5v6y

Crystal structure of the human CLR:RAMP1 extracellular domain heterodimer with bound high-affinity and altered selectivity adrenomedullin variant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 153.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

Homo sapiens

UniProt O60894

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–111 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 24–111 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
3 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–111 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
4 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 24–111 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAMP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 375–462; UniProt 24–111 作者链 B; PDB构建体 375–462; UniProt 24–111 作者链 C; PDB构建体 375–462; UniProt 24–111 作者链 D; PDB构建体 375–462; UniProt 24–111

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

Homo sapiens

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–392 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 26–392 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
3 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 26–392 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
4 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 26–392 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 109 个其他 PDB 条目、145 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECO57
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–368; UniProt 26–392 作者链 B; PDB构建体 2–368; UniProt 26–392 作者链 C; PDB构建体 2–368; UniProt 26–392 作者链 D; PDB构建体 2–368; UniProt 26–392

Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor

Homo sapiens

UniProt Q16602

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 29–144 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 29–144 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
3 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 29–144 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
4 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 29–144 未记录 ADM × 1 (P35318) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALRL_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 472–587; UniProt 29–144 作者链 B; PDB构建体 472–587; UniProt 29–144 作者链 C; PDB构建体 472–587; UniProt 29–144 作者链 D; PDB构建体 472–587; UniProt 29–144

ADM

物种未注明

UniProt P35318

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 131–146 突变:S45W, K46L, Q50W, Y52F 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor × 1 (P0AEY0,O60894,Q16602) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 131–146 突变:S45W, K46L, Q50W, Y52F 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor × 1 (P0AEY0,O60894,Q16602) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
3 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 131–146 突变:S45W, K46L, Q50W, Y52F 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor × 1 (P0AEY0,O60894,Q16602) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244
4 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 131–146 突变:S45W, K46L, Q50W, Y52F 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Maltose-binding periplasmic protein,Receptor activity-modifying protein 1,Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor × 1 (P0AEY0,O60894,Q16602) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;15% PEG3350, 0.1 M Sodium Malonate pH 6.0, 50 mM Potassium/Sodium tartrate, 1% Cadaverine 分辨率 2.80 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADML_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–16; UniProt 131–146 作者链 F; PDB构建体 1–16; UniProt 131–146 作者链 G; PDB构建体 1–16; UniProt 131–146 作者链 H; PDB构建体 1–16; UniProt 131–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5v6y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5v6y
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5v6y
沉积日期 deposition_date2017-03-17
结构标题 titleCrystal structure of the human CLR:RAMP1 extracellular domain heterodimer with bound high-affinity and altered selectivity adrenomedullin variant
关键词 keywordsclass B G protein-coupled receptor, GPCR, calcitonin family peptide, TRANSPORT PROTEIN - MEMBRANE PROTEIN complex; TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.32
零角强度 I(0) i0917563000.00
分子量 molecular_weight252910.0 kDa
排除体积 excluded_volume316540 ų
包络体积 envelope_volume444460 ų
水化壳体积 shell_volume77472 ų
包络直径 envelope_diameter161.1
壳层 Rg shell_rg51.78
包络 Rg envelope_rg46.90
形状 Rg shape_rg48.29
总 Rg total_rg48.56
总原子数 total_atoms17838
残基数 n_residues2253
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.1
Rg (实空间) rg_real48.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.17
I(0) (实空间) i0_real9.1760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal917500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8534
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary57.4
偏度 Skewness skewness0.306
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha65150000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.218

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)