6jnr

RXRa structure complexed with CU-6PMN and SRC1 peptide.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor RXR-alpha

Homo sapiens

UniProt P19793

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 224–462 链 B; UniProt 224–462 未记录 HIS-LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN × 2 WY5 7-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(3,5,5,8,8-pentamethyl-6,7-dihydronaphthalen-2-yl)chromene-3-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;295 K;30%(v/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 550, 0.1M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.05M MgCl2 分辨率 2.30 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 107 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RXRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–243; UniProt 224–462 作者链 B; PDB构建体 5–243; UniProt 224–462

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6jnr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6jnr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6jnr
沉积日期 deposition_date2019-03-18
结构标题 titleRXRa structure complexed with CU-6PMN and SRC1 peptide.
关键词 keywordsRetinoid X receptor alpha, fluorescent agonist, dimer form, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.81
零角强度 I(0) i040454400.00
分子量 molecular_weight51385.0 kDa
排除体积 excluded_volume65318 ų
包络体积 envelope_volume75946 ų
水化壳体积 shell_volume28025 ų
包络直径 envelope_diameter71.0
壳层 Rg shell_rg29.41
包络 Rg envelope_rg21.85
形状 Rg shape_rg21.83
总 Rg total_rg22.67
总原子数 total_atoms3618
残基数 n_residues448
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.1
Rg (实空间) rg_real22.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real4.0450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40460000.0000
解质量估计 total_estimate0.8315
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.8
偏度 Skewness skewness0.065
峰度 Kurtosis kurtosis-0.562
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11420000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6jnrA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id6jnrB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)