6ud1

Spectroscopic and structural characterization of a genetically encoded direct sensor for protein-ligand interactions

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Streptavidin

Streptomyces avidinii

UniProt P22629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 37–163 链 B; UniProt 37–163 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 3.5;298 K;500 ul of 0.1 M Citric Acid, pH 3.5, 3M NaCl in the reservoir with 2 ul of reservoir buffer mixed with 2 ul of 10 mg/ml of protein in the drop. Crystals were soaked to pH 5.5 overnight with 3 exchanges 分辨率 1.55 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 312 个其他 PDB 条目、368 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAV_STRAV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–128; UniProt 37–163 作者链 B; PDB构建体 2–128; UniProt 37–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ud1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ud1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ud1
沉积日期 deposition_date2019-09-18
结构标题 titleSpectroscopic and structural characterization of a genetically encoded direct sensor for protein-ligand interactions
关键词 keywords;unnatural amino acid, non-canonical amino acid, fluorescence, biosensor, small molecule biosensor, ligand detection, FLUORESCENT PROTEIN ;; FLUORESCENT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.15
零角强度 I(0) i012470800.00
分子量 molecular_weight25368.0 kDa
排除体积 excluded_volume31258 ų
包络体积 envelope_volume36066 ų
水化壳体积 shell_volume17398 ų
包络直径 envelope_diameter58.2
壳层 Rg shell_rg23.52
包络 Rg envelope_rg17.58
形状 Rg shape_rg17.12
总 Rg total_rg18.19
总原子数 total_atoms1796
残基数 n_residues240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.2
Rg (实空间) rg_real18.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23
I(0) (实空间) i0_real1.2470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12470000.0000
解质量估计 total_estimate0.9015
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.4
偏度 Skewness skewness0.151
峰度 Kurtosis kurtosis-0.483
角度范围 angular_range— – 0.4350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2154000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.983

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6ud1a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin
结构域编号 domain_idd6ud1b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)