GAMA - Aar2(1-152) - SSSSS - Aar2(171-317) 突变:L153_D170delinsSSSSS Pre-mRNA-splicing factor 8 × 1 (P33334) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000 分辨率 1.79 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 400 个其他 PDB 条目、403 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AAR2_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 5–308; UniProt 1–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5r18

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5r18
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5r18
沉积日期 deposition_date2020-02-12
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- Auto-refined data of Aar2/RNaseH for ground state model 23, DMSO-free
关键词 keywordsFragMAX, FragMAXapp, fragment screening, RNaseH like domain, VHS like domain, U5 snRNP assembly, SPLICING; SPLICING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.51
零角强度 I(0) i059801900.00
分子量 molecular_weight62499.0 kDa
排除体积 excluded_volume78600 ų
包络体积 envelope_volume103120 ų
水化壳体积 shell_volume27919 ų
包络直径 envelope_diameter119.6
壳层 Rg shell_rg37.20
包络 Rg envelope_rg32.39
形状 Rg shape_rg32.51
总 Rg total_rg32.92
总原子数 total_atoms4402
残基数 n_residues537
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.7
Rg (实空间) rg_real33.10
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07
I(0) (实空间) i0_real5.9800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal59790000.0000
解质量估计 total_estimate0.8116
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.2
偏度 Skewness skewness0.510
峰度 Kurtosis kurtosis-0.459
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11790000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.697; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.598; Smooth: 0.859

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5r18a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.14 — Prp8 beta-finger domain-like
结构域编号 domain_idd5r18a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5r18b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.182 — U5 small nuclear riboprotein particle assembly factor Aar2 N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.182.1 — U5 small nuclear riboprotein particle assembly factor Aar2 N-terminal domain-like
家族 Family familyb.182.1.1 — U5 small nuclear riboprotein particle assembly factor Aar2 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd5r18b2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.29 — U5 small nuclear riboprotein particle assembly factor Aar2 C-terminal domain-like
家族 Family familya.118.29.1 — U5 small nuclear riboprotein particle assembly factor Aar2 C-terminal domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5r18B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology34 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id5r18B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily550 — Aar2, C-terminal domain-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)