6ftv

X-ray structure of human heavy chain ferritin in complex with NAMI A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin heavy chain

Homo sapiens

UniProt P02794

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–183 未记录 CL CHLORIDE ION × 168 MG MAGNESIUM ION × 216 RU RUTHENIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;2.0 M MgCl2, 0.1 M bicine pH 9.0 分辨率 1.58 Å R-free 0.183

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、174 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRIH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–182; UniProt 2–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ftv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ftv
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ftv
沉积日期 deposition_date2018-02-23
结构标题 titleX-ray structure of human heavy chain ferritin in complex with NAMI A
关键词 keywordsmetallodrug-protein, ferritin, ferroxidase activity, ruthenium, antimetastatic, anticancer agent, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.34
零角强度 I(0) i08919670.00
分子量 molecular_weight20717.0 kDa
排除体积 excluded_volume25310 ų
包络体积 envelope_volume30296 ų
水化壳体积 shell_volume14752 ų
包络直径 envelope_diameter67.7
壳层 Rg shell_rg23.28
包络 Rg envelope_rg18.80
形状 Rg shape_rg18.30
总 Rg total_rg19.22
总原子数 total_atoms1436
残基数 n_residues173
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.6
Rg (实空间) rg_real19.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real8.9200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8920000.0000
解质量估计 total_estimate0.7628
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary19.1
偏度 Skewness skewness0.531
峰度 Kurtosis kurtosis-0.177
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2338000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.685; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.870; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6ftva_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6ftvA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)