6cw6

Structure of alpha-GC[8,18] bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 136.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen-presenting glycoprotein CD1d1

Mus musculus

UniProt P11609

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–297 片段:residues 19-297 Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) Chimeric T cell antigen receptor alpha chain × 1 (K7N5M3) Chimeric T cell antigen receptor beta chain Vb8.2 × 1 (K7N5M4) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PBS (2S,3S,4R)-N-OCTANOYL-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]-2-AMINO-OCTADECANE-3,4-DIOL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4;295 K;8% Tacsimate pH 4.0 20% PEG 3350 分辨率 2.85 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、78 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD1D1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–279; UniProt 19–297

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 (P11609) Chimeric T cell antigen receptor alpha chain × 1 (K7N5M3) Chimeric T cell antigen receptor beta chain Vb8.2 × 1 (K7N5M4) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PBS (2S,3S,4R)-N-OCTANOYL-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]-2-AMINO-OCTADECANE-3,4-DIOL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4;295 K;8% Tacsimate pH 4.0 20% PEG 3350 分辨率 2.85 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 290 个其他 PDB 条目、483 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

Chimeric T cell antigen receptor alpha chain

Homo sapiens

UniProt K7N5M3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 96–210 未记录 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 (P11609) Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) Chimeric T cell antigen receptor beta chain Vb8.2 × 1 (K7N5M4) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PBS (2S,3S,4R)-N-OCTANOYL-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]-2-AMINO-OCTADECANE-3,4-DIOL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4;295 K;8% Tacsimate pH 4.0 20% PEG 3350 分辨率 2.85 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 K7N5M3_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 95–209; UniProt 96–210

Chimeric T cell antigen receptor beta chain Vb8.2

Homo sapiens

UniProt K7N5M4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 138–248 未记录 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 (P11609) Beta-2-microglobulin × 1 (P01887) Chimeric T cell antigen receptor alpha chain × 1 (K7N5M3) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PBS (2S,3S,4R)-N-OCTANOYL-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]-2-AMINO-OCTADECANE-3,4-DIOL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4;295 K;8% Tacsimate pH 4.0 20% PEG 3350 分辨率 2.85 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 K7N5M4_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 131–241; UniProt 138–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6cw6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6cw6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cw6
沉积日期 deposition_date2018-03-29
结构标题 titleStructure of alpha-GC[8,18] bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR
关键词 keywordsimmune system, antigen-presentation, TCR, MHC-fold; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.78
零角强度 I(0) i0134384000.00
分子量 molecular_weight92174.0 kDa
排除体积 excluded_volume114590 ų
包络体积 envelope_volume156150 ų
水化壳体积 shell_volume36327 ų
包络直径 envelope_diameter145.3
壳层 Rg shell_rg39.98
包络 Rg envelope_rg40.10
形状 Rg shape_rg39.80
总 Rg total_rg39.72
总原子数 total_atoms6493
残基数 n_residues806
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.4
Rg (实空间) rg_real40.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71
I(0) (实空间) i0_real1.3440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal134300000.0000
解质量估计 total_estimate0.7370
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.658
峰度 Kurtosis kurtosis-0.254
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12360000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.602; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.491; Smooth: 0.280

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd6cw6a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cw6a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cw6b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd6cw6c1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cw6c2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd6cw6d1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cw6d2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6cw6A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id6cw6A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6cw6B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6cw6C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6cw6D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6cw6D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)