6agx

The cocrystal structure of FGFR2 bound with compound 14 harboring 5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine scaffold

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 149.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibroblast growth factor receptor 2

Homo sapiens

UniProt P21802

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 467–764 链 B; UniProt 467–764 片段:UNP residues 467-764 突变:A628T 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 9WX ethyl [4-({3-[2-(3,5-dimethoxyphenyl)ethyl]-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazin-5-yl}sulfonyl)-1H-imidazol-1-yl]acetate × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 6.5;298 K;0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 30%(w/v) PEG 5000 MME 分辨率 2.95 Å R-free 0.298
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 467–764 链 D; UniProt 467–764 片段:UNP residues 467-764 突变:A628T 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 9WX ethyl [4-({3-[2-(3,5-dimethoxyphenyl)ethyl]-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazin-5-yl}sulfonyl)-1H-imidazol-1-yl]acetate × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 6.5;298 K;0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 30%(w/v) PEG 5000 MME 分辨率 2.95 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGFR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–298; UniProt 467–764 作者链 B; PDB构建体 1–298; UniProt 467–764 作者链 C; PDB构建体 1–298; UniProt 467–764 作者链 D; PDB构建体 1–298; UniProt 467–764

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6agx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6agx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6agx
沉积日期 deposition_date2018-08-15
结构标题 titleThe cocrystal structure of FGFR2 bound with compound 14 harboring 5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine scaffold
关键词 keywordsTyrosine-protein kinase, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.99
零角强度 I(0) i0277905000.00
分子量 molecular_weight136230.0 kDa
排除体积 excluded_volume170420 ų
包络体积 envelope_volume231940 ų
水化壳体积 shell_volume46922 ų
包络直径 envelope_diameter156.2
壳层 Rg shell_rg44.71
包络 Rg envelope_rg43.52
形状 Rg shape_rg43.99
总 Rg total_rg44.04
总原子数 total_atoms9520
残基数 n_residues1155
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax149.2
Rg (实空间) rg_real44.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.62
I(0) (实空间) i0_real2.7790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal277800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7623
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.3
偏度 Skewness skewness0.523
峰度 Kurtosis kurtosis-0.581
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37420000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.563; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.621; Smooth: 0.597

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6agxa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd6agxb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd6agxc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd6agxd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6agxA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6agxA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6agxB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6agxB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6agxC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6agxC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6agxD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6agxD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)