SAXSdb — 6n4r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nav1.7 VSD2-NavAb chimera

Arcobacter butzleri (strain RM4018)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 12	Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a × 4 （P83476） Fab light chain × 2 Fab heavy chain × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8EVM5_ARCB4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–43； UniProt 1–25 作者链 A； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 A； PDB构建体 128–288； UniProt 107–267 作者链 B； PDB构建体 19–43； UniProt 1–25 作者链 B； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 B； PDB构建体 128–288； UniProt 107–267 作者链 C； PDB构建体 19–43； UniProt 1–25 作者链 C； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 C； PDB构建体 128–288； UniProt 107–267 作者链 D； PDB构建体 19–43； UniProt 1–25 作者链 D； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 D； PDB构建体 128–288； UniProt 107–267

Nav1.7 VSD2-NavAb chimera

Arcobacter butzleri (strain RM4018)

UniProt Q15858

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 12	Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a × 4 （P83476） Fab light chain × 2 Fab heavy chain × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN9A_HUMAN
Isoform	Q15858-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 44–74； UniProt 747–777 作者链 A； PDB构建体 96–127； UniProt 811–842 作者链 B； PDB构建体 44–74； UniProt 747–777 作者链 B； PDB构建体 96–127； UniProt 811–842 作者链 C； PDB构建体 44–74； UniProt 747–777 作者链 C； PDB构建体 96–127； UniProt 811–842 作者链 D； PDB构建体 44–74； UniProt 747–777 作者链 D； PDB构建体 96–127； UniProt 811–842

Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a

物种未注明

UniProt P83476

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 12	Nav1.7 VSD2-NavAb chimera × 4 （A8EVM5,Q15858） Fab light chain × 2 Fab heavy chain × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TXPR2_THRPR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 F； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 G； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 H； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6n4r
沉积日期 deposition_date	2018-11-20
结构标题 title	CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2
关键词 keywords	voltage-gated sodium channel, gating modifier toxin, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6n4r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6n4r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6n4r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.08 Å
Rg（电子密度）	46.37 Å
总 Rg	46.80 Å
原子数	15444
残基数	1942
排除体积	279500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6n4r__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nav1.7 VSD2-NavAb chimera
分子量 formula_weight	33453.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,A
原子数 atom_count	15444

MDYKDDDDKGSLVPRGSHMYLRITNIVESSFFTKFIIYLIVLNTLFMAMEHHPMTEEFKNVLAIGNLVFTGIFAIEIILRIYVHRISFFKDPWSLFDSLIVTLSLVELFLADVEGLSVLRSFRLLRVFRLVTAVPQMRKIVSALISVIPGMLSVIALMTLFFYIFAIMATQLFGERFPEWFGTLGESFYTLFQVMTLESWSMGIVRPLMEVYPYAWVFFIPFIFVVTFVMINLVVAICVDAMAILNQKEEQHIIDEVQSHEDNINNEIIKLREEIVELKELIKTSLKN

来源 Source

来源生物 organism	Arcobacter butzleri (strain RM4018)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	367737
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a
分子量 formula_weight	3839.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

YCQKWMWTCDSERKCCEGMVCRLWCKKKLW

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab light chain
分子量 formula_weight	23483.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K

EIVLTQSPALMAASPGEKVTITCSVSLSISSSNLFWYQQKSETSPKPWIYGTSKLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAATYYCQQWSSHSFTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24523.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L

EVQLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFTFSNYAMSWVRQTPEKRLEWVATISNGGRYTYYPDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMSSLRSEDTAMYYCARHLYRYDVGGALDYWGQGTSVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGPTIKP

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	53206

CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nav1.7 VSD2-NavAb chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nav1.7 VSD2-NavAb chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6n4r__assembly_1__model_1

6n4r__assembly_1__model_1 | I(q)

6n4r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nav1.7 VSD2-NavAb chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nav1.7 VSD2-NavAb chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6n4r__assembly_1__model_1

6n4r__assembly_1__model_1 | I(q)

6n4r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)