6ntp

PTP1B Domain of PTP1B-LOV2 Chimera

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1,NPH1-1

Avena sativa

UniProt O49003

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 407–546 片段:residues 2-282 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES, 200 mM magnesium acetate, and 14% polyethylene glycol 8000, pH 7.5 分辨率 1.89 Å R-free 0.212
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 407–546 片段:residues 2-282 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES, 200 mM magnesium acetate, and 14% polyethylene glycol 8000, pH 7.5 分辨率 1.89 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O49003_AVESA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 301–440; UniProt 407–546

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1,NPH1-1

Avena sativa

UniProt P18031

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–298 片段:residues 2-282 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES, 200 mM magnesium acetate, and 14% polyethylene glycol 8000, pH 7.5 分辨率 1.89 Å R-free 0.212
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–298 片段:residues 2-282 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES, 200 mM magnesium acetate, and 14% polyethylene glycol 8000, pH 7.5 分辨率 1.89 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 440 个其他 PDB 条目、468 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–298; UniProt 1–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ntp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ntp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ntp
沉积日期 deposition_date2019-01-30
结构标题 titlePTP1B Domain of PTP1B-LOV2 Chimera
关键词 keywordsProtein tyrosine phosphatase, protein phosphorylation, signaling, diabetes, obesity, cancer, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.89
零角强度 I(0) i018685500.00
分子量 molecular_weight32705.0 kDa
排除体积 excluded_volume40920 ų
包络体积 envelope_volume47314 ų
水化壳体积 shell_volume20693 ų
包络直径 envelope_diameter70.9
壳层 Rg shell_rg25.64
包络 Rg envelope_rg19.28
形状 Rg shape_rg18.87
总 Rg total_rg19.88
总原子数 total_atoms2297
残基数 n_residues281
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.2
Rg (实空间) rg_real19.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real1.8690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18690000.0000
解质量估计 total_estimate0.6374
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.2
偏度 Skewness skewness0.280
峰度 Kurtosis kurtosis-0.219
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5642000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.761; Stabil: 0.996; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6ntpa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6ntpA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)