6sko

Cryo-EM Structure of the Fork Protection Complex Bound to CMG at a Replication Fork - conformation 2 MCM CTD:ssDNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 135.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication licensing factor MCM6

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P53091

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 6; UniProt 1–1017 未记录 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) ssDNA, leading-strand template × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing in liquid ethane. 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM6_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 6; PDB构建体 1–1017; UniProt 1–1017

DNA replication licensing factor MCM7

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 7; UniProt 1–845 片段:Mcm2-CTD DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) ssDNA, leading-strand template × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing in liquid ethane. 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM7_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–845; UniProt 1–845

DNA replication licensing factor MCM2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P29469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 2; UniProt 1–868 片段:Mcm4-CTD DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) ssDNA, leading-strand template × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing in liquid ethane. 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM2_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–868; UniProt 1–868

Minichromosome maintenance protein 5

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P29496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 5; UniProt 1–775 片段:Mcm7-CTD DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) ssDNA, leading-strand template × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing in liquid ethane. 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM5_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 1–775; UniProt 1–775

DNA replication licensing factor MCM3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P24279

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 3; UniProt 1–971 片段:Mcm5-CTD 突变:CBP-tag at N-terminus DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) ssDNA, leading-strand template × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing in liquid ethane. 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM3_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–971; UniProt 1–971

DNA replication licensing factor MCM4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P30665

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 4; UniProt 1–933 片段:Mcm6-CTD DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) ssDNA, leading-strand template × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing in liquid ethane. 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM4_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–933; UniProt 1–933

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6sko

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6sko
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6sko
沉积日期 deposition_date2019-08-16
结构标题 titleCryo-EM Structure of the Fork Protection Complex Bound to CMG at a Replication Fork - conformation 2 MCM CTD:ssDNA
关键词 keywordsprotein-DNA complex, replisome, AAA+ helicase, CMG, GINS, fork DNA, MCM, fork protection complex, CIP-box, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.78
零角强度 I(0) i0767397000.00
分子量 molecular_weight224650.0 kDa
排除体积 excluded_volume280080 ų
包络体积 envelope_volume385670 ų
水化壳体积 shell_volume72700 ų
包络直径 envelope_diameter137.4
壳层 Rg shell_rg50.28
包络 Rg envelope_rg42.03
形状 Rg shape_rg42.83
总 Rg total_rg42.96
总原子数 total_atoms31618
残基数 n_residues1971
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.2
Rg (实空间) rg_real42.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89
I(0) (实空间) i0_real7.6740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2830e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal767500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8354
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.1
偏度 Skewness skewness0.165
峰度 Kurtosis kurtosis-0.624
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha164600000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6sko300
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6sko500
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)