6cuo

Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 113.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTPase HRas

Homo sapiens

UniProt P01112

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–166 链 C; UniProt 1–166 突变:Y64A 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Son of sevenless homolog 1 × 1 (Q07889) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 6 FFS N~2~-(3-chlorophenyl)-N~4~-[(furan-2-yl)methyl]quinazoline-2,4-diamine × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;293 K;0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0 分辨率 1.73 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 242 个其他 PDB 条目、324 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–167; UniProt 1–166 作者链 C; PDB构建体 2–167; UniProt 1–166

Son of sevenless homolog 1

Homo sapiens

UniProt Q07889

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 566–1046 未记录 GTPase HRas × 1 (P01112) GTPase HRas × 1 (P01112) GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 6 FFS N~2~-(3-chlorophenyl)-N~4~-[(furan-2-yl)methyl]quinazoline-2,4-diamine × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;293 K;0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0 分辨率 1.73 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SOS1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–482; UniProt 566–1046

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6cuo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6cuo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cuo
沉积日期 deposition_date2018-03-26
结构标题 titleRas:SOS:Ras in complex with a small molecule activator
关键词 keywordsRas, SOS, inhibitor, ONCOPROTEIN, Protein-protein complex, MAPK, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.63
零角强度 I(0) i0141780000.00
分子量 molecular_weight94159.0 kDa
排除体积 excluded_volume117710 ų
包络体积 envelope_volume146060 ų
水化壳体积 shell_volume39743 ų
包络直径 envelope_diameter121.6
壳层 Rg shell_rg37.63
包络 Rg envelope_rg30.86
形状 Rg shape_rg30.63
总 Rg total_rg31.24
总原子数 total_atoms6623
残基数 n_residues801
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.6
Rg (实空间) rg_real31.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.08
I(0) (实空间) i0_real1.4180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal141800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7816
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.380
峰度 Kurtosis kurtosis-0.218
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40980000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd6cuoa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd6cuob1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.117 — Ras GEF
超家族 Superfamily superfamilya.117.1 — Ras GEF
家族 Family familya.117.1.1 — Ras GEF
结构域编号 domain_idd6cuob2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6cuoc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd6cuoc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6cuoA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6cuoB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1
结构域编号 domain_id6cuoB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain
结构域编号 domain_id6cuoC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)