6cap

Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with Sisomicin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS2_THET8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–234； UniProt 7–240

30S ribosomal protein S3

物种未注明

UniProt P80372

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS3_THET8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–206； UniProt 2–207

30S ribosomal protein S4

物种未注明

UniProt P80373

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS4_THET8
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–208； UniProt 2–209

RIBOSOMAL PROTEIN S5

物种未注明

UniProt P62665

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS5_THET2
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–150； UniProt 5–154

30S ribosomal protein S6

物种未注明

UniProt Q5SLP8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS6_THET8
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

30S ribosomal protein S7

物种未注明

UniProt P17291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS7_THET8
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–155； UniProt 2–156

30S ribosomal protein S8

物种未注明

UniProt P0DOY9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS8_THET8
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138

30S ribosomal protein S9

物种未注明

UniProt P80374

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS9_THET8
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–127； UniProt 2–128

30S ribosomal protein S10

物种未注明

UniProt Q5SHN7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS10_THET8
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–98； UniProt 3–100

30S ribosomal protein S11

物种未注明

UniProt P80376

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS11_THET8
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–116； UniProt 11–126

30S ribosomal protein S12

物种未注明

UniProt Q5SHN3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS12_THET8
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–124； UniProt 2–125

30S ribosomal protein S13

物种未注明

UniProt P80377

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS13_THET8
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–118； UniProt 2–119

30S ribosomal protein S14 type Z

物种未注明

UniProt P0DOY6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS14Z_THET8
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–60； UniProt 2–61

30S ribosomal protein S15

物种未注明

UniProt Q5SJ76

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS15_THET8
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–87； UniProt 2–88

30S ribosomal protein S16

物种未注明

UniProt Q5SJH3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS16_THET8
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83

30S ribosomal protein S17

物种未注明

UniProt P0DOY7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS17_THET8
Isoform	—
PDB实体	17
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–99； UniProt 2–100

30S ribosomal protein S18

物种未注明

UniProt Q5SLQ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS18_THET8
Isoform	—
PDB实体	18
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–70； UniProt 19–88

30S ribosomal protein S19

物种未注明

UniProt Q5SHP2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS19_THET8
Isoform	—
PDB实体	19
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–80； UniProt 2–81

30S ribosomal protein S20

物种未注明

UniProt P80380

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein Thx × 1 （Q5SIH3） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS20_THET8
Isoform	—
PDB实体	20
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–99； UniProt 8–106

30S ribosomal protein Thx

物种未注明

UniProt Q5SIH3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 20 RNA 3	16S Ribosomal RNA rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P80371） 30S ribosomal protein S3 × 1 （P80372） 30S ribosomal protein S4 × 1 （P80373） RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 （P62665） 30S ribosomal protein S6 × 1 （Q5SLP8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P17291） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0DOY9） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P80374） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q5SHN7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P80376） 30S ribosomal protein S12 × 1 （Q5SHN3） 30S ribosomal protein S13 × 1 （P80377） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P0DOY6） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q5SJ76） 30S ribosomal protein S16 × 1 （Q5SJH3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0DOY7） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q5SLQ0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q5SHP2） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P80380） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 252 ;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ; × 1 ZINC ION × 2 water × 10	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RSHX_THET8
Isoform	—
PDB实体	21
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–24； UniProt 2–25

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cap
沉积日期 deposition_date	2018-01-31
结构标题 title	Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with Sisomicin
关键词 keywords	Ribosome, translation, miscoding, antibiotic, sisomicin; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6cap__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6cap__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6cap__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	65.52 Å
Rg（电子密度）	66.06 Å
总 Rg	66.07 Å
原子数	52316
残基数	3895
排除体积	812170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6cap__assembly_1__model_1`	23-meric （23）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (27)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S Ribosomal RNA rRNA
分子量 formula_weight	494168.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	52675

UUUGUUGGAGAGUCUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUUUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUAAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S2
分子量 formula_weight	26987.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDIVRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPDAIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S3
分子量 formula_weight	22862.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRGGERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGAEQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S4
分子量 formula_weight	24242.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFEEASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQNLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVNEQLVIEFYSR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN S5
分子量 formula_weight	16331.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEIEVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S6
分子量 formula_weight	11988.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELRIRDNVRRVMVVKSQEPFLANA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S7
分子量 formula_weight	17919.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRVGGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S8
分子量 formula_weight	15868.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVIHHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S9
分子量 formula_weight	14279.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

EQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLGIARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S10
分子量 formula_weight	11299.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

KIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRKTIEQLMTLDLPTGVEIEIKT

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S11
分子量 formula_weight	12319.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S12
分子量 formula_weight	13850.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

PTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVVLIRGGRVKXLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEA

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S13
分子量 formula_weight	13365.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

ARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKRLMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAG

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S14 type Z
分子量 formula_weight	7027.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

ARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S15
分子量 formula_weight	10390.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S16
分子量 formula_weight	9924.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVFRQE

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S17
分子量 formula_weight	11721.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

PKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESGRMDLVEKYLIRRQNYQSLSK

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S18
分子量 formula_weight	8155.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

KAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLPFTEKLVRK

实体 19 Entity 19 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S19
分子量 formula_weight	9203.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

PRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTYR

实体 20 Entity 20 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S20
分子量 formula_weight	10921.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

RNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAIQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARRKSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA

实体 21 Entity 21 polymer

描述 description	30S ribosomal protein Thx
分子量 formula_weight	2960.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

GKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRK

实体 22 Entity 22 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	1792.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

UUUUUU

实体 23 Entity 23 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPGPGPAPUPUPGPAPAPAPAPUPCPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4815.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	W

GGGAUUGAAAAUCCC

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	252

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	;(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside ;
分子量 formula_weight	447.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 26 Entity 26 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 27 Entity 27 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	222

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	6capB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10490 — Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1

结构域编号 domain_id	6capB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	6capC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — K homology (KH) domain

结构域编号 domain_id	6capC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1140 — Ribosomal protein S3 C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	32 — Ribosomal protein S3, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	6capE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6capE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6capF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B

结构域编号 domain_id	6capG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	455 — Ribosomal Protein S7
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein S7/S5

结构域编号 domain_id	6capH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6capI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6capJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Ribosomal protein S10

结构域编号 domain_id	6capK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Ribosomal protein S11/S14

结构域编号 domain_id	6capL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	6capM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6capM02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	910 — 30s ribosomal protein s13; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	6capN00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	830 — 30s Ribosomal Protein S14; Chain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal Protein S14/S29

结构域编号 domain_id	6capS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	860 — 30s Ribosomal Protein S19; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein S19/S15

结构域编号 domain_id	6capT00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribosomal protein S20

▶

晶胞边长 a length_a	400.970 Å
晶胞边长 b length_b	400.970 Å
晶胞边长 c length_c	175.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	39.908 Å
R 因子 r_factor	0.1833
R_work r_work	0.1829
R_free r_free	0.2298

Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with Sisomicin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RIBOSOMAL PROTEIN S5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体