5wie

Crystal structure of a Kv1.2-2.1 chimera K+ channel V406W mutant in an inactivated state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 268.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel subunit beta-2

Rattus norvegicus

UniProt P62483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–367 未记录 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2 × 4 (P63142,P63141) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 20 K POTASSIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8;293 K;50 mM Tris-Cl pH 8.3, 29-31% PEG400 分辨率 3.30 Å R-free 0.243
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 36–367 未记录 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2 × 4 (P63142,P63141) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 K POTASSIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8;293 K;50 mM Tris-Cl pH 8.3, 29-31% PEG400 分辨率 3.30 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCAB2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–333; UniProt 36–367 作者链 G; PDB构建体 2–333; UniProt 36–367

Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2

Mus musculus

UniProt P63141

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 266–279 突变:V406W Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 20 K POTASSIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8;293 K;50 mM Tris-Cl pH 8.3, 29-31% PEG400 分辨率 3.30 Å R-free 0.243
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 266–279 突变:V406W Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 K POTASSIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8;293 K;50 mM Tris-Cl pH 8.3, 29-31% PEG400 分辨率 3.30 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCNA2_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 80–93; UniProt 266–279 作者链 H; PDB构建体 80–93; UniProt 266–279

Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2,Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2

Mus musculus

UniProt P63142

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–42 突变:V406W Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 20 K POTASSIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8;293 K;50 mM Tris-Cl pH 8.3, 29-31% PEG400 分辨率 3.30 Å R-free 0.243
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–42 突变:V406W Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 × 4 (P62483) NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 K POTASSIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8;293 K;50 mM Tris-Cl pH 8.3, 29-31% PEG400 分辨率 3.30 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCNA2_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 38–79; UniProt 1–42 作者链 H; PDB构建体 38–79; UniProt 1–42

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5wie

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5wie
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5wie
沉积日期 deposition_date2017-07-19
结构标题 titleCrystal structure of a Kv1.2-2.1 chimera K+ channel V406W mutant in an inactivated state
关键词 keywordsIon Channel, Membrane Protein, Inactivation, Voltage-gated, METAL TRANSPORT; MEMBRANE PROTEIN, METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier82.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron85.19
零角强度 I(0) i0310415000.00
分子量 molecular_weight155570.0 kDa
排除体积 excluded_volume197780 ų
包络体积 envelope_volume371740 ų
水化壳体积 shell_volume44482 ų
包络直径 envelope_diameter295.2
壳层 Rg shell_rg55.12
包络 Rg envelope_rg85.64
形状 Rg shape_rg85.16
总 Rg total_rg84.54
总原子数 total_atoms10955
残基数 n_residues1370
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax268.7
Rg (实空间) rg_real83.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.32
I(0) (实空间) i0_real3.1000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal75.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal304800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6472
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks4
主峰位置 r_peak_primary28.3
偏度 Skewness skewness0.595
峰度 Kurtosis kurtosis-0.480
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0019
最高正则化参数 α highest_alpha8737000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.109; Stabil: 0.973; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.165; Smooth: 0.994

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5wieA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
结构域编号 domain_id5wieB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
结构域编号 domain_id5wieB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id5wieB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id5wieG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — NADP-dependent oxidoreductase domain
结构域编号 domain_id5wieH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
结构域编号 domain_id5wieH02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id5wieH03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)