6u0m

Structure of the S. cerevisiae replicative helicase CMG in complex with a forked DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 196.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication complex GINS protein PSF1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12488

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–208 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 PSF1_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–208; UniProt 1–208

DNA replication complex GINS protein PSF2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40359

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 3–200 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 PSF2_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–198; UniProt 3–200

DNA replication complex GINS protein PSF3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12146

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 3–193 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 PSF3_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–191; UniProt 3–193

DNA replication complex GINS protein SLD5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03406

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 3–293 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 SLD5_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–291; UniProt 3–293

Cell division control protein 45

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08032

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 5–650 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 CDC45_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–646; UniProt 5–650

DNA replication licensing factor MCM2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P29469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 2; UniProt 201–864 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM2_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–664; UniProt 201–864

DNA replication licensing factor MCM3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P24279

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 3; UniProt 17–738 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM3_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–722; UniProt 17–738

DNA replication licensing factor MCM4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P30665

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 4; UniProt 177–929 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM4_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–753; UniProt 177–929

Minichromosome maintenance protein 5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P29496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 5; UniProt 24–693 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM5_YEAST
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 1–670; UniProt 24–693

DNA replication licensing factor MCM7

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 7; UniProt 1–729 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 DNA (26-MER) × 1 DNA (15-MER) × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM7_YEAST
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–729; UniProt 1–729

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6u0m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6u0m
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6u0m
沉积日期 deposition_date2019-08-14
结构标题 titleStructure of the S. cerevisiae replicative helicase CMG in complex with a forked DNA
关键词 keywordsDNA replication, CMG-Mcm10, REPLICATION-DNA complex; REPLICATION/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.36
零角强度 I(0) i04917200000.00
分子量 molecular_weight586060.0 kDa
排除体积 excluded_volume732390 ų
包络体积 envelope_volume1167500 ų
水化壳体积 shell_volume159450 ų
包络直径 envelope_diameter211.2
壳层 Rg shell_rg66.32
包络 Rg envelope_rg56.95
形状 Rg shape_rg58.38
总 Rg total_rg58.46
总原子数 total_atoms41146
残基数 n_residues5139
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax196.0
Rg (实空间) rg_real58.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.39
I(0) (实空间) i0_real4.9170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.9280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4920000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8636
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary72.6
偏度 Skewness skewness0.275
峰度 Kurtosis kurtosis-0.304
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha1113000000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.829

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id6u0m201
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6u0m401
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6u0m501
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6u0m601
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6u0m602
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6u0m701
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6u0mC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2050

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)