6x0u

Structure of MZT1/GCP3-NHD and MZT1/GCP6-NHD in the gamma-TuRC lumenal bridge

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 98.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-tubulin complex component 3

物种未注明

UniProt Q96CW5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–907 未记录 Gamma-tubulin complex component 6 × 1 (Q96RT7) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907

Gamma-tubulin complex component 6

物种未注明

UniProt Q96RT7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–1819 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 1 (Q96CW5) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP6_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–1819; UniProt 1–1819

Mitotic-spindle organizing protein 1

物种未注明

UniProt Q08AG7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–82 链 C; UniProt 1–82 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 1 (Q96CW5) Gamma-tubulin complex component 6 × 1 (Q96RT7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MZT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82 作者链 C; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6x0u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6x0u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6x0u
沉积日期 deposition_date2020-05-17
结构标题 titleStructure of MZT1/GCP3-NHD and MZT1/GCP6-NHD in the gamma-TuRC lumenal bridge
关键词 keywordsgamma-TuRC, lumenal bridge, MZT1, GCP, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.69
零角强度 I(0) i033160400.00
分子量 molecular_weight44130.0 kDa
排除体积 excluded_volume55472 ų
包络体积 envelope_volume87310 ų
水化壳体积 shell_volume26450 ų
包络直径 envelope_diameter103.6
壳层 Rg shell_rg34.38
包络 Rg envelope_rg28.65
形状 Rg shape_rg28.69
总 Rg total_rg29.39
总原子数 total_atoms3091
残基数 n_residues398
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.3
Rg (实空间) rg_real29.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82
I(0) (实空间) i0_real3.3160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33160000.0000
解质量估计 total_estimate0.8953
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.2
偏度 Skewness skewness0.307
峰度 Kurtosis kurtosis-0.421
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5434000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.973

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)