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6n4r

CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 153.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nav1.7 VSD2-NavAb chimera

Arcobacter butzleri (strain RM4018)

UniProt A8EVM5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–25 链 A； UniProt 58–78 链 A； UniProt 107–267 链 B； UniProt 1–25 链 B； UniProt 58–78 链 B； UniProt 107–267 链 C； UniProt 1–25 链 C； UniProt 58–78 链 C； UniProt 107–267 链 D； UniProt 1–25 链 D； UniProt 58–78 链 D； UniProt 107–267 未记录 Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a × 4 （P83476） Fab light chain × 2 Fab heavy chain × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper. 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6N4R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
24JS Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant 提交 2026-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.50 Å R-free 0.274
24JT Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant 提交 2026-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–229（229 aa）
突变：N49K LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1N7 CHAPSO × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7%-9% PEG 6000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 100mM cadmium nitrate, 10mM copper chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 4.10 Å R-free 0.375
24JU Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant 提交 2026-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–229（229 aa）
突变：N49K LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7%-9% PEG 6000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 100mM cadmium nitrate, 10mM copper chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.70 Å R-free 0.320
3RVY Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (Ile217Cys, 2.7 A) 提交 2011-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：I217C 突变：I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 2 M ammonium sulphate, 0.1 M Na-citrate pH 4.75, 28% glucose, 0.01 M YCl3, nicotinic acid (sat.), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3RVZ Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (Ile217Cys, 2.8 A) 提交 2011-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：I217C 突变：I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 2 M ammonium sulphate, 0.1 M Na-citrate pH 4.75, 28% glucose, nicotinic acid (sat.), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
3RW0 Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (Met221Cys, 2.95 A) 提交 2011-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：M221C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：M221C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 2 M ammonium sulphate, 0.1 M Na-citrate pH 4.75, 28% glucose, nicotinic acid (sat.), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.95 Å R-free 0.272
4EKW Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (wild-type, 3.2 A) 提交 2012-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M NA-CITRATE, 28% GLUCOSE, NICOTINIC ACID, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.322
4EKW Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (wild-type, 3.2 A) 提交 2012-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M NA-CITRATE, 28% GLUCOSE, NICOTINIC ACID, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.322
4MS2 Structural basis of Ca2+ selectivity of a voltage-gated calcium channel 提交 2013-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；0.1M Na-citrate, pH 4.75, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4MTF Structural Basis of Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；0.1M Na-citrate,pH4.75, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.272
4MTG Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；0.1M Na-citrate,pH 4.75, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.273
4MTO Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；0.1M Na-citrate,pH 4.75, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.297
4MVM Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 B 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 C 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 D 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-Acetate ,pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 10mM Calcium Chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.275
4MVO Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 B 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 C 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
链 D 1–219（219 aa） 片段：Voltage-gated Calcium Channel (Residues 1-219)
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES, 0.1M Na-Acetate, pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.279
4MVQ Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-Acetate ,pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.313
4MVR Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES, 0.1M Na-Acetate, pH5.0, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 10mM Mn2+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
4MVS Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 5 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate, pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 100mM Mn2+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.269
4MVU Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate, pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.263
4MVZ Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate, pH 4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.280
4MW3 Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate,pH 4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
4MW8 Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel 提交 2013-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–219（219 aa）
链 B 1–219（219 aa）
链 C 1–219（219 aa）
链 D 1–219（219 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；298 K；CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate,pH 4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.26 Å R-free 0.314
5EK0 Human Nav1.7-VSD4-NavAb in complex with GX-936. 提交 2015-11-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–23（23 aa）
链 A 58–78（21 aa）
链 A 109–267（159 aa）
链 B 1–23（23 aa）
链 B 58–78（21 aa）
链 B 109–267（159 aa）
链 C 1–23（23 aa）
链 C 58–78（21 aa）
链 C 109–267（159 aa）
链 D 1–23（23 aa）
链 D 58–78（21 aa）
链 D 109–267（159 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 21 5P2 3-cyano-4-[2-[2-(1-ethylazetidin-3-yl)pyrazol-3-yl]-4-(trifluoromethyl)phenoxy]-~{N}-(1,2,4-thiadiazol-5-yl)benzenesulfonamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；277 K；2.2 ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate pH 5.4
分辨率 3.53 Å R-free 0.272
5KLB Crystal structure of the CavAb voltage-gated calcium channel(wild-type, 2.7A) 提交 2016-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CA CALCIUM ION × 3 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.260
5KLG Structure of CavAb(W195Y) in complex with Br-dihydropyridine derivative UK-59811 提交 2016-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 6UC O3-ethyl O5-methyl (4R)-4-(2-bromophenyl)-2-[2-(dimethylamino)ethoxymethyl]-6-methyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate
分辨率 3.30 Å R-free 0.303
5KLS Structure of CavAb in complex with Br-dihydropyridine derivative UK-59811 提交 2016-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 15 CA CALCIUM ION × 2 6UC O3-ethyl O5-methyl (4R)-4-(2-bromophenyl)-2-[2-(dimethylamino)ethoxymethyl]-6-methyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate 100uM UK-59811
分辨率 3.30 Å R-free 0.300
5KMD Structure of CavAb in complex with amlodipine 提交 2016-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 CA CALCIUM ION × 2 6UB amlodipine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate ,100uM amlodipine
分辨率 3.20 Å R-free 0.277
5KMF Structure of CavAb in complex with nimodipine 提交 2016-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 6U9 S-nimodipine × 1 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate,100uM nimodipine
分辨率 3.20 Å R-free 0.256
5KMH Structure of CavAb in complex with Br-verapamil 提交 2016-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PX6 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 4 6U8 (2~{R})-2-(2-bromophenyl)-5-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl-methyl-amino]-2-propan-2-yl-pentanenitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate,100uM Br-verapamil
分辨率 3.20 Å R-free 0.294
5VB2 Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in a closed conformation 提交 2017-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：T206F, V213Y 突变：T206F, V213Y 突变：T206F, V213Y 突变：T206F, V213Y CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 13 PO4 PHOSPHATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；1.8 M ammonium sulfate and 100 mM sodium acetate, 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine (DMPC):CHAPSO bicelles
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
5VB8 Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel in an open state 提交 2017-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–226（226 aa） 片段：UNP residues 1-226
未记录 NA SODIUM ION × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277.15 K；1.8 M ammonium sulfate and 100 mM sodium acetate (pH 4.8). 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine (DMPC):CHAPSO bicelles (Anatrace)
分辨率 2.85 Å R-free 0.254
6C1E NavAb NormoPP mutant 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 36 BNC 5-BETA-24-NOR-CHOLANE-3(ALPHA),7(ALPHA),12(ALPHA)-TRIOL × 2 UHH (3ALPHA,5ALPHA,7ALPHA,8ALPHA,12ALPHA,14BETA,17ALPHA)-3,7,12-TRIHYDROXYCHOL-1-EN-24-AMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；ammonium sulphate, Na-citrate
分辨率 2.86 Å R-free 0.240
6C1K HypoPP mutant with ligand1 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R GAI GUANIDINE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 34 NA SODIUM ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；ammonium sulphate, Na-citrate
分辨率 2.70 Å R-free 0.246
6C1M NavAb NormoPP mutant 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 30 1N7 CHAPSO × 16 MGX 1-METHYLGUANIDINE × 4 NA SODIUM ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.8；277 K；ammonium sulphate, Na-citrate
分辨率 2.52 Å R-free 0.227
6C1P HypoPP mutant 提交 2018-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R 突变：C235I, H123R PO4 PHOSPHATE ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 15 1N7 CHAPSO × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；ammonium sulphate, Na-citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.260
6JUH structure of CavAb in complex with efonidipine 提交 2019-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：E1177D, S1178D, M1181N 突变：E1177D, S1178D, M1181N 突变：E1177D, S1178D, M1181N 突变：E1177D, S1178D, M1181N MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 2 C9X 2-[phenyl-(phenylmethyl)amino]ethyl (4~{R})-5-(5,5-dimethyl-2-oxidanylidene-1,3,2$l^{5}-dioxaphosphinan-2-yl)-2,6-dimethyl-4-(3-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；1.0-2.0M Ammonium Sulfate 100 mM Na-citrate pH=5.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.291
6KE5 Structure of CavAb in complex with Diltiazem and Amlodipine 提交 2019-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 LPC [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE × 3 CA CALCIUM ION × 3 G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 5 6UB amlodipine × 1 D6C [(2~{S},3~{R})-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,5-benzothiazepin-3-yl] ethanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
6KEB Structure basis for Diltiazem block of a voltage-gated calcium channel 提交 2019-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 CA CALCIUM ION × 2 D6C [(2~{S},3~{R})-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,5-benzothiazepin-3-yl] ethanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate
分辨率 3.20 Å R-free 0.277
6MVV NavAb voltage-gated sodium channel, I217C/F203A 提交 2018-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：F203A, I217C 突变：F203A, I217C 突变：F203A, I217C 突变：F203A, I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100mM Sodium Acetate, pH 5.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.256
6MVW NavAb voltage-gated sodium channel, I217C/F203W 提交 2018-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：I217C, F203W 突变：I217C, F203W 突变：I217C, F203W 突变：I217C, F203W PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 10 PO4 PHOSPHATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate, 100 mM Sodium Acetate
分辨率 3.20 Å R-free 0.246
6MVX NavAb Voltage-gated Sodium Channel, I217C, in Complex with Class 1C Anti-arrhythmic Flecainide 提交 2018-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：I217C 突变：I217C 突变：I217C 突变：I217C PO4 PHOSPHATE ION × 10 K4D Flecainide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0 100 uM Flecainide
分辨率 3.46 Å R-free 0.263
6MVY NavAb voltage-gated sodium channel, residues 1-226, crystallized in the presence of Class 1B Anti-arrhythmic drug Lidocaine 提交 2018-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–226（226 aa）
突变：I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0 10 mM Lidocaine
分辨率 3.00 Å R-free 0.237
6MVY NavAb voltage-gated sodium channel, residues 1-226, crystallized in the presence of Class 1B Anti-arrhythmic drug Lidocaine 提交 2018-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–226（226 aa）
突变：I217C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0 10 mM Lidocaine
分辨率 3.00 Å R-free 0.237
6MWA NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–239（239 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100mM Sodium Acetate pH 5.8
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
6MWB NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239 with mutation T206A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–239（239 aa）
突变：T206A PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 SO4 SULFATE ION × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate pH 5.8
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6MWD NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239 with mutation T206S 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–239（239 aa）
突变：T206S PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 ACT ACETATE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；1.8 Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.8
分辨率 2.33 Å R-free 0.250
6MWG NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239, with mutation T206V 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–239（239 aa）
突变：T206V PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 ACT ACETATE ION × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.8
分辨率 2.50 Å R-free 0.239
6N4Q CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (actived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2 提交 2018-11-20 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–25（25 aa）
链 A 58–78（21 aa）
链 A 107–267（161 aa）
链 B 1–25（25 aa）
链 B 58–78（21 aa）
链 B 107–267（161 aa）
链 C 1–25（25 aa）
链 C 58–78（21 aa）
链 C 107–267（161 aa）
链 D 1–25（25 aa）
链 D 58–78（21 aa）
链 D 107–267（161 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper.
分辨率 3.60 Å
6P6W Cryo-EM structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L109A/M116V/G94C/Q150C disulfide crosslinked mutant in the resting state 提交 2019-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
链 B 1–267（267 aa）
链 C 1–267（267 aa）
链 D 1–267（267 aa）
突变：R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C,R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C 突变：R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C,R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C 突变：R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C,R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C 突变：R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C,R4A, N49K, L109A, M116V, G94C, Q150C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6P6X Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb G94C/Q150C mutant in the activated state 提交 2019-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：G94C, Q150C PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 36 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.8 M ammonium sulfate 0.1 M sodium citrate pH 5.6
分辨率 2.75 Å R-free 0.265
6P6Y Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb V100C/Q150C disulfide crosslinked mutant in the activated state 提交 2019-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：V100C, Q150C CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277 K；1.8 M ammonium sulfate 0.1 M sodium citrate pH 4.8
分辨率 2.89 Å R-free 0.273
7K48 Structure of NavAb/Nav1.7-VS2A chimera trapped in the resting state by tarantula toxin m3-Huwentoxin-IV 提交 2020-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–17（17 aa）
链 A 60–83（24 aa）
链 A 106–239（134 aa）
链 B 1–17（17 aa）
链 B 60–83（24 aa）
链 B 106–239（134 aa）
链 C 1–17（17 aa）
链 C 60–83（24 aa）
链 C 106–239（134 aa）
链 D 1–17（17 aa）
链 D 60–83（24 aa）
链 D 106–239（134 aa）
突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5-4.0 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
8DIV Crystal structure of NavAb I22V as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia I136V mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：I22V BGC beta-D-glucopyranose × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；1.7-1.8 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 5.0
分辨率 2.54 Å R-free 0.237
8DIW Crystal structure of NavAb E96P as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia S211P mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：E96P PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；1.7-1.8 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 5.4
分辨率 3.11 Å R-free 0.272
8DIX Structure of NavAb L98R as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia L823R mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：L98R PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277 K；1.8-1.9 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.8
分辨率 3.30 Å R-free 0.255
8DIY Crystal structure of NavAb L101S as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia F216S mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：L101S PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277 K；1.7-1.8 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.8
分辨率 2.85 Å R-free 0.254
8DIZ Crystal structure of NavAb I119T as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia I234T mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：I119T PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；1.8-1.9 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.6
分辨率 2.75 Å R-free 0.255
8DJ0 Crystal structure of NavAb L123T as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia I848T mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：L123T PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；1.9 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 4.6
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
8DJ1 Crystal structure of NavAb V126T as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia S241T mutation 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–239（239 aa）
突变：V126T PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；1.8 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 5.2
分辨率 3.10 Å R-free 0.260
8H9O Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant in sodium ion condition 提交 2022-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 36 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.30 Å R-free 0.272
8H9W Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant in calcium ion condition 提交 2022-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.264
8H9X Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176Q mutant in sodium ion condition 提交 2022-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, L176Q LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.40 Å R-free 0.280
8H9Y Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176Q mutant in calcium ion condition 提交 2022-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, L176Q LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.40 Å R-free 0.264
8HA1 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176G mutant in sodium ion condition 提交 2022-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, L176G LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.50 Å R-free 0.297
8HA2 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176G mutant in calcium ion condition 提交 2022-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, L176G LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.30 Å R-free 0.281
9UC1 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/S178T mutant 提交 2025-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, S178T CA CALCIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 2.50 Å R-free 0.274
9UC2 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/S178A mutant 提交 2025-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K,S178A CA CALCIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 2.80 Å R-free 0.294
9UC3 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/S178G mutant 提交 2025-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K,S178G CA CALCIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 2.90 Å R-free 0.299
9UC4 Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/S178T/T206A mutant 提交 2025-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K, S178T, T206A CA CALCIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.40 Å R-free 0.312
9VDQ Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K NA SODIUM ION × 12 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.10 Å R-free 0.289
9VDR Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176F mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K/L176F NA SODIUM ION × 8 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.70 Å R-free 0.327
9VDS Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176W mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K/L176W NA SODIUM ION × 4 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9%-11% PEG MME 2000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.70 Å R-free 0.339
9VDT Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K DC230 mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–267（267 aa）
突变：N49K NA SODIUM ION × 8 1N7 CHAPSO × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7%-9% PEG 6000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 100mM cadmium chloride, 10mM copper chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.50 Å R-free 0.344
9VDU Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176F DC230 mutant 提交 2025-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–230（230 aa）
突变：N49K/L176F NA SODIUM ION × 8 1N7 CHAPSO × 4 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7%-9% PEG 6000, 100mM sodium chloride, 100mM magnesium nitrate, 100mM cadmium chloride, 10mM copper chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.4
分辨率 3.40 Å R-free 0.304

共 71 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A8EVM5_ARCB4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 19–43； UniProt 1–25 作者链 A； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 A； PDB构建体 128–288； UniProt 107–267 作者链 B； PDB构建体 19–43； UniProt 1–25 作者链 B； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 B； PDB构建体 128–288； UniProt 107–267 作者链 C； PDB构建体 19–43； UniProt 1–25 作者链 C； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 C； PDB构建体 128–288； UniProt 107–267 作者链 D； PDB构建体 19–43； UniProt 1–25 作者链 D； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 D； PDB构建体 128–288； UniProt 107–267

Nav1.7 VSD2-NavAb chimera

Arcobacter butzleri (strain RM4018)

UniProt Q15858

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 747–777 链 A； UniProt 811–842 链 B； UniProt 747–777 链 B； UniProt 811–842 链 C； UniProt 747–777 链 C； UniProt 811–842 链 D； UniProt 747–777 链 D； UniProt 811–842 未记录 Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a × 4 （P83476） Fab light chain × 2 Fab heavy chain × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper. 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6N4R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
21TP Open-state structure of veratridine-activated human Nav1.7 提交 2025-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1E26 Veratridine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
21TQ The structure of Nav1.7 with veratridine standing near the IFM motif (site I) 提交 2025-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 A1E26 Veratridine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
5EK0 Human Nav1.7-VSD4-NavAb in complex with GX-936. 提交 2015-11-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1527–1559（33 aa）
链 A 1581–1622（42 aa）
链 B 1527–1559（33 aa）
链 B 1581–1622（42 aa）
链 C 1527–1559（33 aa）
链 C 1581–1622（42 aa）
链 D 1527–1559（33 aa）
链 D 1581–1622（42 aa）
未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 21 5P2 3-cyano-4-[2-[2-(1-ethylazetidin-3-yl)pyrazol-3-yl]-4-(trifluoromethyl)phenoxy]-~{N}-(1,2,4-thiadiazol-5-yl)benzenesulfonamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；277 K；2.2 ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate pH 5.4
分辨率 3.53 Å R-free 0.272
6J8G Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (Y1755 up) 提交 2019-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6J8H Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (Y1755 down) 提交 2019-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6J8I Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, ProTx-II and tetrodotoxin (Y1755 up) 提交 2019-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6J8J Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, ProTx-II and tetrodotoxin (Y1755 down) 提交 2019-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6N4Q CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (actived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2 提交 2018-11-20 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 747–777（31 aa）
链 A 811–842（32 aa）
链 B 747–777（31 aa）
链 B 811–842（32 aa）
链 C 747–777（31 aa）
链 C 811–842（32 aa）
链 D 747–777（31 aa）
链 D 811–842（32 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper.
分辨率 3.60 Å
6NT3 Cryo-EM structure of a human-cockroach hybrid Nav channel. 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1500–1631（132 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 76F (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate × 4 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 AJP Digitonin × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6NT4 Cryo-EM structure of a human-cockroach hybrid Nav channel bound to alpha-scorpion toxin AaH2. 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1500–1631（132 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 76F (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate × 5 AJP Digitonin × 1 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6VXO NaChBac-Nav1.7VSDII chimera in nanodisc 提交 2020-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 817–832（16 aa）
链 C 817–832（16 aa）
链 D 817–832（16 aa）
链 E 817–832（16 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.50 Å
6W6O NaChBac-Nav1.7VSDII chimera and HWTX-IV complex 提交 2020-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 817–832（16 aa）
链 D 817–832（16 aa）
链 F 817–832（16 aa）
链 H 817–832（16 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 10
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blotted for 5 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
7K48 Structure of NavAb/Nav1.7-VS2A chimera trapped in the resting state by tarantula toxin m3-Huwentoxin-IV 提交 2020-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 739–779（41 aa）
链 A 805–830（26 aa）
链 B 739–779（41 aa）
链 B 805–830（26 aa）
链 C 739–779（41 aa）
链 C 805–830（26 aa）
链 D 739–779（41 aa）
链 D 805–830（26 aa）
突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5-4.0 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
7W9K Cryo-EM structure of human Nav1.7-beta1-beta2 complex at 2.2 angstrom resolution 提交 2021-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 15 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
7W9L Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K)-beta1-beta2 complex 提交 2021-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
突变：E406K NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7W9M Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K) in complex with auxiliary beta subunits, ProTx-II and tetrodotoxin (S6IV pi helix conformer) 提交 2021-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
突变：E406K 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7W9P Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K) in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (S6IV pi helix conformer) 提交 2021-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
突变：E406K 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 13 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7W9T Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K) in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (S6IV alpha helix conformer) 提交 2021-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
突变：E406K 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7XM9 Cryo-EM structure of human NaV1.7/beta1/beta2-XEN907 提交 2022-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1977（1977 aa）
突变：W1150R NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 G2E (7~{R})-1'-pentylspiro[6~{H}-furo[3,2-f][1,3]benzodioxole-7,3'-indole]-2'-one × 1 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
7XMF Cryo-EM structure of human NaV1.7/beta1/beta2-Nav1.7-IN2 提交 2022-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1977（1977 aa）
突变：W1150R NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 G2W 3-[[4-[3-(4-fluoranyl-2-methyl-phenoxy)azetidin-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-~{N}-methyl-benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
7XMG Cryo-EM structure of human NaV1.7/beta1/beta2-TCN-1752 提交 2022-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1977（1977 aa）
突变：W1150R NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 G4I (1~{Z})-~{N}-[2-methyl-3-[(~{E})-[6-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methoxy]piperidin-1-yl]-1~{H}-1,3,5-triazin-2-ylidene]amino]phenyl]ethanimidic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7XVE Human Nav1.7 mutant class-I 提交 2022-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
突变：E156K,G779R,L866F,T870M,A874F,V947F,M952F,V953F,V1438I,V1439F,G1454C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 18 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7XVF Nav1.7 mutant class2 提交 2022-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
突变：E156K,G779R,L866F,T870M,A874F,V947F,M952F,V953F,V1438I,V1439F,G1454C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 17 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8F0P Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the hybrid inhibitor GNE-1305 提交 2022-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1501–1630（130 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 X7L N-[6-(cyclopentylmethoxy)-1,3-benzothiazol-2-yl]-4-{[(1S,2S)-2-(dimethylamino)cyclohexyl]amino}-2-fluorobenzene-1-sulfonamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
8F0Q Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the acylsulfonamide inhibitor GDC-0310 提交 2022-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1501–1630（130 aa）
未记录 BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X7R 5-cyclopropyl-4-({1-[(1S)-1-(3,5-dichlorophenyl)ethyl]piperidin-4-yl}methoxy)-2-fluoro-N-(methanesulfonyl)benzamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8F0R Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the arylsulfonamide inhibitor GNE-3565 提交 2022-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1501–1630（130 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X7W 5-chloro-4-({(1S,2S,4S)-2-(dimethylamino)-4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]cyclohexyl}amino)-2-fluoro-N-(pyrimidin-4-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8F0S Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the hybrid inhibitor GNE-9296 提交 2022-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1501–1630（130 aa） 片段：Chimeric construct of human Nav1.7 VSD4 and the NavPaS channel from American cockroach Periplaneta americana
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X80 5-chloro-4-(cyclopentylmethoxy)-N-(4-{[(1S,2S)-2-(dimethylamino)cyclohexyl]amino}-2-fluorobenzene-1-sulfonyl)-2-fluorobenzamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8G1A Cryo-EM structure of Nav1.7 with CBD 提交 2023-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 P0T cannabidiol × 2 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 13 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8I5B Structure of human Nav1.7 in complex with bupivacaine 提交 2023-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 OJ0 Levobupivacaine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8I5G Structure of human Nav1.7 in complex with PF-05089771 提交 2023-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 T70 PF-05089771 × 1 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8I5X Structure of human Nav1.7 in complex with Vinpocetine 提交 2023-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 T7F Vinpocetine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8I5Y Structure of human Nav1.7 in complex with vixotrigine 提交 2023-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 TB4 Vixotrigine × 1 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8J4F Structure of human Nav1.7 in complex with Hardwickii acid 提交 2023-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 UK0 (4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{a}-trimethyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydronaphthalene-1-carboxylic acid × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 10 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8S9B Cryo-EM structure of Nav1.7 with LCM 提交 2023-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 LQO lacosamide × 2 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8S9C Cryo-EM structure of Nav1.7 with CBZ 提交 2023-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 N6W benzo[b][1]benzazepine-11-carboxamide × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8THG Cryo-EM structure of Nav1.7 with RLZ 提交 2023-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 657 6-(trifluoromethoxy)-1,3-benzothiazol-2-amine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8THH Cryo-EM structure of Nav1.7 with LTG 提交 2023-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 IYJ (6M)-6-(2,3-dichlorophenyl)-1,2,4-triazine-3,5-diamine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8XMM Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M9 提交 2023-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
8XMN Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M2 提交 2023-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8XMO Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M4 提交 2023-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
8YHZ The co-crystal structure of the Fab fragment of Ab-1080 with NaV1.7 VSDII peptide 提交 2024-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 764–774（11 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2M potassium thiocyanate, 25% W/V Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.62 Å R-free 0.210
9ITI Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding 提交 2024-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1988（1988 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 10 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å

共 42 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SCN9A_HUMAN
Isoform Q15858-3
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 44–74； UniProt 747–777 作者链 A； PDB构建体 96–127； UniProt 811–842 作者链 B； PDB构建体 44–74； UniProt 747–777 作者链 B； PDB构建体 96–127； UniProt 811–842 作者链 C； PDB构建体 44–74； UniProt 747–777 作者链 C； PDB构建体 96–127； UniProt 811–842 作者链 D； PDB构建体 44–74； UniProt 747–777 作者链 D； PDB构建体 96–127； UniProt 811–842

Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a

物种未注明

UniProt P83476

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–30 链 F； UniProt 1–30 链 G； UniProt 1–30 链 H； UniProt 1–30 未记录 Nav1.7 VSD2-NavAb chimera × 4 （A8EVM5,Q15858） Fab light chain × 2 Fab heavy chain × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper. 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6N4R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2N9T NMR solution structure of ProTx-II 提交 2015-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–30（30 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；压力 ambient
NMR样品组成 2 mg protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2 mg protein, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
5O0U Crystal structure of tarantula venom peptide Protoxin-II 提交 2017-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–30（30 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2M lithium sulfate, 100 mM Tris-HCl (pH 8), 2% v/v PEG 400
分辨率 0.99 Å R-free 0.140
6MK4 Solution NMR structure of spider toxin analogue [E17K]ProTx-II 提交 2018-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–30（30 aa）
突变：E17K 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 2 mg/mL [E17K]ProTx-II, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6N4I Structural basis of Nav1.7 inhibition by a gating-modifier spider toxin 提交 2018-11-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–30（30 aa）
链 F 1–30（30 aa）
链 G 1–30（30 aa）
链 H 1–30（30 aa）
未记录 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；2.3-2.6M Ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.0; 30% sucrose for cryo
分辨率 3.54 Å R-free 0.294
6N4Q CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (actived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2 提交 2018-11-20 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 1–30（30 aa）
链 F 1–30（30 aa）
链 G 1–30（30 aa）
链 H 1–30（30 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper.
分辨率 3.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TXPR2_THRPR
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 F； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 G； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 H； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6n4r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6n4r
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6n4r
沉积日期 deposition_date2018-11-20
结构标题 titleCryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2
关键词 keywordsvoltage-gated sodium channel, gating modifier toxin, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.37 Å
零角强度 I(0) i0630596000.00
分子量 molecular_weight219490.0 kDa
排除体积 excluded_volume279500 ų
包络体积 envelope_volume427040 ų
水化壳体积 shell_volume76573 ų
包络直径 envelope_diameter165.0 Å
壳层 Rg shell_rg51.16 Å
包络 Rg envelope_rg45.57 Å
形状 Rg shape_rg46.31 Å
总 Rg total_rg46.80 Å
总原子数 total_atoms15444
残基数 n_residues1942
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.0 Å
Rg (实空间) rg_real46.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real6.3060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal630700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8804
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.3 Å
偏度 Skewness skewness0.243
峰度 Kurtosis kurtosis-0.282
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha41620000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.852
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)