6e2q

Structure of human JAK2 FERM/SH2 in complex with Erythropoietin Receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase JAK2

Homo sapiens

UniProt O60674

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–514 片段:FERM/SH2 (UNP residues 36-514) Erythropoietin receptor × 1 (P19235) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;277.15 K;100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000 分辨率 2.65 Å R-free 0.263
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 36–514 片段:FERM/SH2 (UNP residues 36-514) Erythropoietin receptor × 1 (P19235) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;277.15 K;100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000 分辨率 2.65 Å R-free 0.263
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 36–514 片段:FERM/SH2 (UNP residues 36-514) Erythropoietin receptor × 1 (P19235) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;277.15 K;100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000 分辨率 2.65 Å R-free 0.263
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 36–514 片段:FERM/SH2 (UNP residues 36-514) Erythropoietin receptor × 1 (P19235) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;277.15 K;100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000 分辨率 2.65 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、248 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–481; UniProt 36–514 作者链 B; PDB构建体 3–481; UniProt 36–514 作者链 C; PDB构建体 3–481; UniProt 36–514 作者链 D; PDB构建体 3–481; UniProt 36–514

Erythropoietin receptor

Homo sapiens

UniProt P19235

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 273–338 片段:UNP residues 273-338 Tyrosine-protein kinase JAK2 × 1 (O60674) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;277.15 K;100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000 分辨率 2.65 Å R-free 0.263
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 273–338 片段:UNP residues 273-338 Tyrosine-protein kinase JAK2 × 1 (O60674) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;277.15 K;100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000 分辨率 2.65 Å R-free 0.263
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 273–338 片段:UNP residues 273-338 Tyrosine-protein kinase JAK2 × 1 (O60674) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;277.15 K;100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000 分辨率 2.65 Å R-free 0.263
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 273–338 片段:UNP residues 273-338 Tyrosine-protein kinase JAK2 × 1 (O60674) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;277.15 K;100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000 分辨率 2.65 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EPOR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 15–80; UniProt 273–338 作者链 N; PDB构建体 15–80; UniProt 273–338 作者链 O; PDB构建体 15–80; UniProt 273–338 作者链 P; PDB构建体 15–80; UniProt 273–338

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6e2q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6e2q
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6e2q
沉积日期 deposition_date2018-07-11
结构标题 titleStructure of human JAK2 FERM/SH2 in complex with Erythropoietin Receptor
关键词 keywordsCytokine Receptor, Erythropoietin, Signal Transduction, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.12
零角强度 I(0) i0780218000.00
分子量 molecular_weight233150.0 kDa
排除体积 excluded_volume293000 ų
包络体积 envelope_volume411070 ų
水化壳体积 shell_volume80868 ų
包络直径 envelope_diameter137.3
壳层 Rg shell_rg48.92
包络 Rg envelope_rg39.85
形状 Rg shape_rg41.11
总 Rg total_rg41.59
总原子数 total_atoms16454
残基数 n_residues2037
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.0
Rg (实空间) rg_real41.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real7.8020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal780500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8925
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.9
偏度 Skewness skewness0.026
峰度 Kurtosis kurtosis-0.442
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha88440000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.877

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6e2qA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id6e2qA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id6e2qB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id6e2qB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id6e2qC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id6e2qC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id6e2qD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id6e2qD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)