6ven

Yeast COMPASS in complex with a ubiquitinated nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103

Histone H2A type 1

Xenopus laevis

UniProt P06897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2A1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 G； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 5–126 作者链 H； PDB构建体 1–122； UniProt 5–126

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 5–80； UniProt 1–76

COMPASS component SWD3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38123

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SWD3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

COMPASS component SWD1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P39706

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SWD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38827

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SET1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 40–358； UniProt 762–1080

COMPASS component BRE2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P43132

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	BRE2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–505； UniProt 1–505

COMPASS component SDC1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03323

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SDC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 Q； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175

COMPASS component SPP1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03012

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 16 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） 601 DNA (146-MER) × 1 601 DNA (146-MER) × 1 Ubiquitin × 1 （P0CG48） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （P38827） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） ZINC ION × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 40–391； UniProt 2–353

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ven
沉积日期 deposition_date	2020-01-02
结构标题 title	Yeast COMPASS in complex with a ubiquitinated nucleosome
关键词 keywords	Methylation, histone, transcription, ubiquitin, gene regulation, TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex; TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ven__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ven__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ven__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.99 Å
Rg（电子密度）	50.32 Å
总 Rg	50.57 Å
原子数	24028
残基数	2558
排除体积	408720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ven__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	15251.8 kDa
突变 mutation	K4(NLE), M90(NLE), M120(NLE), G102A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	24028

ARTLQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVLALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTILPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1
分子量 formula_weight	13978.2 kDa
突变 mutation	G99R, A123S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13498.7 kDa
突变 mutation	K120C, S30T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTCYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	601 DNA (146-MER)
分子量 formula_weight	44825.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	601 DNA (146-MER)
分子量 formula_weight	45305.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	9036.4 kDa
突变 mutation	G76C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GSHMMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	COMPASS component SWD3
分子量 formula_weight	34786.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MFQFVTPVGTQNGLKATCAKISPDGQFLAITQGLNILIYDINRRTVSQTLVTSHARPFSELCWSPDGQCIATASDDFSVEIIHLSYGLLHTFIGHTAPVISLTFNRKGNLLFTSSMDESIKIWDTLNGSLMKTISAHSEAVVSVDVPMNDSSILSSGSYDGLIRIFDAETGHCLKTLTYDKDWKRENGVVPISQVKFSENARYLLVKSLDGVVKIWDCIGGCVVRTFQVQPLEKGVLHHSCGMDFLNPEDGSTPLVISGYENGDIYCWNSDTKSLLQLLDGSLYHHSSPVMSIHCFGNIMCSLALNGDCCLWRWV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	COMPASS component SWD1
分子量 formula_weight	48702.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MNILLQDPFAVLKEHPEKLTHTIENPLRTECLQFSPCGDYLALGCANGALVIYDMDTFRPICVPGNMLGAHVRPITSIAWSPDGRLLLTSSRDWSIKLWDLSKPSKPLKEIRFDSPIWGCQWLDAKRRLCVATIFEESDAYVIDFSNDPVASLLSKSDEKQLSSTPDHGYVLVCTVHTKHPNIIIVGTSKGWLDFYKFHSLYQTECIHSLKITSSNIKHLIVSQNGERLAINCSDRTIRQYEISIDDENSAVELTLEHKYQDVINKLQWNCILFSNNTAEYLVASTHGSSAHELYIWETTSGTLVRVLEGAEEELIDINWDFYSMSIVSNGFESGNVYVWSVVIPPKWSALAPDFEEVEENVDYLEKEDEFDEVDEAEQQQGLEQEEEIAIDLRTREQYDVRGNNLLVERFTIPTDYTRIIKMQSS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific
分子量 formula_weight	41508.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.354
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MHHHHHHGSSDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKENLYFQGMDLQNAIKDEEDMLILKQLLSTYTPTVTPETSAALEYKIWQSRRKVLEEEKASDWQIELNGTLFDSELQPGSSFKAEGFRKIADKLKINYLPHRRRVHQPLNTVNIHNERNEYTPELCQREESSNKEPSDSVPQEVSSSRDNRASNRRFQQDIEAQKAAIGTESELLSLNQLNKRKKPVMFARSAIHNWGLYALDSIAAKEMIIEYVGERIRQPVAEMREKRYLKNGIGSSYLFRVDENTVIDATKKGGIARFINHCCDPNCTAKIIKVGGRRRIVIYALRDIAASEELTYDYKFEREKDDEERLPCLCGAPNCKGFLN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	COMPASS component BRE2
分子量 formula_weight	58425.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MKLGIIPYQEGTDIVYKNALQGQQEGKRPNLPQMEATHQIKSSVQGTSYEFVRTEDIPLNRRHFVYRPCSANPFFTILGYGCTEYPFDHSGMSVMDRSEGLSISRDGNDLVSVPDQYGWRTARSDVCIKEGMTYWEVEVIRGGNKKFADGVNNKENADDSVDEVQSGIYEKMHKQVNDTPHLRFGVCRREASLEAPVGFDVYGYGIRDISLESIHEGKLNCVLENGSPLKEGDKIGFLLSLPSIHTQIKQAKEFTKRRIFALNSHMDTMNEPWREDAENGPSRKKLKQETTNKEFQRALLEDIEYNDVVRDQIAIRYKNQLFFEATDYVKTTKPEYYSSDKRERQDYYQLEDSYLAIFQNGKYLGKAFENLKPLLPPFSELQYNEKFYLGYWQHGEARDESNDKNTTSAKKKKQQQKKKKGLILRNKYVNNNKLGYYPTISCFNGGTARIISEEDKLEYLDQIRSAYCVDGNSKVNTLDTLYKEQIAEDIVWDIIDELEQIALQQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	COMPASS component SDC1
分子量 formula_weight	19466.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

MNESENSPQHNEVTVPMVEDTSSNADIPMEQIQREDNKNYDKHDNECFDMNGNHNNNSDNLQFDSVPSSATKDLKNIKSVTNQNVKIEESSSTNSVIEESSEPKISKLENVNLAATVGGSQTRKYLNTNVTPHLLAGMRLIAVQQPEDPLRVLGEYLIEQSNILKSGEKESNASK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	COMPASS component SPP1
分子量 formula_weight	45489.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MWSHPQFEKGGGSGGGSGGSSAWSHPQFEKGSENLYFQGSLPQWCPPHSTLKRNPTTGEDVYCICKRPDYGELMVGCDGCDDWFHFTCLHIPEQFKDLVFSFYCPYCQAGITGKNKDAIINGEGSLPKTLWKRKCRISDCYKPCLQDSKYCSEEHGREFVNDIWSRLKTDEDRAVVKKMVEQTGHIDKFKKFGQLDFIDNNIVVKTDDEKEIFDQIVVRDMTLKTLEDDLQEVQEISLPLFKKKLELLEVYLGWLDNVYTEMRKLDDDAASHVECGKEDSKGTKRKKKKNSSRSRARKNICGYCSTYERIPCSVEEFVRDFGSNEEATKIHEVCTKWKCNRHLDWVSTNQEQYLQQIDSLESMQERLQHLIQARKKQLNIQYYEEILRRGL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6venB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6venC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6venD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6venF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6venG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	6venH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.37 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	650847

Yeast COMPASS in complex with a ubiquitinated nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COMPASS component SWD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COMPASS component SWD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COMPASS component BRE2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COMPASS component SDC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体