SAXSdb — 5td8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore protein NDC80

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 114–318 链 A； UniProt 621–691	未记录	Kinetochore protein NUF2 × 1 （P33895） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） nanobody × 1 HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0	分辨率 7.53 Å R-free 0.328

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TD8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5TCS Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer 提交 2016-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 114–318（205 aa）链 A 621–689（69 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0	分辨率 2.83 Å R-free 0.266
8G0Q Crystal structure of the yeast Ndc80:Nuf2 head region with a bound Dam1 segment 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 106–318（213 aa）片段：residues 106-318,residues 621-691 链 A 621–691（71 aa）片段：residues 106-318,residues 621-691	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M ADA buffer pH 6.8	分辨率 3.22 Å R-free 0.285
8G0Q Crystal structure of the yeast Ndc80:Nuf2 head region with a bound Dam1 segment 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 106–318（213 aa）片段：residues 106-318,residues 621-691 链 C 621–691（71 aa）片段：residues 106-318,residues 621-691	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M ADA buffer pH 6.8	分辨率 3.22 Å R-free 0.285
8Q84 Outer kinetochore Dam1 protomer dimer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 A 1–691（691 aa）链 F 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8Q85 Outer kinetochore Dam1 protomer monomer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex 提交 2023-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.97 Å
8QAU Outer kinetochore Ndc80-Dam1 alpha/beta-tubulin complex 提交 2023-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–691（691 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
8V10 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex 提交 2023-11-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 114–318（205 aa）链 A 621–691（71 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；13% polyethylene glycol 8000, 1M sodium chloride 100 mM PIPES pH 6.1	分辨率 3.02 Å R-free 0.271
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 114–318（205 aa）链 A 621–684（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 114–318（205 aa）链 E 621–684（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDC80_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–208； UniProt 114–318 作者链 A； PDB构建体 209–279； UniProt 621–691

Kinetochore protein NUF2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P33895

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–153 链 B； UniProt 407–451	未记录	Kinetochore protein NDC80 × 1 （P40460） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） nanobody × 1 HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0	分辨率 7.53 Å R-free 0.328

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TD8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5TCS Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer 提交 2016-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–153（152 aa）链 B 407–451（45 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0	分辨率 2.83 Å R-free 0.266
8G0Q Crystal structure of the yeast Ndc80:Nuf2 head region with a bound Dam1 segment 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–153（152 aa）链 B 407–451（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M ADA buffer pH 6.8	分辨率 3.22 Å R-free 0.285
8G0Q Crystal structure of the yeast Ndc80:Nuf2 head region with a bound Dam1 segment 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–153（152 aa）链 D 407–451（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M ADA buffer pH 6.8	分辨率 3.22 Å R-free 0.285
8Q84 Outer kinetochore Dam1 protomer dimer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 B 1–451（451 aa）链 G 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8Q85 Outer kinetochore Dam1 protomer monomer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex 提交 2023-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.97 Å
8QAU Outer kinetochore Ndc80-Dam1 alpha/beta-tubulin complex 提交 2023-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
8V10 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–153（152 aa）链 B 407–451（45 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；13% polyethylene glycol 8000, 1M sodium chloride 100 mM PIPES pH 6.1	分辨率 3.02 Å R-free 0.271
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–153（152 aa）链 B 407–451（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 2–153（152 aa）链 F 407–451（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUF2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 B； PDB构建体 154–198； UniProt 407–451

Kinetochore protein SPC24

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q04477

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–62 链 C； UniProt 162–213	未记录	Kinetochore protein NDC80 × 1 （P40460） Kinetochore protein NUF2 × 1 （P33895） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） nanobody × 1 HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0	分辨率 7.53 Å R-free 0.328

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TD8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FTX Crystal structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 154–213（60 aa）片段：Spc24p globular domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；293 K；0.1 M CAPS, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 10.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
2FV4 NMR solution structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 138–213（76 aa）片段：SPC24P GLOBULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C,85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C,85%-2H, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.	分辨率未提供
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 155–213（59 aa）片段：Spc24p C-terminal domain, residues 155-213	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 155–213（59 aa）片段：Spc24p C-terminal domain, residues 155-213	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
5T6J Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast Kinetochore Assembly 提交 2016-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 155–213（59 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 1.0 M potassium sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
5TCS Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer 提交 2016-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–48（48 aa）链 C 162–213（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0	分辨率 2.83 Å R-free 0.266
8V10 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–48（48 aa）链 C 162–213（52 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；13% polyethylene glycol 8000, 1M sodium chloride 100 mM PIPES pH 6.1	分辨率 3.02 Å R-free 0.271
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–48（48 aa）链 C 162–212（51 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–48（48 aa）链 G 162–212（51 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
9S4Q Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 24 1–213（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 24 1–213（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC24_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 C； PDB构建体 63–114； UniProt 162–213

Kinetochore protein SPC25

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P40014

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–45 链 D； UniProt 138–221	未记录	Kinetochore protein NDC80 × 1 （P40460） Kinetochore protein NUF2 × 1 （P33895） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） nanobody × 1 HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0	分辨率 7.53 Å R-free 0.328

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TD8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FTX Crystal structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–221（89 aa）片段：Spc25p globular domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；293 K；0.1 M CAPS, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 10.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
2FV4 NMR solution structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–221（94 aa）片段：SPC25P GLOBULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C,85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C,85%-2H, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.	分辨率未提供
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 133–221（89 aa）片段：Spc25p C-terminal domain, residues 133-221	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 133–221（89 aa）片段：Spc25p C-terminal domain, residues 133-221	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
5T6J Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast Kinetochore Assembly 提交 2016-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 133–221（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 1.0 M potassium sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
5TCS Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer 提交 2016-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–31（31 aa）链 D 138–221（84 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0	分辨率 2.83 Å R-free 0.266
8V10 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–31（31 aa）链 D 138–221（84 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；13% polyethylene glycol 8000, 1M sodium chloride 100 mM PIPES pH 6.1	分辨率 3.02 Å R-free 0.271
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–31（31 aa）链 D 138–220（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–31（31 aa）链 H 138–220（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
9S4Q Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 25 1–221（221 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 25 1–221（221 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 D； PDB构建体 46–129； UniProt 138–221

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5td8
沉积日期 deposition_date	2016-09-17
结构标题 title	Crystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex
关键词 keywords	RWD, CH, coiled-coil, tetramer, Ndc80, Kinetochore, REPLICATION, NANOBODY; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.41 Å
零角强度 I(0) i0	130598000.00
分子量 molecular_weight	92496.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114660 Å³
包络体积 envelope_volume	192860 Å³
水化壳体积 shell_volume	31231 Å³
包络直径 envelope_diameter	192.1 Å
壳层 Rg shell_rg	48.00 Å
包络 Rg envelope_rg	58.27 Å
形状 Rg shape_rg	59.34 Å
总 Rg total_rg	59.21 Å
总原子数 total_atoms	12626
残基数 n_residues	786
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	179.4 Å
Rg (实空间) rg_real	58.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	130200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6175
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.833
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3392000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.313; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.086; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore protein NDC80
分子量 formula_weight	33256.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12626

SNARDPRPLRDKNFQSAIQEEIYDYLKKNKFDIETNHPISIKFLKQPTQKGFIIIFKWLYLRLDPGYGFTKSIENEIYQILKNLRYPFLESINKSQISAVGGSNWHKFLGMLHWMVRTNIKLDMCLNKVDRSLINQNTQEITILSQPLKTLDEQDQRQERYELMVEKLLIDYFTESYKSFLKLEDNYEPSMQELKLGFEKFVHIINTDVTSTELKLEELKVDLNRKRYKLHQQVIHVIDITSKFKINIQSSLENSENELGNVIEELRNLEFETEHNVTN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Kinetochore protein NUF2
分子量 formula_weight	23246.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSRNQDVFPILDLQELVICLQSCDFALATQENISRPTSDYMVTLYKQIIENFMGISVESLLNSSNQETGDGHLQEENENIYLDTLNVLVLNKICFKFFENIGVQDFNMTDLYKPEAQRTQRLLSAVVNYARFREERMFDCNSFILQMESLLGQINKLNDEIKQLQKDFEVEVKEIEIEYSLLSGHINKYMNEMLEYMQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC24
分子量 formula_weight	13469.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSQKDNLLDNPVEFLKEVRESFDIQQDVDAMKRIRHDLDVIKEESEARISKEHSKVSESNKKLKLYRSLGVILDLENDQVLINRKNDGNIDILPLDNNLSDFYKTKYIWERLGK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC25
分子量 formula_weight	14568.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MASIDAFSDLERRMDGFQKDVAQVLARQQNHARQQLQQFQAEMRQVALYERLLQLRVLPGASDVHDVRFVFGDDSRCWIEVAMHGDHVIGNSHPALDPKSRATLEHVLTVQGDLAAFLVVARDMLLASL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	nanobody
分子量 formula_weight	15894.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MQVQLVESGGGLVHPGGSLRLSCAASGRTGSRHAVAWFRQAPGKERDFVASINAVGLVRNYADSVLGRFSISRDFAKNEVYLQMNSLEPEDTAVYYCAARYYSGTYSSTYDRDDYDYWGQGTQVTVSSGGGLPETGGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	226.825 Å
晶胞边长 b length_b	226.825 Å
晶胞边长 c length_c	237.270 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.531 Å
最低分辨率 resolution_low	113.413 Å
R 因子 r_factor	0.3132
R_work r_work	0.3124
R_free r_free	0.3283

fit	/app/data/saxs_computation/td/5td8/5td8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/td/5td8/5td8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/td/5td8/5td8.dat

Crystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore protein NDC80

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore protein NUF2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore protein SPC24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore protein SPC25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)